এই কমান্ড নিউমার যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
মামার - একাধিক জিনোমের ক্রম সারিবদ্ধকরণের জন্য প্যাকেজ
সাইনোপিসিস
mummer- টীকা
MUMs একত্রিত করুন
dnadiff [বিকল্প]অথবা [বিকল্প]-d<ডেল্টাফাইল>
exact-tandems
ফাঁক
মানচিত্র দেখা [বিকল্প]<কোর্ডসফাইল>[ইউটিআরকর্ডস][সিডিএসকর্ডস]
mgaps [-ডি][-চ][-l][-s]
মামার [অপশন]
mummerplot [বিকল্প]<ম্যাচফাইল>
সংখ্যা [বিকল্প]
nucmer2xfig
promer [বিকল্প]
পুনরাবৃত্তি ম্যাচ [বিকল্প]
রান-মামার1 <ফাস্তারেফারেন্স><ফাস্তাপ্রশ্ন>[-আর]
রান-মামার3 <ফাস্তারেফারেন্স><মাল্টি-ফাস্তাপ্রশ্ন>
শো-সারিবদ্ধ [বিকল্প]<রেফআইডি><qryআইডি>
ইনপুট হল "নিউমার" বা "প্রোমার" প্রোগ্রামের ডেল্টা আউটপুট
কমান্ড লাইন
আউটপুট হল stdout, এবং ক্যোয়ারী এবং রেফারেন্সের মধ্যে সমস্ত প্রান্তিককরণ নিয়ে গঠিত
কমান্ড লাইনে ক্রম চিহ্নিত করা হয়েছে।
দ্রষ্টব্য: ডিফল্টরূপে কোনো বাছাই করা হয় না, তাই সারিবদ্ধকরণগুলি যেমন পাওয়া যায় সেভাবে অর্ডার করা হবে
দ্য ইনপুট.
শো-কোর্ড [বিকল্প]
show-snps [বিকল্প]
শো-টাইলিং [বিকল্প]
বর্ণনাঃ
বিকল্প
সমস্ত সরঞ্জাম (ফাঁক ছাড়া) -h, --help, -V এবং --version বিকল্পগুলিকে মেনে চলে
আশা করা এই সাহায্যটি চমৎকার এবং এই ম্যান পেজগুলিকে মূলত অপ্রচলিত করে তোলে।
MUMs একত্রিত করুন মধ্যে MUMs একত্রিত শেষ এবং MUM-এর মধ্যে ম্যাচগুলিকে প্রসারিত করে।
রেফারেন্স সিকোয়েন্সের একটি ফাস্টা ফাইল। একটি বহু-
অনুক্রমের fasta ফাইল রেফারেন্সের বিরুদ্ধে মিলেছে
-D পার্থক্য অবস্থান stdout করতে শুধুমাত্র আউটপুট
এবং অক্ষর
-n শুধুমাত্র নিউক্লিওটাইড, অর্থাৎ, ACGT-এর মধ্যে মিলের অনুমতি দিন
-N নম্বর ব্রেক এ মেলে বা আরও পরপর নন-ACGT
-q ট্যাগ ক্যোয়ারী ম্যাচ লেবেল করতে ব্যবহৃত হয়
রেফারেন্স ম্যাচ লেবেল করতে ব্যবহৃত -r ট্যাগ
-S আউটপুট স্ট্রিং সব পার্থক্য
-t লেবেল কোয়েরি ক্যোয়ারী ফাস্টা হেডারের সাথে মেলে
-v num অতিরিক্ত আউটপুটের জন্য ভার্বোস লেভেল সেট করুন
-W ফাইল errors.gaps সহ ডিফল্ট আউটপুট ফাইলের নাম রিসেট করুন
-x .কভার ফাইল আউটপুট করবেন না
-e এরর-রেট কাটঅফ e এ সেট করুন (যেমন 0.02 হল দুই শতাংশ)
dnadiff নিউমার এবং এর সাথে সম্পর্কিত ব্যবহার করে দুটি সিকোয়েন্স সেটের তুলনামূলক বিশ্লেষণ চালান
প্রস্তাবিত পরামিতি সহ ইউটিলিটি। আরও বিস্তারিত জানার জন্য মুমার ডকুমেন্টেশন দেখুন
