এটি হল gmx-x2top কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-x2top - স্থানাঙ্ক থেকে একটি আদিম টপোলজি তৈরি করুন
সাইনোপিসিস
gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.শীর্ষ>]] [-r [<.rtp>]]
[-এফএফ ] [- [না] v] [-পরবর্তী ] [-[না]H14]
[-[না]আলদিহ] [- [না] রেমডিহ] [- [কোন] জোড়া] [-আম ]
[-[না]পিবিসি] [- [না] পিডিবিকিউ] [-[না] পরম] [- [না] গোলাকার]
[-কেবি ] [-ক ট ] [-কেপি ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স x2top একটি স্থানাঙ্ক ফাইল থেকে একটি আদিম টপোলজি তৈরি করে। প্রোগ্রাম সব অনুমান
পরমাণুর নাম এবং সংখ্যা থেকে হাইব্রিডাইজেশন সংজ্ঞায়িত করার সময় হাইড্রোজেন উপস্থিত থাকে
বন্ড প্রোগ্রাম একটি করতে পারেন .rtp এন্ট্রি, যা আপনি তারপর যোগ করতে পারেন .rtp
ডাটাবেস।
কখন -পরম সেট করা হয়, ভারসাম্য দূরত্ব এবং কোণ এবং বল ধ্রুবক মুদ্রিত হবে
সমস্ত মিথস্ক্রিয়া জন্য টপোলজি মধ্যে. ভারসাম্য দূরত্ব এবং কোণ থেকে নেওয়া হয়
ইনপুট স্থানাঙ্ক, বল ধ্রুবক কমান্ড লাইন বিকল্পের সাথে সেট করা হয়। বল
বর্তমানে কিছুটা সমর্থিত ক্ষেত্রগুলি হল:
G53a5 GROMOS96 53a5 ফোর্সফিল্ড (অফিসিয়াল ডিস্ট্রিবিউশন)
oplsaa OPLS-AA/L অল-এটম ফোর্স ফিল্ড (2001 অ্যামিনোঅ্যাসিড ডিহেড্রাল)
সংশ্লিষ্ট ডেটা ফাইলগুলি নাম সহ লাইব্রেরি ডিরেক্টরিতে পাওয়া যাবে
atomname2type.n2t. ফাইল ফরম্যাট সম্পর্কে আরও তথ্যের জন্য ম্যানুয়ালটির অধ্যায় 5 দেখুন।
ডিফল্টরূপে, বল ক্ষেত্র নির্বাচন ইন্টারেক্টিভ, কিন্তু আপনি ব্যবহার করতে পারেন -এফএফ বিকল্প
পরিবর্তে কমান্ড লাইনে উপরের সংক্ষিপ্ত নামগুলির একটি নির্দিষ্ট করুন। এই ক্ষেত্রে জিএমএক্স x2top
শুধু সংশ্লিষ্ট ফাইলের জন্য দেখায়.
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.শীর্ষ>] (শীর্ষে) (ঐচ্ছিক)
টপোলজি ফাইল
-r [<.rtp>] (out.rtp) (ঐচ্ছিক)
pdb2gmx দ্বারা ব্যবহৃত অবশিষ্টাংশের প্রকার ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-এফএফ (oplsaa)
আপনার সিমুলেশনের জন্য বল ক্ষেত্র। ইন্টারেক্টিভ নির্বাচনের জন্য "নির্বাচন" টাইপ করুন।
- [না] v (NO)
উপরের ফাইলে ভার্বোস আউটপুট তৈরি করুন।
-পরবর্তী (3)
বর্জনের সংখ্যা
-[না]H14 (হ্যাঁ)
হাইড্রোজেন পরমাণুর জন্য 3য় প্রতিবেশী মিথস্ক্রিয়া ব্যবহার করুন
-[না]আলদিহ (NO)
সমস্ত সঠিক ডিহেড্রাল তৈরি করুন
- [না] রেমডিহ (NO)
একটি অনুপযুক্ত হিসাবে একই বন্ড উপর dihedrals সরান
- [কোন] জোড়া (হ্যাঁ)
টপোলজি ফাইলে আউটপুট 1-4 মিথস্ক্রিয়া (জোড়া)
-আম (আইসিই)
আপনার অণুর নাম
-[না]পিবিসি (হ্যাঁ)
পর্যায়ক্রমিক সীমানা শর্ত ব্যবহার করুন।
- [না] পিডিবিকিউ (NO)
ক-তে সরবরাহ করা বি-ফ্যাক্টর ব্যবহার করুন .পিডিবি পারমাণবিক চার্জের জন্য ফাইল
-[না] পরম (হ্যাঁ)
আউটপুটে পরামিতি মুদ্রণ করুন
- [না] গোলাকার (হ্যাঁ)
পরিমাপ করা মানগুলিকে রাউন্ড অফ করুন
-কেবি (400000)
বন্ডেড বল ধ্রুবক (kJ/mol/nm^2)
-ক ট (400)
কোণ বল ধ্রুবক (kJ/mol/rad^2)
-কেপি (5)
ডিহেড্রাল কোণ বল ধ্রুবক (kJ/mol/rad^2)
জানা সমস্যা
· পরমাণুর প্রকার নির্বাচন আদিম। কার্যত কোন রাসায়নিক জ্ঞান ব্যবহার করা হয় না
· পর্যায়ক্রমিক সীমানা শর্ত বন্ধন আপ স্ক্রু
· কোন অনুপযুক্ত ডিহেড্রাল তৈরি হয় না
· পরমাণু থেকে পরমাণু টাইপ অনুবাদ টেবিল অসম্পূর্ণ (atomname2type.n2t ফাইলের মধ্যে
ডেটা ডিরেক্টরি)। অনুগ্রহ করে এটি প্রসারিত করুন এবং ফলাফলগুলি GROMACS ক্রুকে ফেরত পাঠান৷
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-x2top ব্যবহার করুন
