nhmmer - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

nhmmer - একটি DNA/RNA সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিরুদ্ধে DNA/RNA কোয়েরি অনুসন্ধান করুন

সাইনোপিসিস

nhmmer [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

nhmmer একটি নিউক্লিওটাইড অনুক্রমের বিরুদ্ধে এক বা একাধিক নিউক্লিওটাইড প্রশ্ন অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়
তথ্যশালা. প্রতিটি প্রশ্নের জন্য , টার্গেট ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে যে ক্যোয়ারী ব্যবহার করুন
মধ্যে ক্রম , এবং সবচেয়ে তাৎপর্যপূর্ণ হিটগুলির একটি র‌্যাঙ্ক করা তালিকা আউটপুট করুন
প্রশ্নের সাথে মেলে। একটি প্রশ্ন ব্যবহার করে নির্মিত একটি প্রোফাইল মডেল হতে পারে hmmbuild, একটি
ক্রম প্রান্তিককরণ, বা একটি একক ক্রম। ক্রম ভিত্তিক প্রশ্ন হতে পারে একটি সংখ্যা
বিন্যাস (দেখুন --qformat), এবং সাধারণত স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা যেতে পারে। শুধু যে নোট করুন স্টকহোম
ফরম্যাট একাধিক সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট নিয়ে গঠিত প্রশ্ন সমর্থন করে।

হয় প্রশ্ন বা লক্ষ্য হতে পারে '-' (একটি ড্যাশ অক্ষর), যার মধ্যে
ক্যোয়ারী ফাইল বা টার্গেট ডাটাবেস ইনপুট একটি থেকে পড়া হবে এর পরিবর্তে পাইপ
একটি ফাইল থেকে। শুধুমাত্র একটি ইনপুট উত্স মাধ্যমে আসতে পারে , উভয় নয়। যদি প্রশ্ন করা হয়
ক্রম-ভিত্তিক এবং মাধ্যমে পাস , দ্য --qformat পতাকা ব্যবহার করতে হবে। যদি
তারপর একাধিক প্রশ্ন রয়েছে থেকে আসতে পারে না , কারণ
আমরা স্ট্রিমিং টার্গেট ডাটাবেসটিকে অন্য প্রোফাইল দিয়ে অনুসন্ধান করতে রিওয়াইন্ড করতে পারি না।

যদি প্রশ্নটি ক্রম-ভিত্তিক হয়, এবং থেকে নয় , HMM(গুলি) ধারণকারী একটি নতুন ফাইল
ইনপুট(গুলি) থেকে নির্মিত ফাইলের নাম সেট সহ ঐচ্ছিকভাবে উত্পাদিত হতে পারে
ব্যবহার করে --হুম পতাকা।

আউটপুট বিন্যাসটি মানুষের-পাঠযোগ্য হওয়ার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, তবে প্রায়শই এটি এত বড় হয় যে
এটি পড়া অবাস্তব, এবং এটি পার্স করা একটি বেদনাদায়ক। দ্য --tblout বিকল্প একটি আউটপুট সংরক্ষণ করে
সহজ সারণী বিন্যাস যা সংক্ষিপ্ত এবং পার্স করা সহজ। দ্য -o বিকল্প অনুমতি দেয়
প্রধান আউটপুটকে পুনঃনির্দেশ করা হচ্ছে, এটিকে /dev/null-এ ফেলে দেওয়া সহ।

বিকল্প

-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং সমস্ত উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।

বিকল্প জন্য কন্ট্রোলিং আউটপুট

-o একটি ফাইলে প্রধান মানব-পাঠযোগ্য আউটপুটকে নির্দেশ করুন ডিফল্ট stdout এর পরিবর্তে।

-A সমস্ত উল্লেখযোগ্য হিটগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ সংরক্ষণ করুন (যা সন্তোষজনক অন্তর্ভুক্তি
প্রান্তিক মান) ফাইলে .

--tblout
প্রতি-টার্গেট আউটপুট সংক্ষিপ্ত করে একটি সাধারণ ট্যাবুলার (স্পেস-ডিলিমিটেড) ফাইল সংরক্ষণ করুন,
সমজাতীয় লক্ষ্য ক্রম প্রতি একটি ডেটা লাইনের সাথে পাওয়া গেছে।

--dfamtblout
প্রতি-হিট আউটপুটের সারসংক্ষেপ করে একটি ট্যাবুলার (স্পেস-ডিলিমিটেড) ফাইল সংরক্ষণ করুন, অনুরূপ
--tblout কিন্তু আরো সংক্ষিপ্ত.