আউটপুট বর্ণনা। নিম্নলিখিত আউটপুট ফাইল উত্পাদন করে:
.report - প্রান্তিককরণ, পার্থক্য এবং SNP-এর সারাংশ
ডেল্টা - স্ট্যান্ডার্ড নিউমার অ্যালাইনমেন্ট আউটপুট
.1ডেল্টা - ডেল্টা-ফিল্টার -1 থেকে 1-থেকে-1 প্রান্তিককরণ
.mdelta - ডেল্টা-ফিল্টার -m থেকে M-টু-M প্রান্তিককরণ
.1coords - শো-কোর্ড থেকে 1-থেকে-1 স্থানাঙ্ক -THrcl .1delta
.mcoords - শো-কোর্ড থেকে M-to-M স্থানাঙ্ক -THrcl .mdelta
.snps - show-snps -rlTHC .1delta থেকে SNPs
.rdiff - শো-ডিফ -rH .mdelta থেকে শ্রেণীবদ্ধ রেফ ব্রেকপয়েন্ট
.qdiff - শো-ডিফ -qH .mdelta থেকে শ্রেণীবদ্ধ qry ব্রেকপয়েন্ট
.unref - সংযুক্ত রেফারেন্স আইডি এবং দৈর্ঘ্য (যদি প্রযোজ্য হয়)
.unqry - অসংযুক্ত ক্যোয়ারী আইডি এবং দৈর্ঘ্য (যদি প্রযোজ্য হয়)
বাধ্যতামূলক:
রেফারেন্স ইনপুট রেফারেন্স মাল্টি-ফাসটা ফাইলের নাম সেট করুন
ক্যোয়ারী ইনপুট কোয়েরি মাল্টি-ফাসটা ফাইলের নাম সেট করুন
or
ডেল্টা ফাইল nucmer থেকে আনফিল্টার করা .delta প্রান্তিককরণ ফাইল
বিকল্পগুলি:
-d|ডেল্টা বিশ্লেষণের জন্য প্রি-কম্পিউটেড ডেল্টা ফাইল প্রদান করুন
-h
--help সাহায্য তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
-p|প্রিফিক্স আউটপুট ফাইলের উপসর্গ সেট করুন (ডিফল্ট "আউট")
-V
--version সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
মানচিত্র দেখা
-h
--help সাহায্য তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
-m|mag বিবর্ধন সেট করুন যেখানে চিত্রটি রেন্ডার করা হয়েছে,
এটি fig2dev এর জন্য একটি বিকল্প যা তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়
পিডিএফ এবং পিএস ফাইল (ডিফল্ট 1.0)
-n|num পার্টিশন করতে ব্যবহৃত আউটপুট ফাইলের সংখ্যা সেট করুন
আউটপুট, এটি খুব যে ফাইল তৈরি করা এড়াতে হয়
প্রদর্শনের জন্য বড় (ডিফল্ট 10)
-p|প্রিফিক্স আউটপুট ফাইলের উপসর্গ সেট করুন
(ডিফল্ট "PROMER_graph বা NUCMER_graph")
-v
--verbose প্রক্রিয়াকৃত ফাইলের ভার্বোস লগিং
-V
--version সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
-x1 coord প্রদর্শনের নিম্ন স্থানাঙ্ক সীমানা সেট করুন
-x2 coord প্রদর্শনের উপরের স্থানাঙ্কের সীমানা সেট করুন
-g|ref যদি ইনপুট ফাইলটি 'mgaps' দ্বারা প্রদান করা হয়, সেট করুন
রেফারেন্স সিকোয়েন্স আইডি (যেমন এটি প্রথম কলামে প্রদর্শিত হয়
UTR/CDS coords ফাইলের)
