এটি হল gmt-music-survivalp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmt সঙ্গীত বেঁচে থাকা - ক্লিনিকাল এবং মিউটেশনালের জন্য বেঁচে থাকার প্লট এবং পি-মান তৈরি করুন
ফেনোটাইপ
সংস্করণ
এই নথিটি জিএমটি মিউজিক সারভাইভাল সংস্করণ 0.04 বর্ণনা করে (2016-01-01 23:10:19 এ)
সাইনোপিসিস
gmt সঙ্গীত বেঁচে থাকা --bam-list=? --আউটপুট-ডির=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--জেনেটিক-ডেটা-টাইপ=?] [--সংখ্যার-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল=?]
[--শ্রেণীগত-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল=?] [--জিএলএম-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল=?]
[--ফেনোটাইপ-টু-অন্তর্ভুক্ত=?] [--লেজেন্ড-প্লেসমেন্ট=?] [--এড়িয়ে যান-নন-কোডিং]
... সঙ্গীত বেঁচে থাকা
--bam-list /path/myBamList.tsv
--maf-file/path/myMAF.tsv
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv
--output-dir /path/output_directory
... সঙ্গীত বেঁচে থাকা
--bam-list /path/myBamList.tsv
--maf-file/path/myMAF.tsv
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv
--output-dir /path/output_directory
... সঙ্গীত বেঁচে থাকা
--bam-list /path/myBamList.tsv
--maf-file/path/myMAF.tsv
--জেনেটিক-ডেটা-টাইপ 'জিন'
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv
--ফেনোটাইপ-টু-অন্তর্ভুক্ত 'জাতি, লিঙ্গ, TP53'
--output-dir /path/output_directory
REQUIRED টি যুক্তি
bam-তালিকা পাঠ
বিশ্লেষণে অন্তর্ভুক্ত করা নমুনা নামের তালিকা। (বর্ণনা দেখুন)
output-dir পাঠ
ডিরেক্টরি যেখানে আউটপুট ফাইল লেখা হবে
ঐচ্ছিক যুক্তি
maf-ফাইল পাঠ
MAF বিন্যাসে মিউটেশনের তালিকা
skip-silent বুলিয়ান
প্রদত্ত MAF ফাইল থেকে নীরব মিউটেশন এড়িয়ে যান
ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়
noskip- নীরব বুলিয়ান
স্কিপ-সাইলেন্টকে 'মিথ্যা' করুন
জেনেটিক-ডেটা-টাইপ পাঠ
ক্লিনিকাল ডেটাকে "জিন" বা "ভেরিয়েন্ট" স্তরের ডেটার সাথে সম্পর্কযুক্ত করুন
নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান 'জিন'
সংখ্যাসূচক-ক্লিনিকাল-ডেটা-ফাইল পাঠ
নমুনার সারণী (y) বনাম সংখ্যাসূচক ক্লিনিকাল ডেটা বিভাগ (x)
শ্রেণীবদ্ধ-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল পাঠ
নমুনার সারণী (y) বনাম শ্রেণীগত ক্লিনিকাল ডেটা বিভাগ (x)
glm-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল পাঠ
ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য, মিউটেশনাল প্রোফাইল, অন্যান্য মিশ্র ক্লিনিকাল ডেটা (বিবরণ দেখুন)।
ফেনোটাইপ-টু-অন্তর্ভুক্ত পাঠ
বিশ্লেষণে শুধুমাত্র এই জিন এবং/অথবা ফেনোটাইপগুলি অন্তর্ভুক্ত করুন। (কমা দ্বারা বিভাজিত)
পৌরাণিক স্থান পাঠ
'নীচে বাম', 'উপরের বাম', 'উপরের ডানদিকে', বা 'নিচের ডানদিকে' যেকোন একটি বেছে নিন।
ডিফল্ট মান 'বটমলেফট' যদি নির্দিষ্ট না করা থাকে
স্কিপ-নন-কোডিং বুলিয়ান