--আলিস্কোরআউট
প্রতিটি হিটের জন্য অবস্থান প্রতি স্কোরের একটি তালিকা ফাইল করতে সংরক্ষণ করুন। এই জন্য দরকারী
উদাহরণস্বরূপ, সমাধানে ব্যবহারের জন্য উচ্চ স্কোর ঘনত্বের অঞ্চলগুলি সনাক্ত করতে
বিভিন্ন মডেল থেকে ওভারল্যাপিং হিট.

--হুম
যদি ক্রম-ভিত্তিক, অভ্যন্তরীণভাবে গণনা করা HMM(গুলি) লিখুন .

--এসিসি প্রধান আউটপুটে নামের পরিবর্তে অ্যাক্সেসগুলি ব্যবহার করুন, যেখানে প্রোফাইলগুলির জন্য উপলব্ধ
এবং/অথবা ক্রম।

--নোয়ালি
প্রধান আউটপুট থেকে প্রান্তিককরণ বিভাগটি বাদ দিন। এটি ব্যাপকভাবে আউটপুট কমাতে পারে
ভলিউম।

--notextw
মূল আউটপুটে প্রতিটি লাইনের দৈর্ঘ্য সীমাহীন করুন। ডিফল্ট 120 এর সীমা
প্রতি লাইনে অক্ষর, যা টার্মিনালগুলিতে পরিষ্কারভাবে আউটপুট প্রদর্শন করতে সাহায্য করে এবং
এডিটরগুলিতে, কিন্তু টার্গেট প্রোফাইল বর্ণনা লাইন ছেঁটে ফেলতে পারে।

--textw
প্রধান আউটপুট এর লাইন দৈর্ঘ্য সীমা সেট করুন প্রতি লাইনে অক্ষর। ডিফল্ট হয়
120.

বিকল্প কন্ট্রোলিং প্রতিবেদনের তিনটি

রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ করে কোন হিটগুলি আউটপুট ফাইলগুলিতে রিপোর্ট করা হয় (প্রধান আউটপুট,
--tblout, এবং --dfamtblout) হিটগুলি পরিসংখ্যানগত তাত্পর্য (ই-মান) দ্বারা র‌্যাঙ্ক করা হয়।

-E <= এর একটি ই-মান সহ লক্ষ্য ক্রম রিপোর্ট করুন . ডিফল্ট হল 10.0, মানে
গড়ে, প্রতি ক্যোয়ারীতে প্রায় 10টি মিথ্যা ইতিবাচক রিপোর্ট করা হবে, যাতে আপনি করতে পারেন
গোলমালের শীর্ষটি দেখুন এবং এটি সত্যিই গোলমাল কিনা তা নিজেই সিদ্ধান্ত নিন।

-T ই-মানে আউটপুট থ্রেশহোল্ড করার পরিবর্তে, এর সাথে লক্ষ্য ক্রম রিপোর্ট করুন
>= এর বিট স্কোর .

বিকল্প জন্য অন্তর্ভুক্ত তিনটি

অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ডের চেয়ে কঠোর। অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ
কোন হিটগুলিকে আউটপুট সারিবদ্ধকরণে অন্তর্ভুক্ত করার জন্য যথেষ্ট নির্ভরযোগ্য বলে মনে করা হয় বা a
পরবর্তী অনুসন্ধান রাউন্ড, বা সন্দেহজনক ("?") এর বিপরীতে উল্লেখযোগ্য ("!") হিসাবে চিহ্নিত
হিট আউটপুটে।

--incE
<= এর একটি ই-মান ব্যবহার করুন অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড হিসাবে. ডিফল্ট হল 0.01, মানে
যে গড়ে, প্রতি 1টি অনুসন্ধানে প্রায় 100টি মিথ্যা ইতিবাচক আশা করা হবে৷
বিভিন্ন প্রশ্নের ক্রম সহ।