-আমি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের নাম প্রদর্শন করি
-Ir রেফারেন্স জিনের নাম প্রদর্শন করুন
মামার খুঁজে বের করুন এবং আউটপুট করুন (stdout করতে) সমস্ত যথেষ্ট লম্বা অবস্থান এবং দৈর্ঘ্য
একটি সাবস্ট্রিং এর সর্বাধিক মিল এবং
-মম কম্পিউট সর্বাধিক মিল যা উভয় ক্রম অনন্য
-mumcand same as -mumreference
-মমরেফারেন্স কম্পিউট সর্বাধিক মিল যা অনন্য
রেফারেন্স-সিকোয়েন্স কিন্তু অগত্যা ক্যোয়ারী-সিকোয়েন্সে নয়
(ডিফল্ট)
-maxmatch তাদের স্বতন্ত্রতা নির্বিশেষে সমস্ত সর্বাধিক ম্যাচ গণনা করে
-n শুধুমাত্র a, c, g, বা t অক্ষর মেলে
তারা উপরের বা ছোট হাতের মধ্যে হতে পারে
-আমি একটি ম্যাচের সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করেছি
যদি সেট না করা হয়, ডিফল্ট মান হল 20
-b কম্পিউট ফরওয়ার্ড এবং রিভার্স কমপ্লিমেন্ট মিল
-r শুধুমাত্র বিপরীত পরিপূরক মিল গণনা
-s মিলে যাওয়া সাবস্ট্রিংগুলি দেখান
-c একটি বিপরীত পরিপূরক মিলের ক্যোয়ারী-পজিশন রিপোর্ট করুন
মূল ক্যোয়ারী ক্রম আপেক্ষিক
-F বল 4 কলাম আউটপুট বিন্যাস নির্বিশেষে সংখ্যা
রেফারেন্স ক্রম ইনপুট
-L হেডার লাইনে ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য দেখায়
nuncmer
nucmer দুটি mutli-FASTA ইনপুটের মধ্যে নিউক্লিওটাইড প্রান্তিককরণ তৈরি করে
নথি পত্র. দুটি আউটপুট ফাইল তৈরি হয়। .cluster আউটপুট ফাইল তালিকা
প্রতিটি সিকোয়েন্সের মধ্যে মিলের ক্লাস্টার। .delta ফাইলটি তালিকাভুক্ত করে
সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার মধ্যে দূরত্ব যা সর্বাধিক স্কোরিং তৈরি করে
প্রতিটি ক্রম মধ্যে প্রান্তিককরণ.
বাধ্যতামূলক:
রেফারেন্স ইনপুট রেফারেন্স মাল্টি-FASTA ফাইলের নাম সেট করুন
ক্যোয়ারী ইনপুট কোয়েরি মাল্টি-ফাসটা ফাইলের নাম সেট করুন
--mum উভয় রেফারেন্সে অনন্য অ্যাঙ্কর ম্যাচ ব্যবহার করুন
এবং প্রশ্ন
--mumcand Same as --mumreference
--mumreference রেফারেন্সে অনন্য এমন অ্যাঙ্কর ম্যাচ ব্যবহার করুন
কিন্তু ক্যোয়ারীতে অগত্যা অনন্য নয় (ডিফল্ট আচরণ)
--maxmatch তাদের স্বতন্ত্রতা নির্বিশেষে সমস্ত অ্যাঙ্কর ম্যাচ ব্যবহার করুন
-b|breaklen একটি প্রান্তিককরণ এক্সটেনশন চেষ্টা করবে দূরত্ব সেট করুন
ছেড়ে দেওয়ার আগে দুর্বল স্কোরিং অঞ্চলগুলি প্রসারিত করুন (ডিফল্ট 200)
-c|mincluster মিলগুলির একটি ক্লাস্টারের সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করে (ডিফল্ট 65)
