এটি হল gmx-rmsdist কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-rmsdist - শক্তি -2, -3 বা -6 দিয়ে গড় পরমাণু জোড়া দূরত্ব গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[- সমান [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-আরএমএস [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-মানে [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-নো [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ] [-নলেভেল ]
[-সর্বোচ্চ ] [- [না] সুম] [-[না]পিবিসি]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স rmsdist পরমাণুর দূরত্বের মূল গড় বর্গ বিচ্যুতি গণনা করে, যার আছে
সুবিধা যে মান আরএমএস বিচ্যুতির মত কোন ফিট প্রয়োজন হয় না জিএমএক্স RMS.
রেফারেন্স স্ট্রাকচার স্ট্রাকচার ফাইল থেকে নেওয়া হয়েছে। RMSD সময় t হয়
রেফারেন্সে পরমাণু-জোড়ার মধ্যে দূরত্বের পার্থক্যের RMS হিসাবে গণনা করা হয়
গঠন এবং গঠন সময়ে টি.
জিএমএক্স rmsdist এছাড়াও rms দূরত্বের ম্যাট্রিক্স তৈরি করতে পারে, rms দূরত্ব দিয়ে স্কেল করা হয়
গড় দূরত্ব এবং গড় দূরত্ব এবং NMR গড় দূরত্ব (1/r^3 এবং
1/r^6 গড়)। অবশেষে, 1/r^3 এবং 1/r^6 গড় দূরত্ব সহ পরমাণু জোড়ার তালিকা
সর্বোচ্চ দূরত্বের নিচে (-সর্বোচ্চ, যা এই ক্ষেত্রে 0.6 ডিফল্ট হবে) হতে পারে
উত্পন্ন, ডিফল্টভাবে সমতুল্য হাইড্রোজেনের উপর গড় (সব হাইড্রোজেনের নাম দেওয়া হয়েছে
*[123])। অতিরিক্তভাবে সমতুল্য পরমাণুর একটি তালিকা সরবরাহ করা যেতে পারে (- সমান), প্রতিটি লাইন
অবশিষ্টাংশ সংখ্যা এবং নাম এবং পরমাণুর নাম হিসাবে নির্দিষ্ট সমতুল্য পরমাণুর একটি সেট ধারণকারী;
উদাহরণ:
HB* 3 SER HB1 3 SER HB2
অবশিষ্টাংশ এবং পরমাণুর নামগুলি অবশ্যই কেস সহ কাঠামো ফাইলের সাথে হুবহু মিলতে হবে৷
অ-ক্রমিক পরমাণু নির্দিষ্ট করা অসংজ্ঞায়িত।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
- সমান [<.dat>] (equiv.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xvg>] (distrmsd.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-আরএমএস [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-scl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-মানে [<.xpm>] (rmsmean.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-নো [<.dat>] (noe.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-নলেভেল (40)
এই সংখ্যার স্তরে RMS কে আলাদা করুন
-সর্বোচ্চ (-1)
ম্যাট্রিক্সে সর্বোচ্চ স্তর
- [না] সুম (হ্যাঁ)
সমতুল্য হাইড্রোজেনের উপর গড় দূরত্ব
-[না]পিবিসি (হ্যাঁ)
দূরত্ব গণনা করার সময় পর্যায়ক্রমিক সীমানা শর্তগুলি ব্যবহার করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-rmsdist ব্যবহার করুন
