এটি হল gmx-do_dssp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-do_dssp - গৌণ কাঠামো বরাদ্দ করুন এবং দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠের ক্ষেত্রফল গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ম্যাপ [<.ম্যাপ>]] [-ssdump [<.dat>]] [-o [<.xpm>]]
[-sc [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [-তা [<.xvg>]]
[-আ [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-তারিখ ]
[-আপনি ] [- [না] w] [-xvg ] [-এসএসএস ]
[-ভার ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স do_dssp একটি ট্র্যাজেক্টরি ফাইল পড়ে এবং প্রতিটি সময়ের জন্য গৌণ কাঠামো গণনা করে
ফ্রেম dssp প্রোগ্রাম কলিং. আপনার যদি ডিএসএসপি প্রোগ্রাম না থাকে তবে এটি থেকে নিন
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. জিএমএক্স do_dssp অনুমান করে যে dssp এক্সিকিউটেবল অবস্থিত
in /usr/local/bin/dssp. যদি এটি না হয়, তাহলে আপনার একটি পরিবেশ তৈরি করা উচিত
পরিবর্তনশীল ডিএসএসপি ডিএসএসপি এক্সিকিউটেবলের দিকে নির্দেশ করে, যেমন:
settenv ডিএসএসপি /opt/dssp/bin/dssp
সংস্করণ 2.0.0 থেকে, dssp একটি সিনট্যাক্সের সাথে আহ্বান করা হয়েছে যা আগের সংস্করণগুলির থেকে আলাদা। যদি
আপনার কাছে dssp এর একটি পুরানো সংস্করণ আছে, ব্যবহার করুন -ভার পুরানো ব্যবহার করার জন্য do_dssp নির্দেশ করার বিকল্প
বাক্য গঠন. ডিফল্টরূপে, do_dssp সংস্করণ 2.0.0 এর সাথে প্রবর্তিত সিনট্যাক্স ব্যবহার করে। এমনকি নতুন
সংস্করণগুলি (যা লেখার সময় এখনও প্রকাশিত হয়নি) একই আছে বলে ধরে নেওয়া হয়
2.0.0 হিসাবে সিনট্যাক্স।
প্রতিটি অবশিষ্টাংশ এবং সময়ের জন্য গঠন বরাদ্দ একটি লেখা হয় .xpm ম্যাট্রিক্স ফাইল। এই
উদাহরণস্বরূপ ফাইলটি ভিজ্যুয়ালাইজ করা যেতে পারে xv এবং এর সাথে পোস্টস্ক্রিপ্টে রূপান্তর করা যেতে পারে
xpm2ps. পৃথক চেইন হালকা ধূসর লাইন দ্বারা পৃথক করা হয় .xpm এবং পোস্টস্ক্রিপ্ট
নথি পত্র. প্রতিটি সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার টাইপ এবং মোট সেকেন্ডারি সহ অবশিষ্টাংশের সংখ্যা
কাঠামো (-এসএসএস) সময়ের ফাংশন হিসাবে গণনা ফাইলেও লেখা হয় (-sc).
দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ (SAS) প্রতি অবশিষ্টাংশ গণনা করা যেতে পারে, উভয়ই পরম মান
(A^2) এবং একটি অবশিষ্টাংশের সর্বাধিক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠের ভগ্নাংশে। সর্বাধিক
অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠকে একটি শৃঙ্খলে একটি অবশিষ্টাংশের অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়
গ্লাইসিন বিঃদ্রঃ যে প্রোগ্রাম [gmx-sas] এছাড়াও SAS গণনা করতে পারে এবং এটি আরও বেশি
দক্ষ.
অবশেষে, এই প্রোগ্রামটি একটি বিশেষ ফাইলে গৌণ কাঠামো ডাম্প করতে পারে ssdump.dat উন্নত
প্রোগ্রামে ব্যবহার জিএমএক্স ব্যয়. একসাথে এই দুটি প্রোগ্রাম ডিহেড্রাল বিশ্লেষণ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার টাইপের একটি ফাংশন হিসাবে বৈশিষ্ট্য।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
-ম্যাপ [<.ম্যাপ>] (ss.map) (লাইব্রেরি)
ফাইল যা ম্যাট্রিক্স ডেটাকে রঙে ম্যাপ করে
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-ssdump [<.dat>] (ssdump.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
-o [<.xpm>] (ss.xpm)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-sc [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-a [<.xpm>] (area.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-তা [<.xvg>] (totarea.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-আ [<.xvg>] (averarea.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-এসএসএস (এইচইবিটি)
গঠন গণনার জন্য মাধ্যমিক কাঠামো
-ভার (2)
ডিএসএসপি প্রধান সংস্করণ। সিনট্যাক্স সংস্করণ 2 এর সাথে পরিবর্তিত হয়েছে
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-do_dssp ব্যবহার করুন
