miniasm - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

miniasm - দীর্ঘ পঠিত সিকোয়েন্সের জন্য ডি নভো অ্যাসেম্বলার

সাইনোপিসিস

ক্ষুদ্রতা [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
ম্যাক্সহ্যাং] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f ফাইল পড়া] [-n
n রাউন্ড] [-r ড্রপ রেশিও] [-F চূড়ান্ত ড্রপ অনুপাত] [-p আউটপুট তথ্য] mapping.paf > output.gfa

বর্ণনাঃ

Minias হল একটি খুব দ্রুত ওএলসি-ভিত্তিক ডি নভো অ্যাসেম্বলার যা শোরগোল দীর্ঘ পড়ার জন্য। এটা সব-বনাম- লাগে
সবাই ইনপুট হিসাবে PAF ফর্ম্যাটে স্ব-ম্যাপিং পড়ে এবং GFA-তে একটি সমাবেশ গ্রাফ আউটপুট করে
বিন্যাস মূলধারার সমাবেশকারীদের থেকে ভিন্ন, ক্ষুদ্রবাদের কোনো ঐক্যমত্য পদক্ষেপ নেই। এটা
চূড়ান্ত ইউনিটিগ সিকোয়েন্স তৈরি করতে পঠিত সিকোয়েন্সের টুকরোগুলোকে সহজভাবে সংযুক্ত করে। এইভাবে
প্রতি-বেস ত্রুটির হার কাঁচা ইনপুট পড়ার অনুরূপ।

বিকল্প

পূর্বনির্বাচন অপশন
-m INT এর থেকে কম থাকা ড্রপ ম্যাপিং INT মিল ঘাঁটি (PAF মধ্যে col10) [100]. এই
বিকল্প হিসাবে একই ভূমিকা আছে -L minimap এর

-s INT এর চেয়ে ছোট ম্যাপিং ড্রপ করুন INT-বিপি [1000]। এই বিকল্পটি দ্বিতীয়টিকেও প্রভাবিত করে
রিড ফিল্টারিং এবং ন্যূনতম ওভারল্যাপ দৈর্ঘ্যের রাউন্ড।

-i ভাসা রিড ফিল্টারিংয়ের সময়, নীচের col10/col11 সহ ম্যাপিংগুলিকে উপেক্ষা করুন৷ ভাসা [0.05]।
উপেক্ষিত ম্যাপিং এখনও পঠিত ওভারল্যাপের জন্য ব্যবহার করা হয়।

-c INT অন্যান্য পাঠ দ্বারা ন্যূনতম কভারেজ [3]। ফিল্টারিং প্রথম রাউন্ডে, miniasm
দ্বারা আচ্ছাদিত দীর্ঘতম অঞ্চল খুঁজে পায় INT বা আরো পড়া। দ্বিতীয় রাউন্ডে, এটি
উপরন্তু প্রতিটি অবশিষ্ট বেস দ্বারা আবৃত করা প্রয়োজন INT বেস অন্তত
minSpan/2 অন্যান্য পাঠের প্রান্ত থেকে।

অধিক্রমণ অপশন
-o INT ন্যূনতম ওভারল্যাপ দৈর্ঘ্য [একই হিসাবে minSpan]

-h INT সর্বোচ্চ ওভারহ্যাং দৈর্ঘ্য [1000]। একটি ওভারহ্যাং একটি আনম্যাপ করা অঞ্চল যা হওয়া উচিত৷
একটি সত্য ওভারল্যাপ বা সত্য কন্টেনমেন্ট দেওয়া ম্যাপ করা হয়েছে। যদি ওভারহ্যাং খুব দীর্ঘ হয়,
ম্যাপিং একটি অভ্যন্তরীণ মিল হিসাবে বিবেচিত এবং উপেক্ষা করা হবে।

-I ভাসা একটি ম্যাপিংয়ের জন্য ম্যাপিং দৈর্ঘ্যের সাথে ম্যাপিং+অভারহ্যাং দৈর্ঘ্যের ন্যূনতম অনুপাত
একটি নিয়ন্ত্রণ বা একটি ওভারল্যাপ হিসাবে বিবেচনা করা হয় [0.8]। এই বিকল্প একটি অনুরূপ ভূমিকা আছে
-h, ব্যতীত এটি অনুপাত নিয়ন্ত্রণ করে, দৈর্ঘ্য নয়।

চিত্রলেখ বিন্যাস অপশন
-g INT একটি ম্যাপিং [1000] এ দুটি পাঠের মধ্যে সর্বাধিক ব্যবধানের পার্থক্য। এই পরামিতি হল
শুধুমাত্র ট্রানজিটিভ হ্রাসের জন্য ব্যবহৃত হয়।

-d INT বুদবুদ পপিংয়ের জন্য সর্বাধিক অনুসন্ধানের দূরত্ব [50000]। থেকে দীর্ঘ বুদবুদ INT
পপ করা হবে না

-e INT একটি ইউনিটিগ ছোট হিসাবে বিবেচিত হয় যদি এটি এর থেকে কম গঠিত হয় INT পড়ে [৪]।
Minias বিভিন্ন ধাপে ছোট unitigs অপসারণ করার চেষ্টা করতে পারে.

