gmx-tcaf - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-tcaf - তরল পদার্থের সান্দ্রতা গণনা করুন

সাইনোপিসিস

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ও [<.xvg>]] [-ওএ [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-এর [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ভ [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ] [- [না] মোল] [-[না]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[না] স্বাভাবিক করা] [-P ]
[-fitfn ] [- শুরু করা ] [-এন্ডফিট ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স tcaf ট্রানভার্স বর্তমান স্বয়ংক্রিয় সম্পর্ক গণনা করে। এই অনুমান ব্যবহার করা হয়
শিয়ার সান্দ্রতা, ইটা. বিস্তারিত জানার জন্য দেখুন: পামার, ফিজ। রেভ. ই 49 (1994) পিপি 359-366।

ট্রান্সভার্স স্রোতগুলি কে-ভেক্টর (1,0,0) এবং (2,0,0) ব্যবহার করে গণনা করা হয়
দ্য y- এবং z-নির্দেশ, (1,1,0) এবং (1,-1,0) প্রতিটি 2টি অন্য প্লেনেও (এইগুলি
ভেক্টর স্বাধীন নয়) এবং (1,1,1) এবং 3টি অন্যান্য বক্স কর্ণ (এছাড়াও নয়
স্বাধীন)। প্রতিটি k-ভেক্টরের জন্য সাইন এবং কোসাইন ব্যবহার করা হয়, এর সাথে একত্রে
2টি লম্ব দিকের বেগ। এটি মোট 16*2*2=64 ট্রান্সভার্স দেয়
স্রোত প্রতিটি কে-ভেক্টরের জন্য একটি স্বতঃসম্পর্ক গণনা করা হয়, যা 16 দেয়
টিসিএএফ এই TCAF গুলির প্রতিটি f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2) এর সাথে লাগানো হয়েছে
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), যা tau এবং eta এর 16 টি মান দেয়। সুস্থ
সময় ধ্রুবক সঙ্গে ওজন দ্রুতগতিতে ক্ষয় হয় w (সাথে দেওয়া -wt) হিসাবে exp(-t/w), এবং
TCAF এবং ফিট সময় 5*w পর্যন্ত গণনা করা হয়। ইটা মান 1-এ লাগানো উচিত
eta(k) k^2, যেখান থেকে কেউ k=0 এ শিয়ার সান্দ্রতা অনুমান করতে পারে।

বাক্সটি ঘন হলে, কেউ বিকল্পটি ব্যবহার করতে পারে -oc, যা সব মিলিয়ে TCAF-এর গড়
একই দৈর্ঘ্যের k-ভেক্টর। এর ফলে আরও সঠিক TCAF পাওয়া যায়। উভয় ঘন
TCAFs এবং fits লিখিত হয় -oc কিউবিক ইটা অনুমানও লেখা হয় -ভ.

বিকল্প সহ -mol, অনুপ্রস্থ বর্তমান পরমাণুর পরিবর্তে অণু দ্বারা নির্ধারিত হয়। ভিতরে
এই ক্ষেত্রে, সূচক গ্রুপটি পরমাণু সংখ্যার পরিবর্তে অণু সংখ্যা নিয়ে গঠিত হওয়া উচিত।

মধ্যে k-নির্ভর সান্দ্রতা -ভ ফাইলটি eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) এর সাথে লাগানো উচিত
অসীম তরঙ্গদৈর্ঘ্যে সান্দ্রতা পেতে।

বিঃদ্রঃ: নিশ্চিত করুন যে আপনি প্রায়ই পর্যাপ্ত স্থানাঙ্ক এবং বেগ লিখছেন। প্রথমিক,
অ সূচকীয়, স্বতঃসংযোগ ফাংশনের অংশ একটি প্রাপ্তির জন্য অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ
ভাল হইয়া.

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
সম্পূর্ণ নির্ভুল গতিপথ: trr CPT tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ঐচ্ছিক)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-ও [<.xvg>] (transcur.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ওএ [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-এর [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ভ [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

- [না] মোল (NO)
অণুর TCAF গণনা করুন

-[না]k34 (NO)
এছাড়াও k=(3,0,0) এবং k=(4,0,0) ব্যবহার করুন

-wt (5)
TCAF ফিট ওজনের জন্য সূচকীয় ক্ষয় সময়

-acflen (-1)
ACF এর দৈর্ঘ্য, ডিফল্ট ফ্রেমের সংখ্যার অর্ধেক

-[না] স্বাভাবিক করা (হ্যাঁ)
ACF কে স্বাভাবিক করুন

-P (0)
ACF এর জন্য Legendre বহুপদীর ক্রম (0 কোনটি নির্দেশ করে না): 0, 1, 2, 3

-fitfn (কিছুই নয়)
ফিট ফাংশন: কিছুই নয়, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

- শুরু করা (0)
পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শুরু করার সময়

-এন্ডফিট (-1)
সময় যেখানে পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শেষ হবে, -1 হল পর্যন্ত
শেষ

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-tcaf ব্যবহার করুন