āĻāĻ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¨āĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ° āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
āĻŽāĻžāĻŽāĻžāĻ° - āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽā§āĻ° āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
mummer- āĻā§āĻāĻž
MUMs āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
dnadiff [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]āĻ āĻĨāĻŦāĻž [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]-d<āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻĢāĻžāĻāĻ˛>
exact-tandems
āĻĢāĻžāĻāĻ
āĻŽāĻžāĻ¨āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ° āĻĻā§āĻāĻž [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]<āĻā§āĻ°ā§āĻĄāĻ¸āĻĢāĻžāĻāĻ˛>[āĻāĻāĻāĻŋāĻāĻ°āĻāĻ°ā§āĻĄāĻ¸][āĻ¸āĻŋāĻĄāĻŋāĻāĻ¸āĻāĻ°ā§āĻĄāĻ¸]
mgaps [-āĻĄāĻŋ][-āĻ][-l][-s]
āĻŽāĻžāĻŽāĻžāĻ° [āĻ āĻĒāĻļāĻ¨]
mummerplot [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]<āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻāĻĢāĻžāĻāĻ˛>
āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
nucmer2xfig
promer [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
āĻ°āĻžāĻ¨-āĻŽāĻžāĻŽāĻžāĻ°1 <āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸><āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨>[-āĻāĻ°]
āĻ°āĻžāĻ¨-āĻŽāĻžāĻŽāĻžāĻ°3 <āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸><āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨>
āĻļā§-āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]<āĻ°ā§āĻĢāĻāĻāĻĄāĻŋ><qryāĻāĻāĻĄāĻŋ>
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ "āĻ¨āĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ°" āĻŦāĻž "āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ°" āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ stdout, āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻ āĻŋāĻ¤
āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻŋāĻšā§āĻ¨āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
āĻĻā§āĻ°āĻˇā§āĻāĻŦā§āĻ¯: āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ āĻā§āĻ¨ā§ āĻŦāĻžāĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻž, āĻ¤āĻžāĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻĒāĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻĻā§āĻ¯ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ.
āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄ [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
show-snps [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
āĻļā§-āĻāĻžāĻāĻ˛āĻŋāĻ [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ]
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ¸āĻ°āĻā§āĻāĻžāĻŽ (āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻž) -h, --help, -V āĻāĻŦāĻ --version āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻŽā§āĻ¨ā§ āĻāĻ˛ā§
āĻāĻļāĻž āĻāĻ°āĻž āĻāĻ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯āĻāĻŋ āĻāĻŽā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻŦāĻ āĻāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻŽā§āĻ˛āĻ¤ āĻ āĻĒā§āĻ°āĻāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§ āĻ¤ā§āĻ˛ā§āĨ¤
MUMs āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ MUMs āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻļā§āĻˇ āĻāĻŦāĻ MUM-āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻšā§-
āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° fasta āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻā§
-D āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ stdout āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
āĻāĻŦāĻ āĻ āĻā§āĻˇāĻ°
-n āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ, āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§, ACGT-āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¨
-N āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ° āĻŦā§āĻ°ā§āĻ āĻ āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻŦāĻž āĻāĻ°āĻ āĻĒāĻ°āĻĒāĻ° āĻ¨āĻ¨-ACGT
-q āĻā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻ˛ā§āĻŦā§āĻ˛ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻ˛ā§āĻŦā§āĻ˛ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ -r āĻā§āĻ¯āĻžāĻ
-S āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻ¸āĻŦ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯
-t āĻ˛ā§āĻŦā§āĻ˛ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻāĻž āĻšā§āĻĄāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŽā§āĻ˛ā§
-v num āĻ āĻ¤āĻŋāĻ°āĻŋāĻā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ¸ āĻ˛ā§āĻā§āĻ˛ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-W āĻĢāĻžāĻāĻ˛ errors.gaps āĻ¸āĻš āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-x .āĻāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
-e āĻāĻ°āĻ°-āĻ°ā§āĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ e āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ 0.02 āĻšāĻ˛ āĻĻā§āĻ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ)
dnadiff āĻ¨āĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ° āĻāĻŦāĻ āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋāĻ˛āĻŋāĻāĻŋāĨ¤ āĻāĻ°āĻ āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻŽāĻžāĻ° āĻĄāĻā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻĻā§āĻā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĨ¤ āĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨āĻ˛āĻŋāĻāĻŋāĻ¤ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§:
.report - āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ, āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯ āĻāĻŦāĻ SNP-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ
āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž - āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻ¨āĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
.1āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž - āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž-āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° -1 āĻĨā§āĻā§ 1-āĻĨā§āĻā§-1 āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
.mdelta - āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž-āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° -m āĻĨā§āĻā§ M-āĻā§-M āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
.1coords - āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄ āĻĨā§āĻā§ 1-āĻĨā§āĻā§-1 āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ -THrcl .1delta