--incT
অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড সেট করার জন্য ই-মান ব্যবহার করার পরিবর্তে, এর একটি বিট স্কোর ব্যবহার করুন
>= অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড হিসাবে. ডিফল্টরূপে এই বিকল্পটি আনসেট করা আছে।

বিকল্প জন্য মডেল-নির্দিষ্ট স্কোর থ্রেসহোল্ডিং

কিউরেটেড প্রোফাইল ডাটাবেস প্রতিটি প্রোফাইলের জন্য নির্দিষ্ট বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড সংজ্ঞায়িত করতে পারে,
শুধুমাত্র পরিসংখ্যানগত তাত্পর্যের উপর ভিত্তি করে যেকোন থ্রেশহোল্ডিংকে ছাড়িয়ে যাচ্ছে।

এই বিকল্পগুলি ব্যবহার করার জন্য, প্রোফাইলে অবশ্যই উপযুক্ত (GA, TC, এবং/অথবা NC) থাকতে হবে
ঐচ্ছিক স্কোর থ্রেশহোল্ড টীকা; এই দ্বারা কুড়ান হয় hmmbuild স্টকহোম ফরম্যাট থেকে
প্রান্তিককরণ ফাইল। একটি নিউক্লিওটাইড মডেলের জন্য, প্রতিটি থ্রেশহোল্ডিং বিকল্পে একটি একক প্রতি-হিট থাকে
প্রান্তিক এই হিসাবে কাজ করে -T --incT প্রতিটি ব্যবহার করে বিশেষভাবে প্রয়োগ করা হয়েছে
মডেলের কিউরেটেড থ্রেশহোল্ড।

--কাট_গা
প্রতি-হিট রিপোর্টিং সেট করতে মডেলে GA (জড়ো করা) বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড। GA থ্রেশহোল্ডগুলিকে সাধারণত নির্ভরযোগ্য বলে মনে করা হয়
কিউরেটেড থ্রেশহোল্ড পারিবারিক সদস্যতা সংজ্ঞায়িত করে; উদাহরণস্বরূপ, Dfam এ, এইগুলি
পরিচিত একটি পরিবারের মডেলের সাথে একটি জিনোম টীকা করার সময় থ্রেশহোল্ড প্রয়োগ করা হয়
যে জীব পাওয়া যাবে. তারা ন্যূনতম প্রত্যাশিত মিথ্যা আবিষ্কারের অনুমতি দিতে পারে
হার।

--cut_nc
প্রতি-হিট রিপোর্টিং সেট করতে মডেলে NC (শব্দ কাটঅফ) বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড। NC থ্রেশহোল্ডগুলি GA এর চেয়ে কম কঠোর; প্রেক্ষাপটে
Pfam-এর, এগুলি সাধারণত সর্বাধিক পরিচিত স্কোর সংরক্ষণ করতে ব্যবহৃত হয়
ইতিবাচক মিথ্যা.

--cut_tc
প্রতি-হিট সেট করতে মডেলে NC (বিশ্বস্ত কাটঅফ) বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
রিপোর্টিং এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড। TC থ্রেশহোল্ডগুলি GA এর চেয়ে বেশি কঠোর এবং
সাধারণত সর্বনিম্ন-স্কোরিং পরিচিত সত্য ইতিবাচক স্কোর হিসাবে বিবেচিত হয়
যে সব পরিচিত মিথ্যা ইতিবাচক উপরে; উদাহরণস্বরূপ, Dfam-এ, এই থ্রেশহোল্ডগুলি
একটি পরিবারের মডেলের সাথে একটি জিনোম টীকা করার সময় প্রয়োগ করা হয় যা পাওয়া যায় না
যে জীব.

বিকল্প কন্ট্রোলিং দ্য ত্বরণ পাইপলাইন

HMMER3 অনুসন্ধানগুলি একটি তিন-পদক্ষেপ ফিল্টার পাইপলাইনে ত্বরান্বিত হয়: স্ক্যানিং-SSV ফিল্টার,
ভিটারবি ফিল্টার এবং ফরওয়ার্ড ফিল্টার। প্রথম ফিল্টারটি দ্রুততম এবং সর্বাধিক
আনুমানিক; শেষটি সম্পূর্ণ ফরোয়ার্ড স্কোরিং অ্যালগরিদম। একটি পক্ষপাত ফিল্টার আছে
SSV এবং Viterbi এর মধ্যে ধাপ। টার্গেট যা ত্বরণ পাইপলাইনের সমস্ত ধাপ অতিক্রম করে
তারপর পোস্টপ্রসেসিং - ডোমেন শনাক্তকরণ এবং ব্যবহার করে স্কোরিং করা হয়
ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড অ্যালগরিদম।

