mustang - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

mustang - একটি একাধিক কাঠামোগত প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম

সাইনোপিসিস

আমেরিকার বন্য ঘোড়াবিশেষ [অপশন] নথি পত্র...

বর্ণনাঃ

এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা সংক্ষিপ্তভাবে নথি আমেরিকার বন্য ঘোড়াবিশেষ কমান্ড।

আমেরিকার বন্য ঘোড়াবিশেষ একটি প্রোগ্রাম যা একাধিক কাঠামোগত প্রান্তিককরণের জন্য একটি অ্যালগরিদম প্রয়োগ করে
প্রোটিন গঠন। PDB ফাইলগুলির একটি সেট দেওয়া, প্রোগ্রামটি স্থানিক তথ্য ব্যবহার করে
একটি ক্রম প্রান্তিককরণ তৈরি করতে সেটের ক্যালফা পরমাণু। একটি প্রগতিশীল উপর ভিত্তি করে
যুগ্মভাবে হিউরিস্টিক অ্যালগরিদম তারপর অনেক পরিমার্জন পাসের মধ্য দিয়ে এগিয়ে যায়।
আমেরিকার বন্য ঘোড়াবিশেষ একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ এবং এর সংশ্লিষ্ট সুপারপজিশন রিপোর্ট করে
কাঠামো

কমান্ড লাইন সংক্ষিপ্ত রাখতে ব্যবহারকারী পাথ এবং ফাইলের নাম লিখতে পারে a
(বর্ণনা) ফাইল এবং '-f' ব্যবহার করে কমান্ড লাইনে বর্ণনা ফাইল সরবরাহ করুন
বিকল্প উদাহরণস্বরূপ ইনস্টলেশন পরীক্ষা করার জন্য ব্যবহৃত ফাইলটি দেখুন:
'/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'।

PATH-এর একটি উপসর্গ '>' থাকা উচিত। যখন প্রোগ্রামটি এই ফাইলটি পার্স করে, তখন এটি লাইনের সন্ধান করে
'>' চিহ্ন দিয়ে শুরু (চিহ্নের আগে এবং পরে সাদা স্থানগুলি উপেক্ষা করা হয়)। পথ
সারিবদ্ধ করা কাঠামোর PDB ফাইলগুলি অনুসরণ করা উচিত। উদাহরণস্বরূপ দেখুন:
/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'।

FILENAMES-এর একটি উপসর্গ থাকা উচিত '+' (এই চিহ্নের আগে এবং পরে হোয়াইটস্পেস উপেক্ষা করা হয়)।
যদি PATH নির্দিষ্ট করা থাকে তাহলে '+' চিহ্নের পরে শুধুমাত্র ফাইলের নাম দেওয়া উচিত।
যাইহোক, যদি PATH লাইন প্রদান করা না হয়, তাহলে কাঠামোর পরম/আপেক্ষিক পাথ
ফাইল দিতে হবে।

বর্ণনা ফাইল বিন্যাস নীচে আরও বর্ণনা করা হয়েছে -f CmdLine বিকল্প)।

বিকল্প

বিকল্পগুলির একটি সারাংশ নীচে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।

-p
সারিবদ্ধ করার জন্য (PDB) স্ট্রাকচার ধারণ করে ডিরেক্টরির পথ।

-i ...
ইনপুট কাঠামো সারিবদ্ধ করা হবে. দ্রষ্টব্য: যদি -p বিকল্পটি কমান্ড লাইনে ব্যবহৃত হয়,
শুধুমাত্র কাঠামোর ফাইলের নাম সরবরাহ করুন; না দিলে পরম/আত্মীয়
প্রতিটি ইনপুট কাঠামোর পথ।

-f <বর্ণনা ফাইল>
এই বিকল্পটি পথ প্রবেশ এড়াতে ব্যবহার করা হয় (-p) এবং ফাইলের নাম (-i) বিস্তারিত
কমান্ড লাইন। পরিবর্তে, কমান্ড লাইন ছোট রাখতে, ব্যবহারকারী প্রবেশ করতে পারেন
একটি "বিবরণ" ফাইলে পাথ এবং ফাইলের নামের বিবরণ এবং কমান্ডে সরবরাহ করুন
লাইন "বিবরণ ফাইল" এর বিন্যাসটি আরও আলোচনা করা হয়েছে
উপরে 'DESCRIPTION' বিভাগ। দ্রষ্টব্য: বিকল্পগুলি { -p , -i} এবং {-f} পারস্পরিকভাবে
একচেটিয়া।

-o <আউটপুট শনাক্তকারী>
প্রোগ্রামের বিভিন্ন আউটপুটের জন্য একটি সাধারণ শনাক্তকারী। উপযুক্ত এক্সটেনশন
(যেমন .html, .pdb, .msf) এর সাথে যোগ করা হবে
ব্যবহারকারী কমান্ড লাইনে যে বিকল্পগুলি নির্দিষ্ট করে তার উপর নির্ভর করে শনাক্তকারী।
ডিফল্ট আউটপুট শনাক্তকারী: 'ফলাফল'

-F
প্রান্তিককরণ আউটপুট বিন্যাস। জন্য পছন্দ হল: 'html', 'fasta', 'pir',
'msf'। ডিফল্ট বিন্যাস: 'html'

-D [CA-CA ব্যাস]
একটি এইচটিএমএল ফাইল তৈরি করুন যেখানে অবশিষ্টাংশগুলি ধূসর রঙের সাথে ছোট হাতের অক্ষরে রিপোর্ট করা হয়
পটভূমি যখন একটি কলামে অবশিষ্টাংশের CA-CA ব্যাস সারিবদ্ধ (অতিরিক্ত)
প্রান্তিককরণ হল > CA-CA ব্যাস থ্রেশহোল্ড।

-s [ / ]
উপর ভিত্তি করে সমস্ত কাঠামোর সর্বোত্তম সুপারপজিশন ধারণকারী একটি PDB ফাইল তৈরি করুন
প্রান্তিককরণ ডিফল্ট: 'চালু'।

-r [ / ]
রোটেশন ম্যাট্রিক্স সহ একাধিক সুপারপজিশনের একটি ফাইল rmsd টেবিলে প্রিন্ট করুন এবং
অনুবাদ ভেক্টর প্রতিটি ইনপুট কাঠামোর সাথে সম্পর্কিত। ডিফল্ট: 'বন্ধ'।

--help একটি সাহায্য বার্তা প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন।

--সংস্করণ
আউটপুট সংস্করণ তথ্য এবং প্রস্থান।

লেখক

আমেরিকার বন্য ঘোড়াবিশেষ AS Konagurthu-এর অ্যালগরিদম ব্যবহার করে AS Konagurthu লিখেছিলেন et অল।
(রেফারেন্স দেখুন)

এমএএন পৃষ্ঠা

এই ম্যান পেজটি মূলত মর্টেন কেজেল্ডগার্ড দ্বারা উত্পাদিত হয়েছিল ([ইমেল সুরক্ষিত]) ব্যবহার করে
থেকে তথ্য মুস্তাং এর --হেল্প অপশন।

REFERENCE,

এএস কোনাগুরথু, জে. হুইসস্টক, পিজে স্টুকি এবং এএম লেস্ক, মুস্তাং: একটি একাধিক
কাঠামোগত প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম, প্রোটিন, 64(3) 559-574 (2006).

বাগ প্রতিবেদন

অরুণ AT csse DOT unimelb DOT edu DOT au

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে mustang ব্যবহার করুন