.mcoords - āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄ āĻĨā§āĻā§ M-to-M āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ -THrcl .mdelta
.snps - show-snps -rlTHC .1delta āĻĨā§āĻā§ SNPs
.rdiff - āĻļā§-āĻĄāĻŋāĻĢ -rH .mdelta āĻĨā§āĻā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻ°ā§āĻĢ āĻŦā§āĻ°ā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ
.qdiff - āĻļā§-āĻĄāĻŋāĻĢ -qH .mdelta āĻĨā§āĻā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ qry āĻŦā§āĻ°ā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ
.unref - āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻšāĻ¯āĻŧ)
.unqry - āĻ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻšāĻ¯āĻŧ)
āĻŦāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ:
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻĢāĻžāĻ¸āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻĢāĻžāĻ¸āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
or
āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ nucmer āĻĨā§āĻā§ āĻāĻ¨āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž .delta āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋ:
-d|āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻŋ-āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻā§āĻĄ āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-h
--help āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-p|āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ "āĻāĻāĻ")
-V
--version āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŽāĻžāĻ¨āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ° āĻĻā§āĻāĻž
-h
--help āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-m|mag āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ°āĻāĻŋ āĻ°ā§āĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§,
āĻāĻāĻŋ fig2dev āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻ¯āĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻĒāĻŋāĻĄāĻŋāĻāĻĢ āĻāĻŦāĻ āĻĒāĻŋāĻāĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 1.0)
-n|num āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ, āĻāĻāĻŋ āĻā§āĻŦ āĻ¯ā§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻāĻĄāĻŧāĻžāĻ¤ā§ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻĄāĻŧ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 10)
-p|āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ "PROMER_graph āĻŦāĻž NUCMER_graph")
-v
--verbose āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻā§āĻ¤ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ¸ āĻ˛āĻāĻŋāĻ
-V
--version āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-x1 coord āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻž āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-x2 coord āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻž āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-g|ref āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋ 'mgaps' āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ, āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻāĻĄāĻŋ (āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
UTR/CDS coords āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ°)
-āĻāĻŽāĻŋ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°āĻŋ
-Ir āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŽāĻžāĻŽāĻžāĻ° āĻā§āĻāĻā§ āĻŦā§āĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (stdout āĻāĻ°āĻ¤ā§) āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ¯āĻĨā§āĻˇā§āĻ āĻ˛āĻŽā§āĻŦāĻž āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻŦāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻāĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻāĻŦāĻ
-āĻŽāĻŽ āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻ¯āĻž āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯
-mumcand same as -mumreference
-āĻŽāĻŽāĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻ¯āĻž āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸-āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻāĻ¤ā§āĻ¯āĻž āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§-āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
(āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
-maxmatch āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻ¤āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
-n āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° a, c, g, āĻŦāĻž t āĻ āĻā§āĻˇāĻ° āĻŽā§āĻ˛ā§
āĻ¤āĻžāĻ°āĻž āĻāĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻŦāĻž āĻā§āĻ āĻšāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
-āĻāĻŽāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻāĻŋ
āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻ āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ, āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻšāĻ˛ 20
-b āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻ āĻĢāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻāĻŦāĻ āĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¸ āĻāĻŽāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻŽāĻŋāĻ˛
-r āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°āĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻāĻŖāĻ¨āĻž
-s āĻŽāĻŋāĻ˛ā§ āĻ¯āĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¸āĻžāĻŦāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨
-c āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°āĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§-āĻĒāĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŽā§āĻ˛ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻĒā§āĻā§āĻˇāĻŋāĻ
-F āĻŦāĻ˛ 4 āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇā§ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ
-L āĻšā§āĻĄāĻžāĻ° āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧ
nuncmer
nucmer āĻĻā§āĻāĻŋ mutli-FASTA āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
āĻ¨āĻĨāĻŋ āĻĒāĻ¤ā§āĻ°. āĻĻā§āĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ .cluster āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°āĨ¤ .delta āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§
āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻāĻŦāĻ āĻŽā§āĻā§ āĻĢā§āĻ˛āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¯āĻž āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ.
āĻŦāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ:
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-FASTA āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻĢāĻžāĻ¸āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
--mum āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨
--mumcand Same as --mumreference
--mumreference āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŽāĻ¨ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻāĻ¤ā§āĻ¯āĻž āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¨āĻ¯āĻŧ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ)
--maxmatch āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻ¤āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-b|breaklen āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻā§āĻˇā§āĻāĻž āĻāĻ°āĻŦā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻĄāĻŧā§ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻāĻā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻŦāĻ˛ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻ āĻā§āĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 200)
-c|mincluster āĻŽāĻŋāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 65)
--[no]āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ --āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž)
--depend āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ°āĻ¤āĻžāĻ° āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-d|diagfactor āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ āĻ¤āĻŋāĻ°ā§āĻ¯āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻ¨ āĻĢā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 0.12)
--[no] extend āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻ§āĻžāĻĒ āĻāĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ --āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨ā§āĻĄ)
-f
--forward āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻĢāĻ°ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-g|maxgap āĻ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻšāĻŋāĻ¤ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ° (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 90)
-h
--help āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-l|minmatch āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 20)
-o
--coords āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻ¸āĻ˛ NUCmer1.1 coords āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
'āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄ' āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
--[āĻ¨āĻž]āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻāĻ˛ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨, āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻļā§āĻˇā§ āĻĒā§āĻāĻāĻžāĻ¯āĻŧ, āĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻāĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻšāĻŦā§
āĻ¸āĻŽāĻžāĻĒā§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§
āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻļā§āĻˇā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ --āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ)
-p|āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ "āĻāĻāĻ")
-r
--āĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¸ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
--[āĻ¨āĻž]āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¸āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¸āĻ°āĻ˛ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻ°āĻ˛ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ āĻŦāĻžāĻāĻ
āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻŋāĻā§āĻā§ āĻĻā§āĻāĻ¤ā§
āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ -- āĻ¸āĻ°āĻ˛ā§āĻāĻ°āĻŖ)
promer
promer āĻĻā§āĻāĻŋ mutli-FASTA DNA āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
āĻ¨āĻĨāĻŋ āĻĒāĻ¤ā§āĻ°. āĻĻā§āĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ .cluster āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°āĨ¤ .delta āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§
āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻāĻŦāĻ āĻŽā§āĻā§ āĻĢā§āĻ˛āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¯āĻž āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ. āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ¸āĻŦ 6 āĻ¤ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ
āĻŽā§āĻ˛ āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
āĻŦāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ:
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻĢāĻžāĻ¸āĻāĻž āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻĢāĻžāĻ¸āĻāĻž āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
--mum āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨
--mumcand Same as --mumreference
--mumreference āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŽāĻ¨ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻāĻ¤ā§āĻ¯āĻž āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¨āĻ¯āĻŧ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ)
--maxmatch āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻ¤āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-b|breaklen āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻā§āĻˇā§āĻāĻž āĻāĻ°āĻŦā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻšāĻžāĻ˛ āĻā§āĻĄāĻŧā§ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻāĻā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻŦāĻ˛ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻĒ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 60)
-c|mincluster āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§, āĻ¯āĻž āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻĒ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 20)
--[no]āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ --āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž)
--depend āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ°āĻ¤āĻžāĻ° āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-d|diagfactor āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ āĻ¤āĻŋāĻ°ā§āĻ¯āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻ¨ āĻĢā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ .11)
--[no] extend āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻ§āĻžāĻĒ āĻāĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ --āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨ā§āĻĄ)
-g|maxgap āĻ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻšāĻŋāĻ¤ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°, āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻĒ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 30)
-l|minmatch āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻĒ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 6)
-m|masklen āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻĒ āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻŦā§āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄ āĻŽāĻžāĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻ˛ā§āĻ¨ā§āĻĨ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 8)
-o
--coords āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻŽā§āĻ˛ PROmer1.1 ".coords" āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§
"āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄāĻ¸" āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