ফিল্টার থ্রেশহোল্ড পরিবর্তন করা শুধুমাত্র বিবেচনা থেকে লক্ষ্যগুলি সরিয়ে দেয় বা অন্তর্ভুক্ত করে; পরিবর্তন
ফিল্টার থ্রেশহোল্ডগুলি বিট স্কোর, ই-মান, বা প্রান্তিককরণগুলিকে পরিবর্তন করে না, যার সবগুলিই
শুধুমাত্র পোস্টপ্রসেসিং এ নির্ধারিত।

-- সর্বোচ্চ বায়াস ফিল্টার সহ সমস্ত ফিল্টার বন্ধ করুন (প্রায়) এবং সম্পূর্ণভাবে চালান
বেশির ভাগ টার্গেট সিকোয়েন্সে ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড পোস্টপ্রসেসিং। বিপরীতে
phmmer এবং হুম অনুসন্ধান, যেখানে এই পতাকা সত্যিই ফিল্টার সম্পূর্ণরূপে বন্ধ করে দেয়,
দ্য -- সর্বোচ্চ পতাকা nhmmer স্ক্যানিং-SSV ফিল্টার থ্রেশহোল্ড 0.4 সেট করে, 1.0 নয়।
এই পতাকার ব্যবহারে সংবেদনশীলতা কিছুটা বাড়ে, গতিতে বড় খরচে।

--F1
SSV ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। ডিফল্ট হল 0.02, মানে
যে মোটামুটি 2% সর্বোচ্চ স্কোরিং nonhomologous লক্ষ্য পাস হতে প্রত্যাশিত
ফিল্টার।

--F2
ভিটারবি ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। ডিফল্ট হল 0.001।

--F3
ফরোয়ার্ড ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। ডিফল্ট হল 1e-5।

--নোবিয়াস
বায়াস ফিল্টার বন্ধ করুন। এটি কিছুটা সংবেদনশীলতা বাড়ায়, তবে এ আসতে পারে
গতিতে উচ্চ খরচ, বিশেষ করে যদি ক্যোয়ারীতে পক্ষপাতমূলক অবশিষ্টাংশের গঠন থাকে (যেমন
একটি পুনরাবৃত্ত ক্রম অঞ্চল, অথবা যদি এটি একটি ঝিল্লি প্রোটিন হয় যার বড় অঞ্চল রয়েছে
হাইড্রোফোবিসিটি)। বায়াস ফিল্টার ছাড়া, অনেকগুলো সিকোয়েন্স ফিল্টারটি পাস করতে পারে
পক্ষপাতদুষ্ট প্রশ্নগুলির সাথে, যা প্রত্যাশিত কর্মক্ষমতার চেয়ে ধীর হয়ে যায়
গণনামূলকভাবে নিবিড় ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড অ্যালগরিদম একটি অস্বাভাবিকভাবে ভারী
ভার.

বিকল্প জন্য নির্দিষ্ট করা দ্য বর্ণমালা

লক্ষ্য ডাটাবেসের বর্ণমালার ধরন (DNA বা RNA) ডিফল্টরূপে স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয়
এর রচনার দিকে তাকিয়ে . স্বয়ংক্রিয় সনাক্তকরণ সাধারণত বেশ নির্ভরযোগ্য, কিন্তু
মাঝে মাঝে বর্ণমালার ধরন অস্পষ্ট হতে পারে এবং স্বয়ংক্রিয় সনাক্তকরণ ব্যর্থ হতে পারে (উদাহরণস্বরূপ, যখন
প্রথম ক্রমটি অস্পষ্ট অক্ষরের একটি রান দিয়ে শুরু হয়)। এই এড়াতে, বা
স্বয়ংক্রিয় বিশ্লেষণ পাইপলাইনে দৃঢ়তা বৃদ্ধি, আপনি বর্ণমালার প্রকার নির্দিষ্ট করতে পারেন
এই বিকল্পগুলির সাথে।

