এটি হল gmx-vanhove কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-vanhove - কম্পিউট ভ্যান হোভ স্থানচ্যুতি এবং পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন
সাইনোপিসিস
gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ওম [<.xpm>]] [-অর [<.xvg>]] [-ও [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ]
[-sqrt ] [-এফএম ] [-ম্যাক্স ] [-আরবিন ]
[-ম্ম্যাক্স ] [-নলেভেল ] [-nr ] [-ফরাসী ]
[-আরটি ] [-ফুট ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স ভ্যানহোভ ভ্যান হোভ পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন গণনা করে। ভ্যান হোভ G(r,t) হল
শূন্য সময়ে r_0 এ থাকা একটি কণা r_0+r অবস্থানে পাওয়া যাবে এমন সম্ভাবনা
সময় টি. জিএমএক্স ভ্যানহোভ একটি ভেক্টর r এর জন্য নয়, r এর দৈর্ঘ্যের জন্য G নির্ধারণ করে। এইভাবে এটি
সম্ভাব্যতা দেয় যে একটি কণা t সময়ে r দূরত্বে চলে যায়। জুড়ে ঝাঁপিয়ে পড়ে
পর্যায়ক্রমিক সীমানা মুছে ফেলা হয়। আইসোট্রপিক বা কারণে স্কেলিং জন্য সংশোধন করা হয়
অ্যানিসোট্রপিক চাপ কাপলিং।
বিকল্প সহ -ওম পুরো ম্যাট্রিক্সটি t এবং r এর একটি ফাংশন হিসাবে বা একটি ফাংশন হিসাবে লেখা যেতে পারে
sqrt(t) এবং r (বিকল্প -sqrt).
বিকল্প সহ -অর ভ্যান হোভ ফাংশনটি t এর এক বা একাধিক মানের জন্য প্লট করা হয়েছে। অপশন -nr
বার সংখ্যা সেট করে, বিকল্প -ফরাসী সময়ের মধ্যে সংখ্যা ব্যবধান। binwidth
বিকল্প সহ সেট করা হয় -আরবিন. বিনের সংখ্যা স্বয়ংক্রিয়ভাবে নির্ধারিত হয়।
বিকল্প সহ -ও একটি নির্দিষ্ট দূরত্ব পর্যন্ত অবিচ্ছেদ্য (বিকল্প -আরটি) একটি হিসাবে প্লট করা হয়
সময়ের ফাংশন।
সমস্ত ফ্রেমের জন্য নির্বাচিত কণাগুলির স্থানাঙ্কগুলি পড়া হয়
স্মৃতি. তাই প্রোগ্রামটি অনেক মেমরি ব্যবহার করতে পারে। বিকল্পের জন্য -ওম এবং -ও দ্য
প্রোগ্রাম ধীর হতে পারে। এর কারণ হল গণনার স্কেল ফ্রেমের সময়ের সংখ্যা হিসাবে
-এফএম or -ফুট. সঙ্গে যে নোট -তারিখ বিকল্প মেমরি ব্যবহার এবং গণনা সময় হতে পারে
হ্রাস।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-ওম [<.xpm>] (vanhove.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-অর [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-ও [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-sqrt (0)
ম্যাট্রিক্স অক্ষে sqrt(t) ব্যবহার করুন যা sqrt(ps) এ # binspacing করে
-এফএম (0)
ম্যাট্রিক্সে ফ্রেমের সংখ্যা, 0 হল সমস্ত প্লট
-ম্যাক্স (2)
ম্যাট্রিক্সে সর্বোচ্চ r (nm)
-আরবিন (0.01)
ম্যাট্রিক্স এবং এর জন্য বিনউইথ -অর (NM)
-ম্ম্যাক্স (0)
ম্যাট্রিক্সে সর্বাধিক ঘনত্ব, 0 গণনা করা হয় (1/nm)
-নলেভেল (81)
ম্যাট্রিক্সে স্তরের সংখ্যা
-nr (1)
জন্য বক্ররেখা সংখ্যা -অর আউটপুট
-ফরাসী (0)
এর জন্য ফ্রেমের ব্যবধান -অর আউটপুট
-আরটি (0)
জন্য ইন্টিগ্রেশন সীমা -ও আউটপুট (এনএম)
-ফুট (0)
ফ্রেমের সংখ্যা -ও আউটপুট, 0 প্লট সব
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-vanhove ব্যবহার করুন