-f ফাইল ইউনিটিগ সিকোয়েন্স তৈরির জন্য FASTA বা FASTQ ফর্ম্যাটে সিকোয়েন্স ফাইল পড়ুন
[খালি]. যদি এই বিকল্পটি অনুপস্থিত থাকে, miniasm একটি GFA আউটপুট ছাড়াই তৈরি করে
ক্রম।

-r ফ্লোট১, [ফ্লোট২]
সর্বাধিক এবং সর্বনিম্ন ওভারল্যাপ ড্রপ অনুপাত [0.7,0.5]। ওভারল্যাপ(v->w) ওভারল্যাপ হতে দিন
প্রান্তের দৈর্ঘ্য v->w এবং maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} সবচেয়ে বড়টির দৈর্ঘ্য হবে
ওভারল্যাপ Minias drops overlap v->w যদি ওভারল্যাপ(v->w)/maxovlp(v) a এর নিচে হয়
থ্রেশহোল্ড এই বিকল্প দ্বারা নিয়ন্ত্রিত. Minias প্রযোজ্য n রাউন্ড সংক্ষিপ্ত বৃত্তাকার
মধ্যে একটি ক্রমবর্ধমান থ্রেশহোল্ড সঙ্গে ওভারল্যাপ অপসারণ FLOAT1 এবং FLOAT2.

-n INT সংক্ষিপ্ত ওভারল্যাপ অপসারণের রাউন্ড [3]।

-F ভাসা সংক্ষিপ্ত ইউনিটিগ অপসারণের পরে ওভারল্যাপ ড্রপ অনুপাত থ্রেশহোল্ড [0.8]

বিবিধ অপশন
-b ইঙ্গিত করুন যে ইনপুটে, একই ম্যাপিং দুইবার দেওয়া হতে পারে

-1 প্রি-অ্যাসেম্বলি রিড সিলেকশনের প্রথম রাউন্ড এড়িয়ে যান

-2 প্রি-অ্যাসেম্বলি রিড সিলেকশনের দ্বিতীয় রাউন্ড এড়িয়ে যান

-p STR আউটপুট তথ্য এবং বিন্যাস [ug]। সম্ভব STR মান অন্তর্ভুক্ত - বিছানা: পোস্ট-
বিড ফরম্যাটে ফিল্টার করা রিড অঞ্চল; Paf: পোস্ট-ফিল্টার করা মধ্যে ম্যাপিং
সার্চ; sg: GFA বিন্যাসে ওভারল্যাপ গ্রাফ পড়ুন; ug: GFA এ ইউনিটিগ গ্রাফ
বিন্যাস।

-V stdout সংস্করণ নম্বর প্রিন্ট করুন

ইনপুট বিন্যাসে

Minias প্যায়ারওয়াইজ ম্যাপিং ফরম্যাটে (PAF) ম্যাপিং পজিশন পড়ে, যা একটি TAB-
প্রতিটি লাইনের সাথে সীমাবদ্ধ পাঠ্য বিন্যাস যাতে বর্ণনা করা হয়েছে কমপক্ষে 12টি ক্ষেত্র থাকে
নিম্নলিখিত টেবিল:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ─────────────────────────────┐
│পর্বতমালার টোল │ আদর্শ │ বিবরণ │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────
│ 1 │ স্ট্রিং │ কোয়েরি সিকোয়েন্স নাম │
│ 2 │ int │ কোয়েরি ক্রম দৈর্ঘ্য │
│ 3 │ int │ কোয়েরি স্টার্ট কোঅর্ডিনেট (0-ভিত্তিক) │
│ 4 │ int │ কোয়েরি শেষ স্থানাঙ্ক (0-ভিত্তিক) │
│ 5 │ char │ `+' যদি একই স্ট্র্যান্ডে প্রশ্ন এবং লক্ষ্য থাকে; `-' যদি বিপরীত হয় │
│ 6 │ স্ট্রিং │ লক্ষ্য ক্রম নাম │
│ 7 │ int │ লক্ষ্য ক্রম দৈর্ঘ্য │
│ 8 │ int │ মূল স্ট্র্যান্ডে লক্ষ্য শুরু স্থানাঙ্ক │
│ 9 │ int │ মূল স্ট্র্যান্ডের লক্ষ্য শেষ স্থানাঙ্ক │
│ 10 │ int │ ম্যাপিং-এ মিলিত ঘাঁটির সংখ্যা │
│ 11 │ int │ নম্বর বেস, ফাঁক সহ, ম্যাপিং │
│ 12 │ int │ ম্যাপিং গুণমান (অনুপস্থিত জন্য 0 এর সাথে 255-255) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────

দয়া করে দেখুন মিনিম্যাপ(1) প্রতিটি ক্ষেত্রের বিশদ বিবরণের জন্য।

আউটপুট বিন্যাসে

Minias গ্রাফিক্যাল ফ্র্যাগমেন্ট অ্যাসেম্বলি ফরম্যাটে (GFA) সমাবেশকে আউটপুট করে। এটা
লাইন ভিত্তিক TAB- সীমাবদ্ধ বিন্যাস, অগ্রণী অক্ষর সহ লাইনের ধরন নির্দেশ করে।
নিম্নোক্ত সারণীটি ক্ষুদ্রতা দ্বারা ব্যবহৃত লাইনের ধরন দেয়:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│লাইন │ মন্তব্য │ ফিক্সড ক্ষেত্র │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ হেডার │ N/A │
│ S │ সেগমেন্ট │ segName segSeq │
│ L │ ওভারল্যাপ │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ একটি │ সুবর্ণ পথ │ utgName utgStart readName:start-end readOri length │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে মিনিজম ব্যবহার করুন