--ডিএনএ উল্লেখ করুন যে সব ক্রম মধ্যে DNA হয়।

--আরএনএ উল্লেখ করুন যে সব ক্রম মধ্যে RNA হয়।

বিকল্প কন্ট্রোলিং বীজ অনুসন্ধান হিউরিস্টিক

যখন সঙ্গে অনুসন্ধান nhmmer, কেউ ঐচ্ছিকভাবে লক্ষ্যের একটি বাইনারি সংস্করণ প্রি-কম্পিউট করতে পারে
ডাটাবেস, ব্যবহার করে makehmmerdb, তারপর সেই ডাটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধান করুন। ডিফল্ট সেটিংস ব্যবহার করে,
এটি বেঞ্চমার্কে সংবেদনশীলতার সামান্য ক্ষতির সাথে মোটামুটি 10-গুণ ত্বরণ দেয়।
এটি একটি হিউরিস্টিক পদ্ধতি ব্যবহার করে অর্জন করা হয় যা বীজ অনুসন্ধান করে (অসংযুক্ত প্রান্তিককরণ)
যার চারপাশে সম্পূর্ণ প্রক্রিয়াকরণ করা হয়। এটি মূলত SSV পর্যায়ের প্রতিস্থাপন।
(এই পদ্ধতিটি ব্যাপকভাবে পরীক্ষা করা হয়েছে, তবে এখনও কিছুটা হিসাবে বিবেচনা করা উচিত
পরীক্ষামূলক।) নিম্নলিখিত বিকল্পগুলি শুধুমাত্র প্রভাব ফেলে nhmmer যদি এর মান --tformat is
hmmerdb.

বীজ অনুসন্ধানের এই পদক্ষেপের জন্য পরামিতি পরিবর্তন করা গতি এবং সংবেদনশীলতা উভয়কেই প্রভাবিত করবে -
সাধারণত দ্রুত অনুসন্ধান কম সংবেদনশীলতা বাড়ে.

--বীজ_সর্বোচ্চ_গভীরতা
বীজ পদক্ষেপের জন্য প্রয়োজন যে একটি বীজ দৈর্ঘ্যে একটি নির্দিষ্ট বিট স্কোরে পৌঁছাবে না
চেয়ে . ডিফল্টরূপে, এই মান হল 15. লম্বা বীজ একটি বৃহত্তর সুযোগ অনুমতি দেয়
বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড পূরণ করা, ফিল্টারিং হ্রাসের দিকে পরিচালিত করে (বৃহত্তর
সংবেদনশীলতা, ধীর রান সময়)।

--বীজ_এসসি_মাড়াই
বীজ স্কোর পৌঁছাতে হবে (বিট মধ্যে) ডিফল্ট হল 15.0 বিট। একটি উচ্চতর
থ্রেশহোল্ড ফিল্টারিং কঠোরতা বাড়ায়, যা দ্রুত চালানোর সময় এবং কম করে
সংবেদনশীলতা।

--বীজ_sc_ঘনত্ব
একটি বীজের সমস্ত উপসর্গ বা সমস্ত প্রত্যয় অবশ্যই বিট ঘনত্ব থাকতে হবে (প্রতি বিট
সারিবদ্ধ অবস্থান) কমপক্ষে . ডিফল্ট হল 0.8 বিট/পজিশন। বৃদ্ধি
ঘনত্বের প্রয়োজনে ফিল্টারিং কঠোরতা বৃদ্ধি পায়, এইভাবে দ্রুত চালানো হয়
বার এবং কম সংবেদনশীলতা।

--বীজ_ড্রপ_ম্যাক্স_লেন
একটি বীজ দৈর্ঘ্যের রান নাও থাকতে পারে যার মধ্যে স্কোর কমে যায় --বীজ_ড্রপ_লিম
অথবা আরও. মূলত, এই বীজ ছাঁটাই করে যা লম্বা সামান্য-নেতিবাচক বীজের মধ্য দিয়ে যায়
এক্সটেনশন ডিফল্ট হল 4. সীমা বাড়ানোর ফলে (সামান্য) হ্রাস পায়
ফিল্টারিং দক্ষতা, এইভাবে ধীর রান সময় এবং উচ্চ সংবেদনশীলতা। (ছোট টিউনিং
বিকল্প)