--[āĻ¨āĻž]āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻāĻ˛ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨, āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻļā§āĻˇā§ āĻĒā§āĻāĻāĻžāĻ¯āĻŧ, āĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻāĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻšāĻŦā§
āĻ¸āĻŽāĻžāĻĒā§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§
āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻļā§āĻˇā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ --āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ)
-p|āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ "āĻāĻāĻ")
-x|āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž 1 āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] āĻŦāĻž 3 [BLOSUM 80] (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 2)
āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻā§āĻāĻā§āĻ¨
-E āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻā§āĻāĻā§ āĻĒā§āĻ¤ā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ (āĻ§ā§āĻ°ā§) āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-f āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĢāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ, āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
-n # āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ # āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-t āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻā§āĻ¨ā§āĻĄā§āĻŽ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ
-V # āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ (āĻĄāĻŋāĻŦāĻžāĻāĻŋāĻ) āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖā§āĻ° āĻ¸ā§āĻ¤āĻ° # āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻļā§-āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§
-h āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-q āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻ āĻā§āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨
-r āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻļā§āĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨
-w int āĻĒāĻ°ā§āĻĻāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ - āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 60
-x int āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻžāĻāĻĒ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ - āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 2 (BLOSUM 62),
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ 1 (BLOSUM 45) āĻāĻŦāĻ 3 (BLOSUM 80)
āĻĻā§āĻ°āĻˇā§āĻāĻŦā§āĻ¯: āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻŦ āĻĢā§āĻ˛ā§
āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄ
-b āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻĄāĻŋāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇā§ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§
āĻŦāĻž āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ¨ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻžāĨ¤
-B āĻāĻāĻāĻĒā§āĻāĻā§ btab āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-c āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-d āĻ āĻ¤āĻŋāĻ°āĻŋāĻā§āĻ¤ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
FRM āĻāĻ˛āĻžāĻŽ (āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
-g āĻ āĻĒā§āĻ°āĻāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ 'āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž-āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ°' āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-h āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-H āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšā§āĻĄāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
-āĻāĻŽāĻŋ āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻŋ
-k āĻ¨āĻāĻāĻāĻ (āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž) āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¯āĻž āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽā§ āĻāĻ°ā§āĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ 50% āĻāĻ° āĻŦā§āĻļāĻŋ
āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯, āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻŽāĻŋāĻ˛ āĻāĻā§
āĻŦāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ° 75% āĻāĻ° āĻāĻŽ
(āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ°)
-l āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-L āĻ˛āĻŽā§āĻŦāĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-o āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻā§āĻāĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻ°ā§
-q āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨
-T āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ-āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻ¸ā§āĻ¯ā§āĻāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ "āĻ¨āĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ°" āĻŦāĻž "āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ°" āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ stdout, āĻāĻŦāĻ āĻāĻ¤ā§ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ, āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻĨāĻžāĻā§
āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ .delta āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĄā§āĻāĻž āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻĻāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ.
āĻĻā§āĻ°āĻˇā§āĻāĻŦā§āĻ¯: āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ āĻā§āĻ¨ā§ āĻŦāĻžāĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻž, āĻ¤āĻžāĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻĒāĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ¤ā§āĻŽāĻ¨āĻŋāĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ.
show-snps
-C āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻ¸ā§āĻĒāĻˇā§āĻ āĻ¸āĻā§āĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĨā§āĻā§ SNPs āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ, āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° SNPs āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ [R] āĻāĻŦāĻ [Q]
āĻāĻ˛āĻžāĻŽ 0 āĻ¸āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻ āĻāĻ˛āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
-h āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-H āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšā§āĻĄāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
-āĻāĻŽāĻŋ indels āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻ¨āĻž
-l āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-q āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻāĻŦāĻ SNP āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻāĻŦāĻ SNP āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨
-S āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§ āĻ¤āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸ā§āĻāĻžāĻĄāĻŋāĻ¨ā§ 'āĻļā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĄ' āĻ˛āĻžāĻāĻ¨
-T āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ-āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻ¸ā§āĻ¯ā§āĻāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-x int-āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻļā§āĻŦāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ SNP āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻā§āĻā§āĻ° x āĻ āĻā§āĻˇāĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ, āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 0
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž nucmer āĻŦāĻž promer āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° .delta āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
āĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĨ¤
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ stdout, āĻāĻŦāĻ āĻāĻ¤ā§ SNPs (āĻŦāĻž āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯) āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻĨāĻžāĻā§
promer) āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĻāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ¸āĻšāĨ¤ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ -r āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻŦā§
āĻāĻŦāĻ [BUFF] āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻĻāĻž āĻ¸ā§āĻ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļ āĻāĻ°āĻŦā§ āĻ¯āĻžāĻ° āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¸āĻžāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
āĻāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻāĻŋ āĻāĻ SNP āĻĨā§āĻā§ āĻ¨āĻŋāĻāĻāĻ¤āĻŽ āĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§ (āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻžāĻ° āĻļā§āĻˇ,
indel, SNP, āĻāĻ¤ā§āĻ¯āĻžāĻĻāĻŋ) āĻāĻāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§, āĻ¯āĻāĻ¨ [DIST] āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§
āĻāĻ SNP āĻĨā§āĻā§ āĻ¨āĻŋāĻāĻāĻ¤āĻŽ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻļā§āĻˇ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤. SNP āĻ¯āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ [R] āĻāĻŦāĻ [Q] āĻāĻ˛āĻžāĻŽ
0-āĻāĻ° āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻ¸āĻ¤āĻ°ā§āĻāĻ¤āĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤, āĻāĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ āĻāĻ˛āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¯āĻž āĻāĻ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻā§ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻ°ā§āĨ¤ SNPs āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĨā§āĻā§ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻ¤ā§ -C āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ āĻā§āĻāĻ˛āĨ¤
āĻļā§-āĻāĻžāĻāĻ˛āĻŋāĻ
-āĻ āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ-āĻĄāĻŋāĻ˛āĻŋāĻŽāĻŋāĻā§āĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§ āĻāĻžāĻāĻ˛āĻŋāĻ āĻĒāĻžāĻĨ āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ stdout āĻāĻ° āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻ
-c āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻžāĻāĻžāĻ°, āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¨
āĻāĻžāĻāĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻĒāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ¨
-g int āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ [-1, INT_MAX]
-1 āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ āĻ¸ā§āĻŽāĻ¤āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¨āĻŋāĻ§āĻŋāĻ¤ā§āĻŦ āĻāĻ°āĻŦā§
(āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 1000)
(āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ° āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = -1)
-i float āĻāĻžāĻāĻ˛ [0.0, 100.0] āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 90.0)
(āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ° āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 55.0)
-l int āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ [-1, INT_MAX]
-1 āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ āĻ¸ā§āĻŽāĻ¤āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¨āĻŋāĻ§āĻŋāĻ¤ā§āĻŦ āĻāĻ°āĻŦā§
(āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 1)
-p āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻĻā§āĻŽ āĻ āĻŖā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°ā§ 'āĻĢāĻžāĻāĻ˛'-āĻ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻ āĻāĻ°ā§
-āĻāĻ° āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻŦā§ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĄāĻŋāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ˛āĻŋāĻĒāĻŋ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§ (āĻāĻāĻŋāĻ¤ -V 0)
-t āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ TIGR āĻļā§āĻ˛ā§ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¯ā§āĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¯āĻĨā§āĻˇā§āĻ āĻŽā§āĻ˛ā§ (āĻ -āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻžāĻāĻžāĻ°)
-u āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ-āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
'āĻĢāĻžāĻāĻ˛'-āĻāĻ° āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ°
-v āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻžāĻāĻ˛ [0.0, 100.0] āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻ āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(nucmer default = 95.0) āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻˇā§āĻāĻŋ
(āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ° āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 50.0) āĻ¸āĻŋāĻ¨āĻā§āĻ¨āĻŋāĻ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ¤āĻŋ
-āĻāĻŋ āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻ āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ [0.0, 100.0]
āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻĨāĻā§āĻ¯
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ 'āĻāĻžāĻ˛'
(nucmer default = 10.0) āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻˇā§āĻāĻŋ
(āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ° āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 30.0) āĻ¸āĻŋāĻ¨āĻā§āĻ¨āĻŋāĻ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ¤āĻŋ
-x XML āĻāĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§ āĻāĻžāĻāĻ˛āĻŋāĻ āĻĒāĻžāĻĨ āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
stdout āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻāĻŽāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ, āĻā§āĻŦ āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻĒ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ, āĻ āĻĨāĻŦāĻž
āĻĒā§āĻ°ā§āĻŽāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° āĻĄā§āĻ˛ā§āĻāĻž āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ, āĻĄāĻžāĻāĻāĻžāĻ°āĻā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻāĻ˛ā§āĨ¤
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšāĻ˛ stdout, āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻžāĻ¸āĻŋāĻ¤ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻ āĻŋāĻ¤
āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ contig. āĻāĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻŖ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§
āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ contig, āĻāĻŽāĻ¨āĻāĻŋ āĻ¯āĻāĻ¨ contig āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻāĻ¸āĻ˛ā§ āĻāĻŋāĻ˛
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ (āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¨āĻž -a āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ)āĨ¤ āĻāĻ˛āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻšāĻ˛, āĻ°ā§āĻĢ-āĻ āĻļā§āĻ°ā§, āĻ°ā§āĻĢ-āĻ āĻļā§āĻˇ, āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻĨā§āĻā§
āĻĒāĻ°āĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻ, āĻāĻ āĻāĻ¨āĻāĻŋāĻā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯, āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ, āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ, āĻ āĻāĻŋāĻ¯ā§āĻāĻ¨, āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻĄāĻŋ
āĻ¯āĻĨāĻžāĻā§āĻ°āĻŽā§.
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ nucmer āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