gmx-rotmat - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-rotmat - একটি রেফারেন্স কাঠামোতে ফিট করার জন্য ঘূর্ণন ম্যাট্রিক্স প্লট করুন

সাইনোপিসিস

gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-তারিখ ]
[- [না] w] [-xvg ] [-রেফ ] [-এড়িয়ে যান ]
[-[না] ফিটক্সি] [-[না] মেগাওয়াট]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স rotmat একটি কনফর্মেশন ফিট করার জন্য ন্যূনতম বর্গক্ষেত্রের জন্য প্রয়োজনীয় ঘূর্ণন ম্যাট্রিক্স প্লট করে
সঙ্গে প্রদত্ত রেফারেন্স গঠন সম্মুখের -s. ফিটিং আগে অনুবাদ মুছে ফেলা হয়.
আউটপুট হল তিনটি ভেক্টর যা x, y এবং z এর নতুন দিকনির্দেশ দেয়
রেফারেন্স কনফর্মেশনের, উদাহরণস্বরূপ: (zx,zy,zz) হল রেফারেন্সের অভিযোজন
ট্রাজেক্টোরি ফ্রেমে z-অক্ষ।

এই টুলটি উপযোগী, উদাহরণস্বরূপ, একটি অণুর অভিযোজন নির্ধারণের জন্য
ইন্টারফেস, সম্ভবত একটি ট্র্যাজেক্টোরির সাথে উত্পাদিত জিএমএক্স trjconv -উপযুক্ত rotxy+transxy মুছে ফেলার জন্য
মধ্যে ঘূর্ণন XY সমতল।

পছন্দ -রেফ কাঠামো ব্যবহার করার পরিবর্তে ফিটিং এর জন্য একটি রেফারেন্স কাঠামো নির্ধারণ করে
থেকে -s. অন্য সব কাঠামোর থেকে RMSD-এর সর্বনিম্ন সমষ্টির কাঠামো ব্যবহার করা হয়।
যেহেতু এই পদ্ধতির কম্পিউটেশনাল খরচ সংখ্যার বর্গের সাথে বৃদ্ধি পায়
ফ্রেম, -এড়িয়ে যান বিকল্প দরকারী হতে পারে। একটি সম্পূর্ণ ফিট বা শুধুমাত্র একটি ফিট XY প্লেন হতে পারে
সঞ্চালিত।

পছন্দ -ফিটক্সি মধ্যে ফিট করে XY ঘূর্ণন ম্যাট্রিক্স নির্ধারণের আগে সমতল।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xvg>] (rotmat.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-রেফ (কিছুই নয়)
সর্বোত্তম রেফারেন্স গঠন নির্ধারণ করুন: কোনোটিই নয়, xyz, xy

-এড়িয়ে যান (1)
এর জন্য প্রতিটি nr-th ফ্রেম ব্যবহার করুন -রেফ

-[না] ফিটক্সি (NO)
ঘূর্ণন নির্ধারণের আগে x/y ঘূর্ণন ফিট করুন

-[না] মেগাওয়াট (হ্যাঁ)
ভরযুক্ত ফিটিং ব্যবহার করুন

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-rotmat ব্যবহার করুন