--[no]ডেল্টা ডেল্টা ফাইল তৈরি করতে টগল করুন (ডিফল্ট --ডেল্টা)
--depend নির্ভরতার তথ্য মুদ্রণ করুন এবং প্রস্থান করুন
-d|diagfactor ক্লাস্টারিং তির্যক পার্থক্য বিভাজন ফ্যাক্টর সেট করুন
(ডিফল্ট 0.12)
--[no] extend ক্লাস্টার এক্সটেনশন ধাপ টগল করুন (ডিফল্ট --এক্সটেন্ড)
-f
--forward শুধুমাত্র ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের ফরোয়ার্ড স্ট্র্যান্ড ব্যবহার করুন
-g|maxgap এ দুটি সন্নিহিত ম্যাচের মধ্যে সর্বাধিক ব্যবধান সেট করুন
ক্লাস্টার (ডিফল্ট 90)
-h
--help সাহায্য তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
-l|minmatch একটি একক ম্যাচের সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করুন (ডিফল্ট 20)
-o
--coords স্বয়ংক্রিয়ভাবে আসল NUCmer1.1 coords তৈরি করে
'শো-কোর্ড' প্রোগ্রাম ব্যবহার করে আউটপুট ফাইল
--[না]অপ্টিমাইজ টগল সারিবদ্ধকরণ স্কোর অপ্টিমাইজেশান, যেমন যদি একটি প্রান্তিককরণ
এক্সটেনশন একটি সিকোয়েন্সের শেষে পৌঁছায়, এটি ব্যাকট্র্যাক হবে
সমাপ্তির পরিবর্তে প্রান্তিককরণ স্কোর অপ্টিমাইজ করতে
অনুক্রমের শেষে প্রান্তিককরণ (ডিফল্ট --অপ্টিমাইজ)
-p|প্রিফিক্স আউটপুট ফাইলের উপসর্গ সেট করুন (ডিফল্ট "আউট")
-r
--রিভার্স শুধুমাত্র ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের বিপরীত পরিপূরক ব্যবহার করুন
--[না]ছায়াযুক্ত ক্লাস্টারগুলি সরিয়ে সরলীকরণ সরলীকরণ করুন৷ বাঁক
এই বিকল্পটি বন্ধ যদি একটি ক্রম সারিবদ্ধ করা হয় নিজেকে দেখতে
পুনরাবৃত্তির জন্য (ডিফল্ট -- সরলীকরণ)
promer
promer দুটি mutli-FASTA DNA ইনপুটের মধ্যে অ্যামিনো অ্যাসিড প্রান্তিককরণ তৈরি করে
নথি পত্র. দুটি আউটপুট ফাইল তৈরি হয়। .cluster আউটপুট ফাইল তালিকা
প্রতিটি সিকোয়েন্সের মধ্যে মিলের ক্লাস্টার। .delta ফাইলটি তালিকাভুক্ত করে
সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার মধ্যে দূরত্ব যা সর্বাধিক স্কোরিং তৈরি করে
প্রতিটি ক্রম মধ্যে প্রান্তিককরণ. ডিএনএ ইনপুট সব 6 তে অনুবাদ করা হয়
আউটপুট তৈরি করার জন্য ফ্রেম পড়া, কিন্তু আউটপুট স্থানাঙ্ক
মূল ডিএনএ ইনপুট উল্লেখ করুন।
বাধ্যতামূলক:
রেফারেন্স ইনপুট রেফারেন্স মাল্টি-ফাসটা ডিএনএ ফাইল সেট করুন
ক্যোয়ারী ইনপুট কোয়েরি মাল্টি-ফাসটা ডিএনএ ফাইল সেট করুন
--mum উভয় রেফারেন্সে অনন্য অ্যাঙ্কর ম্যাচ ব্যবহার করুন
এবং প্রশ্ন
--mumcand Same as --mumreference