প্রদত্ত MAF ফাইল থেকে নন-কোডিং মিউটেশন এড়িয়ে যান
ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়
noskip-নন-কোডিং বুলিয়ান
স্কিপ-নন-কোডিং 'মিথ্যা' করুন
বর্ণনাঃ
এই কমান্ডটি বেঁচে থাকার বিশ্লেষণ করে এবং মিউটেশনাল ডেটার জন্য বেঁচে থাকার বক্ররেখা তৈরি করে
সেইসাথে আগ্রহের যেকোন ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য যেমন --ফেনোটাইপ-টু-ইনপুট-এর মাধ্যমে নির্দিষ্ট করা হয়েছে
প্যারামিটার সম্পাদিত বিশ্লেষণের মধ্যে রয়েছে কক্স-এর পরে কাপলান-মেয়ের অনুমানকারী
আনুপাতিক বিপদ মডেল। বিশ্লেষণ করা প্রতিটি জিন/ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যের আউটপুটগুলির মধ্যে বেঁচে থাকা অন্তর্ভুক্ত
বক্ররেখা, একটি বিপদ অনুপাত (আত্মবিশ্বাসের ব্যবধান সহ), এবং পি-মান এবং এফডিআর বর্ণনা করে
বেঁচে থাকা এবং অ-জীবিতদের মধ্যে পার্থক্যের তাত্পর্য।
সমস্ত ক্লিনিকাল ডেটা ফাইলগুলি প্রয়োজনীয় (কেস সংবেদনশীল) "ভিটাল_স্ট্যাটাস" এর জন্য অনুসন্ধান করা হয়
এবং "days_to_last_followup" কলাম যা নমুনা আইডির মাধ্যমে ফেনোটাইপের সাথে যুক্ত করা হয়
বেঁচে থাকার বিশ্লেষণ. সমস্ত ক্লিনিকাল ডেটা ফাইলের প্রথম কলামে নমুনা থাকতে হবে
আইডি, অন্যান্য MuSiC টুলের মতোই। ডিফল্টরূপে, উপস্থিত প্রতিটি জিনের উপর বিশ্লেষণ করা হয়
MAF মধ্যে. ঐচ্ছিকভাবে, বিশ্লেষণ শুধুমাত্র নির্দিষ্ট জিনের তালিকা করে সীমাবদ্ধ হতে পারে
(কমা সীমাবদ্ধ) --phenotypes-to-include ইনপুট প্যারামিটারের পরে। বেঁচে থাকার বিশ্লেষণ হতে পারে
এছাড়াও কলাম শিরোনাম যোগ করে ক্লিনিকাল ডেটা ফাইলের অন্যান্য কলামে সঞ্চালিত হবে
--phenotypes-to-include ইনপুট প্যারামিটারের পরে নির্দিষ্ট করা এন্ট্রির তালিকায়।
ক্লিনিকাল ডেটা ইনপুট ফাইল তৈরি করার জন্য এখানে কিছু সাধারণ নির্দেশিকা রয়েছে:
· শিরোনাম প্রয়োজন.
· প্রতিটি ক্লিনিকাল ডেটা ফাইলের প্রথম কলামে অবশ্যই নমুনা আইডি থাকতে হবে যা তাদের সাথে মেলে
--bam-তালিকা এবং MAF ভেরিয়েন্ট তালিকা উভয়েই (এমএএফ-এ, এটি হল
টিউমার_নমুনা_বারকোড কলাম, বিশেষভাবে)।
· অন্তত একটি ক্লিনিকাল ডেটা ফাইল ইনপুট, শিরোনাম সহ কলাম "vital_status"
এবং "days_to_last_followup" (কেস সংবেদনশীল) অবশ্যই বিদ্যমান থাকতে হবে। "vital_status" হতে হবে
1 এবং 0 দ্বারা চিত্রিত, যেখানে 0 বোঝায় 'জীবিত', এবং 1 বোঝায় 'মৃত'।
নোট করুন যে সমস্ত ইনপুট ফাইল ট্যাব-বিচ্ছিন্ন হওয়া আবশ্যক।
যুক্তি
--বাম-তালিকা
প্রতিটির জন্য নমুনা নাম এবং স্বাভাবিক/টিউমার BAM অবস্থান সম্বলিত একটি ফাইল প্রদান করুন। ব্যবহার করুন
ট্যাব- সীমাবদ্ধ বিন্যাস [নমুনা_নাম স্বাভাবিক_বাম টিউমার_বাম] প্রতি লাইন। এই টুল শুধুমাত্র
নমুনা_নাম প্রয়োজন, তাই অন্য সব কলাম এড়িয়ে যেতে পারে। নমুনা_নামটি অবশ্যই হতে হবে
MAF ফাইলে ব্যবহৃত টিউমার নমুনার নামগুলির মতোই (16 তম কলাম, হেডার সহ
টিউমার_নমুনা_বারকোড)।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmt-music-survivalp ব্যবহার করুন