--বীজ_ড্রপ_লিম
একটি বীজে, দৈর্ঘ্যের কোন রান নাও থাকতে পারে --বীজ_ড্রপ_ম্যাক্স_লেন যার মধ্যে স্কোর
দ্বারা ড্রপ --বীজ_ড্রপ_লিম. ডিফল্ট হল 0.3 বিট। বড় সংখ্যা মানে কম
ফিল্টারিং (ছোট টিউনিং বিকল্প)

--seed_req_pos
একটি বীজ অন্তত একটি রান থাকতে হবে ইতিবাচক-স্কোরিং ম্যাচ। ডিফল্ট হয়
5. বড় মান মানে ফিল্টারিং বৃদ্ধি। (ছোট টিউনিং বিকল্প)

--বীজ_ssv_দৈর্ঘ্য
একটি সংক্ষিপ্ত বীজ খুঁজে পাওয়ার পরে, একটি মুক্ত প্রান্তিককরণ উভয় দিকে প্রসারিত হয়
সাথে দেখা করার চেষ্টা --F1 স্কোর থ্রেশহোল্ড। যে জানালা দিয়ে এই মুক্ত করা হয়েছে
প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্য প্রসারিত হয় . ডিফল্ট হল 70। এই মান কমানো হচ্ছে
সংবেদনশীলতা হ্রাসের একটি ছোট ঝুঁকিতে রান টাইম কিছুটা কমিয়ে দেয়। (ছোট টিউনিং
বিকল্প)

অন্যান্য বিকল্প

--tformat
নিশ্চিত করুন যে টার্গেট সিকোয়েন্স ডাটাবেস ফাইল ফরম্যাটে আছে . গৃহীত বিন্যাস
অন্তর্ভুক্ত করা ফাস্ট, embl, genbank, ddbj, ইউনিপ্রট, স্টকহোম-এর, pfam, a2m, AFA, এবং
hmmerfm. ডিফল্ট হল ফাইলের বিন্যাস স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা। বিন্যাস hmmerfm
নির্দেশ করে যে ডাটাবেস ফাইলটি ব্যবহার করে উত্পাদিত একটি বাইনারি ফাইল makehmmerdb (এই
বিন্যাস বর্তমানে স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয় না)।

--qformat
ইনপুট যে ঘোষণা বিন্যাসে আছে . প্রশ্ন করার সময় এটি ব্যবহার করা হয়
প্রোফাইল মডেল(গুলি) দিয়ে তৈরি না হয়ে ক্রম-ভিত্তিক। বর্তমানে গৃহীত
মাল্টিপল অ্যালাইনমেন্ট সিকোয়েন্স ফাইল ফরম্যাটের মধ্যে রয়েছে স্টকহোম, অ্যালাইনড ফাসটা, ক্লাসাল,
NCBI PSI-BLAST, PHYLIP, Selex, এবং UCSC SAM A2M। ডিফল্ট স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয়
ফাইলের বিন্যাস।

--nonull2
পক্ষপাতদুষ্ট রচনার জন্য null2 স্কোর সংশোধন বন্ধ করুন।

-Z প্রতি-হিট ই-মান গণনার উদ্দেশ্যে, দাবি করুন যে মোট আকার
টার্গেট ডাটাবেস হয় মিলিয়ন নিউক্লিওটাইড, প্রকৃত সংখ্যার চেয়ে
লক্ষ্যগুলি দেখা গেছে।

--বীজ
এলোমেলো সংখ্যা বীজ সেট করুন . পোস্টপ্রসেসিংয়ের কিছু পদক্ষেপের জন্য মন্টের প্রয়োজন
কার্লো সিমুলেশন। ডিফল্ট একটি স্থির বীজ ব্যবহার করা হয় (42), যাতে ফলাফল হয়
ঠিক পুনরুৎপাদনযোগ্য। অন্য যেকোনো ধনাত্মক পূর্ণসংখ্যা ভিন্ন দেবে (কিন্তু এছাড়াও
প্রজননযোগ্য) ফলাফল। 0 এর একটি পছন্দ একটি এলোমেলোভাবে নির্বাচিত বীজ ব্যবহার করে।