--mumreference রেফারেন্সে অনন্য এমন অ্যাঙ্কর ম্যাচ ব্যবহার করুন
কিন্তু ক্যোয়ারীতে অগত্যা অনন্য নয় (ডিফল্ট আচরণ)
--maxmatch তাদের স্বতন্ত্রতা নির্বিশেষে সমস্ত অ্যাঙ্কর ম্যাচ ব্যবহার করুন
-b|breaklen একটি প্রান্তিককরণ এক্সটেনশন চেষ্টা করবে দূরত্ব সেট করুন
হাল ছেড়ে দেওয়ার আগে দুর্বল স্কোরিং অঞ্চল প্রসারিত করুন, পরিমাপ করুন
অ্যামিনো অ্যাসিড (ডিফল্ট 60)
-c|mincluster মিলের ক্লাস্টারের সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করে, যা পরিমাপ করা হয়
অ্যামিনো অ্যাসিড (ডিফল্ট 20)
--[no]ডেল্টা ডেল্টা ফাইল তৈরি করতে টগল করুন (ডিফল্ট --ডেল্টা)
--depend নির্ভরতার তথ্য মুদ্রণ করুন এবং প্রস্থান করুন
-d|diagfactor ক্লাস্টারিং তির্যক পার্থক্য বিভাজন ফ্যাক্টর সেট করুন
(ডিফল্ট .11)
--[no] extend ক্লাস্টার এক্সটেনশন ধাপ টগল করুন (ডিফল্ট --এক্সটেন্ড)
-g|maxgap এ দুটি সন্নিহিত ম্যাচের মধ্যে সর্বাধিক ব্যবধান সেট করুন
ক্লাস্টার, অ্যামিনো অ্যাসিডে পরিমাপ করা হয় (ডিফল্ট 30)
-l|minmatch একটি একক ম্যাচের সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করুন, অ্যামিনোতে পরিমাপ করা হয়
অ্যাসিড (ডিফল্ট 6)
-m|masklen অ্যামিনোতে পরিমাপ করা সর্বোচ্চ বুকএন্ড মাস্কিং লেন্থ সেট করুন
অ্যাসিড (ডিফল্ট 8)
-o
--coords স্বয়ংক্রিয়ভাবে মূল PROmer1.1 ".coords" তৈরি করে
"শো-কোর্ডস" প্রোগ্রাম ব্যবহার করে আউটপুট ফাইল
--[না]অপ্টিমাইজ টগল সারিবদ্ধকরণ স্কোর অপ্টিমাইজেশান, যেমন যদি একটি প্রান্তিককরণ
এক্সটেনশন একটি সিকোয়েন্সের শেষে পৌঁছায়, এটি ব্যাকট্র্যাক হবে
সমাপ্তির পরিবর্তে প্রান্তিককরণ স্কোর অপ্টিমাইজ করতে
অনুক্রমের শেষে প্রান্তিককরণ (ডিফল্ট --অপ্টিমাইজ)
-p|প্রিফিক্স আউটপুট ফাইলের উপসর্গ সেট করুন (ডিফল্ট "আউট")
-x|ম্যাট্রিক্স প্রান্তিককরণ ম্যাট্রিক্স সংখ্যা 1 এ সেট করুন [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] বা 3 [BLOSUM 80] (ডিফল্ট 2)
পুনরাবৃত্তি ম্যাচ এর মধ্যে সমস্ত সর্বাধিক সঠিক মিল খুঁজুন
-E মিল খুঁজে পেতে সম্পূর্ণ (ধীরে) অনুসন্ধান ব্যবহার করুন
-f শুধুমাত্র ফরওয়ার্ড স্ট্র্যান্ড, বিপরীত পরিপূরক ব্যবহার করবেন না
-n # ন্যূনতম সঠিক মিলের দৈর্ঘ্য # এ সেট করুন
-t শুধুমাত্র আউটপুট টেন্ডেম পুনরাবৃত্তি
-V # ভার্বোজ (ডিবাগিং) মুদ্রণের স্তর # এ সেট করুন
শো-সারিবদ্ধ
