এটি হল gt-snpper কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gt-snpper - একটি জিনোমিক দ্বারা প্রদত্ত জিনোমের উপর তাদের প্রভাব অনুসারে এসএনপিগুলিকে টীকা দেয়
টীকা।
সাইনোপিসিস
gt snpper [বিকল্প...] GFF3_file [GVF_file]
বর্ণনাঃ
-ট্রান্স_টেবিল [মূল্য]
NCBI অনুবাদ টেবিল নম্বর, থেকে বেছে নিন:
১: স্ট্যান্ডার্ড
· 2: মেরুদণ্ডী মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 3: খামির মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 4: ছাঁচ মাইটোকন্ড্রিয়াল; প্রোটোজোয়ান মাইটোকন্ড্রিয়াল; কোয়েলেন্টারেট মাইটোকন্ড্রিয়াল;
মাইকোপ্লাজমা; স্পিরোপ্লাজমা
· 5: অমেরুদণ্ডী মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 6: সিলিয়েট নিউক্লিয়ার; Dasycladacean নিউক্লিয়ার; হেক্সামিটা নিউক্লিয়ার
· 9: ইকিনোডার্ম মাইটোকন্ড্রিয়াল; ফ্ল্যাটওয়ার্ম মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 10: ইউপ্লোটিড নিউক্লিয়ার
· 11: ব্যাকটেরিয়া, আর্চিয়াল এবং উদ্ভিদ প্লাস্টিড
· 12: বিকল্প ইস্ট নিউক্লিয়ার
· 13: অ্যাসিডিয়ান মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 14: বিকল্প ফ্ল্যাটওয়ার্ম মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 15: ব্লেফারিজমা ম্যাক্রোনিউক্লিয়ার
· 16: ক্লোরোফাইসিয়ান মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 21: ট্রেমাটোড মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 22: দৃশ্যমান তির্যক মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 23: থ্রাস্টোকাইট্রিয়াম মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 24: Pterobranchia মাইটোকন্ড্রিয়াল
· 25: প্রার্থী বিভাগ SR1 এবং Gracilibacteria (ডিফল্ট: 1)
- seqfile [ফাইলের নাম]
সিকোয়েন্স ফাইল সেট করুন যেখান থেকে সিকোয়েন্স নিতে হবে (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-encseq [ফাইলের নাম]
এনকোডেড সিকোয়েন্স ইনডেক্সনাম সেট করুন যেখান থেকে সিকোয়েন্স নিতে হবে (ডিফল্ট:
অনির্ধারিত)
- seqfiles
সিকোয়েন্স ফাইল সেট করুন যেখান থেকে ফিচার ব্যবহার করে বের করতে হবে -- তালিকাটি শেষ করতে
অনুক্রম ফাইলের
- ম্যাচডেস্ক [হ্যাঁ|না]
পছন্দসই সিকোয়েন্স আইডিগুলির জন্য ইনপুট ফাইলগুলি থেকে অনুক্রমের বিবরণ অনুসন্ধান করুন (ইন
GFF3), প্রথম ম্যাচ রিপোর্ট করা (ডিফল্ট: না)
-ম্যাচডেস্কস্টার্ট [হ্যাঁ|না]
পছন্দসই অনুক্রমের জন্য ইনপুট ফাইল থেকে অনুক্রমের বর্ণনার সাথে হুবহু মিলে যায়
আইডি (GFF3 এ) শুরু থেকে প্রথম হোয়াইটস্পেস পর্যন্ত (ডিফল্ট: না)
- usedesc [হ্যাঁ|না]
সিকোয়েন্স আইডি ম্যাপ করার জন্য সিকোয়েন্স বর্ণনা ব্যবহার করুন (GFF3-এ) আসল সিকোয়েন্সে
এন্ট্রি যদি একটি বিবরণে একটি ক্রম পরিসীমা থাকে (যেমন, III:1000001..2000000),
প্রথম অংশ সিকোয়েন্স আইডি হিসাবে ব্যবহার করা হয় (তৃতীয়) এবং অফসেট হিসাবে প্রথম পরিসরের অবস্থান
(1000001) (ডিফল্ট: না)
- অঞ্চল ম্যাপিং [স্ট্রিং]
সিকোয়েন্স-অঞ্চল সমন্বিত ফাইলকে সিকোয়েন্স ফাইল ম্যাপিং-এ সেট করুন (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-o [ফাইলের নাম]
নির্দিষ্ট ফাইলে আউটপুট পুনঃনির্দেশিত (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-জিজিপ [হ্যাঁ|না]
gzip সংকুচিত আউটপুট ফাইল লিখুন (ডিফল্ট: না)
-bzip2 [হ্যাঁ|না]
bzip2 সংকুচিত আউটপুট ফাইল লিখুন (ডিফল্ট: না)
- বল [হ্যাঁ|না]
আউটপুট ফাইলে জোর করে লেখা (ডিফল্ট: না)
-হেল্প
সাহায্য প্রদর্শন এবং প্রস্থান
-version
সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
বিকল্পের জন্য ফাইল বিন্যাস - অঞ্চল ম্যাপিং:
অপশনে সরবরাহ করা ফাইল -regionmapping একটি "ম্যাপিং" সংজ্ঞায়িত করে। একটি ম্যাপিং মানচিত্র
অনুক্রম-অঞ্চল এন্ট্রি দেওয়া GFF3_file একটি ক্রম ফাইল ধারণকারী
অনুরূপ ক্রম। ম্যাপিংগুলি নিম্নলিখিত দুটি ফর্মগুলির মধ্যে একটিতে সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে:
ম্যাপিং = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
ফাংশন ম্যাপিং (ক্রম_অঞ্চল)
ফিরুন "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
শেষ
প্রথম ফর্ম একটি Lua সংজ্ঞায়িত করে (http://www.lua.org) "ম্যাপিং" নামের টেবিল যা প্রতিটি মানচিত্র
অনুরূপ ক্রম ফাইলের অনুক্রম অঞ্চল। দ্বিতীয়টি একটি Lua ফাংশন সংজ্ঞায়িত করে
"ম্যাপিং", যা ক্রম ফাইলের নামটি ফেরত দিতে হবে যখন এটি দিয়ে কল করা হয়
আর্গুমেন্ট হিসাবে sequence_region।
প্রতিবেদনের বাগ
বাগ রিপোর্ট করুন[ইমেল সুরক্ষিত]>.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gt-snpper ব্যবহার করুন
