এটি হল gmx-hydorder কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-hydorder - একটি প্রদত্ত পরমাণুর চারপাশে টেট্রাহেড্রালিটি প্যারামিটার গণনা করুন
সাইনোপিসিস
জিএমএক্স হাইডরডার [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xpm> [...]]] [-অর [<.out> [...]]]
[-স্পেক্ট [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-d ] [-বিডব্লিউ ]
[-sgang1 ] [-sgang2 ] [-টব্লক ]
[- স্তর ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স হাইডরডার একটি প্রদত্ত পরমাণুর চারপাশে টেট্রাহেড্রালিটি অর্ডার প্যারামিটারগুলি গণনা করে। উভয় কোণ
একটি দূরত্ব আদেশ পরামিতি গণনা করা হয়. দেখুন P.-L. চাউ এবং এজে হার্ডউইক, মো. শারীরিক,
93, (1998), 511-518। আরো বিস্তারিত জানার জন্য.
জিএমএক্স হাইডরডার বাক্সে একটি 3d-মেশে অর্ডার প্যারামিটার গণনা করে এবং 2টি পর্যায় সহ
বাক্সটি ব্যবহারকারীকে একটি 2D ইন্টারফেস সংজ্ঞায়িত করার বিকল্প দেয় যা সময়মতো মুখগুলিকে আলাদা করে
পরামিতি নির্দিষ্ট করা -sgang1 এবং -sgang2 (বিবেচনামূলকভাবে এগুলি নির্বাচন করা গুরুত্বপূর্ণ)।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xpm> [...]] (intf.xpm)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-অর [<.out> [...]] (raw.out) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক আউটপুট ফাইল
-স্পেক্ট [<.out> [...]] (intfspect.out) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক আউটপুট ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-d (য)
ঝিল্লিতে স্বাভাবিকের দিকনির্দেশ: z, x, y
-বিডব্লিউ (1)
বাক্স জালের বিন প্রস্থ
-sgang1 (1)
ফেজ 1 এ টেট্রাহেড্রাল অ্যাঙ্গেল প্যারামিটার (বাল্ক)
-sgang2 (1)
ফেজ 2 এ টেট্রাহেড্রাল অ্যাঙ্গেল প্যারামিটার (বাল্ক)
-টব্লক (1)
একটি টাইম-ব্লক গড় ফ্রেমের সংখ্যা
- স্তর (100)
2D-এ উচ্চতা স্তরের সংখ্যা - XPixMaps
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-hydorder ব্যবহার করুন