--w_beta
জানালার দৈর্ঘ্য লেজের ভর। উপরের সীমানা, W, যে দৈর্ঘ্যে nhmmer প্রত্যাশা করে
মডেলের একটি উদাহরণ খুঁজে পেতে এমনভাবে সেট করা হয়েছে যে সমস্ত ক্রমগুলির ভগ্নাংশ
দৈর্ঘ্য সহ মডেল দ্বারা উত্পন্ন >= W কম . ডিফল্ট হল 1e-7।
এই পতাকাটির মান ওভাররাইড করতে ব্যবহার করা হতে পারে W দ্বারা মডেল জন্য প্রতিষ্ঠিত
hmmbuild, অথবা যখন প্রশ্নটি ক্রম-ভিত্তিক হয়।

--w_দৈর্ঘ্য
মডেল ইনস্ট্যান্স দৈর্ঘ্য উপরের সীমানাকে ওভাররাইড করুন, W, যা অন্যথায় দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয়
--w_beta. এটি মডেলের দৈর্ঘ্যের চেয়ে বড় হওয়া উচিত। মুল্য W গভীর ব্যবহার করা হয়
ত্বরণ পাইপলাইনে, এবং পরিমিত পরিবর্তনগুলি ফলাফলকে প্রভাবিত করবে বলে আশা করা যায় না
(যদিও এর বড় মান W দীর্ঘ রান টাইম বাড়ে)। এই পতাকা ব্যবহার করা যেতে পারে
এর মান ওভাররাইড করুন W দ্বারা মডেল জন্য প্রতিষ্ঠিত hmmbuild, অথবা যখন প্রশ্ন হয়
ক্রম-ভিত্তিক।

--উপরে
শুধুমাত্র উপরের স্ট্র্যান্ড অনুসন্ধান করুন. ডিফল্টরূপে কোয়েরি সিকোয়েন্স এবং এর বিপরীত উভয়ই-
পরিপূরক অনুসন্ধান করা হয়.

--তলে
শুধুমাত্র নীচে (বিপরীত-পরিপূরক) স্ট্র্যান্ড অনুসন্ধান করুন। ডিফল্টরূপে উভয় প্রশ্ন
ক্রম এবং এর বিপরীত-পরিপূরক অনুসন্ধান করা হয়।

--সিপিইউ
সমান্তরাল কর্মী থ্রেডের সংখ্যা সেট করুন . ডিফল্টরূপে, HMMER এটি সেট করে
এটি আপনার মেশিনে সনাক্ত করা CPU কোরের সংখ্যা - অর্থাৎ, এটি সর্বাধিক করার চেষ্টা করে
আপনার উপলব্ধ প্রসেসর কোর ব্যবহার. বিন্যাস সংখ্যার চেয়ে বেশি
উপলব্ধ কোর সামান্য, যদি কোন মান, কিন্তু আপনি এটি কিছু সেট করতে চাইতে পারেন
কম আপনি একটি পরিবেশ পরিবর্তনশীল সেট করে এই সংখ্যা নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন,
HMMER_NCPU.

এই বিকল্পটি শুধুমাত্র তখনই পাওয়া যায় যদি HMMER POSIX থ্রেড সমর্থন সহ কম্পাইল করা হয়।
এটি ডিফল্ট, কিন্তু এটি আপনার সাইটের কম্পাইল-টাইমে বন্ধ হয়ে থাকতে পারে
বা কোনো কারণে মেশিন।

--স্টল
MPI মাস্টার/কর্মী সংস্করণ ডিবাগ করার জন্য: শুরু করার পরে বিরতি, সক্রিয় করতে
চলমান মাস্টার এবং কর্মী(গুলি) প্রক্রিয়াগুলিতে ডিবাগার সংযুক্ত করতে বিকাশকারী৷ পাঠান
বিরতি ছেড়ে দিতে SIGCONT সংকেত। (জিডিবির অধীনে: (GDB) সংকেত SignCont) (কেবল
কম্পাইল-টাইমে ঐচ্ছিক MPI সমর্থন সক্ষম হলে উপলব্ধ।)

--এমপিআই ব্যবহার করে MPI মাস্টার/কর্মী মোডে চালান mpirun. (ঐচ্ছিক MPI হলেই উপলব্ধ
কম্পাইল-টাইমে সমর্থন সক্ষম করা হয়েছিল।)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে nhmmer অনলাইন ব্যবহার করুন