এটি হল gmx-helixorient কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-helixorient - হেলিসের ভিতরে স্থানীয় পিচ/নমন/ঘূর্ণন/ওরিয়েন্টেশন গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx হেলিক্সোরিয়েন্ট [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-অক্সিস [<.dat>]] [- কেন্দ্র [<.dat>]] [- উত্থান [<.xvg>]]
[-ওরাডিয়াস [<.xvg>]] [- উল্টানো [<.xvg>]]
[-আনুগত্য [<.xvg>]] [-ওটিল্ট [<.xvg>]] [-ওরোট [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-তারিখ ] [-xvg ]
[-[না] সাইডচেইন] [- [না] বর্ধিত]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স হেলিক্সোরিয়েন্ট একটি ভিতরে গড় অক্ষের স্থানাঙ্ক এবং দিক গণনা করে
আলফা হেলিক্স, এবং ক্যালফা এবং (ঐচ্ছিকভাবে) একটি সাইডচেইন উভয়ের দিক/ভেক্টর
অক্ষের সাপেক্ষে পরমাণু।
ইনপুট হিসাবে, আপনাকে একটি অনুরূপ ক্যালফা পরমাণু সহ একটি সূচক গ্রুপ নির্দিষ্ট করতে হবে
অবিচ্ছিন্ন অবশিষ্টাংশের আলফা-হেলিক্স। Sidechain দিকনির্দেশের জন্য একটি দ্বিতীয় সূচক গ্রুপ প্রয়োজন
একই আকার, প্রতিটি অবশিষ্টাংশে ভারী পরমাণু ধারণ করে যা প্রতিনিধিত্ব করা উচিত
পাশের শিকল.
বিঃদ্রঃ যে এই প্রোগ্রামটি কাঠামোর কোনো ফিটিং করে না।
হেলিক্স অক্ষের স্থানীয় দিক নির্ধারণ করতে আমাদের চারটি ক্যালফা স্থানাঙ্কের প্রয়োজন।
কাত/ঘূর্ণন অয়লার ঘূর্ণন থেকে গণনা করা হয়, যেখানে আমরা হেলিক্স অক্ষকে সংজ্ঞায়িত করি
স্থানীয় x-অক্ষ, অবশিষ্টাংশ/কালফা ভেক্টর হিসাবে y, এবং z- তাদের ক্রস থেকে অক্ষ
পণ্য আমরা অয়লার YZX ঘূর্ণন ব্যবহার করি, যার অর্থ আমরা প্রথমে হেলিক্স অক্ষ (1) চারপাশে কাত করি
এবং (2) অবশিষ্টাংশ ভেক্টরে অর্থোগোনাল, এবং অবশেষে এটির চারপাশে (3) ঘূর্ণন প্রয়োগ করুন।
ডিবাগিং বা অন্যান্য উদ্দেশ্যে, আমরা প্রকৃত অয়লার ঘূর্ণন কোণগুলিও লিখি
থিটা[1-3].xvg
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-অক্সিস [<.dat>] (helixaxis.dat)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
- কেন্দ্র [<.dat>] (center.dat)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
- উত্থান [<.xvg>] (rise.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-ওরাডিয়াস [<.xvg>] (ব্যাসার্ধ.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
- উল্টানো [<.xvg>] (twist.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-আনুগত্য [<.xvg>] (bending.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-ওটিল্ট [<.xvg>] (tilt.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-ওরোট [<.xvg>] (rotation.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-[না] সাইডচেইন (NO)
হেলিক্স অক্ষের সাপেক্ষে সাইডচেনের দিকনির্দেশও গণনা করুন।
- [না] বর্ধিত (NO)
মোট ঘূর্ণন/টিল্টের পরিবর্তে ক্রমবর্ধমান গণনা করুন।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-helixorient ব্যবহার করুন