-h সাহায্য তথ্য প্রদর্শন করুন
-q ক্যোয়ারী স্টার্ট কোঅর্ডিনেট দ্বারা সারিবদ্ধকরণ সাজান
-r রেফারেন্স শুরু স্থানাঙ্ক দ্বারা সারিবদ্ধকরণ সাজান
-w int পর্দার প্রস্থ সেট করুন - ডিফল্ট হল 60
-x int ম্যাট্রিক্স টাইপ সেট করুন - ডিফল্ট হল 2 (BLOSUM 62),
অন্যান্য বিকল্পগুলির মধ্যে রয়েছে 1 (BLOSUM 45) এবং 3 (BLOSUM 80)
দ্রষ্টব্য: শুধুমাত্র অ্যামিনো অ্যাসিড প্রান্তিককরণের উপর প্রভাব ফেলে
শো-কোর্ড
-b ম্যাচ ডির নির্বিশেষে ওভারল্যাপিং প্রান্তিককরণ একত্রিত করে
বা ফ্রেম এবং কোনো পরিচয় তথ্য প্রদর্শন করে না।
-B আউটপুটকে btab ফরম্যাটে পরিবর্তন করুন
-c আউটপুটে শতাংশ কভারেজ তথ্য অন্তর্ভুক্ত করুন
-d অতিরিক্ত মধ্যে প্রান্তিককরণ দিক প্রদর্শন করুন
FRM কলাম (প্রোমারের জন্য ডিফল্ট)
-g অপ্রচলিত বিকল্প। পরিবর্তে 'ডেল্টা-ফিল্টার' ব্যবহার করুন
-h সাহায্য তথ্য প্রদর্শন করুন
-H আউটপুট হেডার প্রিন্ট করবেন না
-আমি ফ্লোট প্রদর্শনের জন্য ন্যূনতম শতাংশ পরিচয় সেট করি
-k নকআউট (প্রদর্শন করবেন না) প্রান্তিককরণ যা ওভারল্যাপ করে
একটি ভিন্ন ফ্রেমে আরেকটি প্রান্তিককরণ 50% এর বেশি
তাদের দৈর্ঘ্য, এবং একটি ছোট শতাংশ মিল আছে
বা অন্য প্রান্তিককরণের আকারের 75% এর কম
(শুধুমাত্র প্রমার)
-l আউটপুটে ক্রম দৈর্ঘ্যের তথ্য অন্তর্ভুক্ত করুন
-L লম্বা প্রদর্শনের জন্য সর্বনিম্ন প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্য সেট করুন
-o দুটি সিকোয়েন্সের মধ্যে সর্বাধিক প্রান্তিককরণ টীকা করুন, যেমন
রেফারেন্স এবং ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের মধ্যে ওভারল্যাপ করে
-q ক্যোয়ারী আইডি এবং স্থানাঙ্ক দ্বারা আউটপুট লাইন সাজান
রেফারেন্স আইডি এবং স্থানাঙ্ক দ্বারা আউটপুট লাইন সাজান
-T আউটপুট ট্যাব-সীমাবদ্ধ বিন্যাসে স্যুইচ করুন
ইনপুট হল "নিউমার" বা "প্রোমার" প্রোগ্রামের ডেল্টা আউটপুট
কমান্ড লাইন
আউটপুট হল stdout, এবং এতে স্থানাঙ্ক, শতাংশ পরিচয় এবং অন্যান্য তালিকা থাকে
হিসাবে ব্যবহৃত .delta ফাইলে থাকা প্রান্তিককরণ ডেটা সম্পর্কিত দরকারী তথ্য
ইনপুট.
দ্রষ্টব্য: ডিফল্টরূপে কোনো বাছাই করা হয় না, তাই সারিবদ্ধকরণগুলি যেমন পাওয়া যায় তেমনিভাবে অর্ডার করা হবে
মধ্যে ইনপুট.
show-snps
-C একটি অস্পষ্ট সঙ্গে প্রান্তিককরণ থেকে SNPs রিপোর্ট করবেন না
ম্যাপিং, অর্থাৎ শুধুমাত্র SNPs রিপোর্ট করুন যেখানে [R] এবং [Q]
কলাম 0 সমান এবং এই কলামগুলি আউটপুট করবেন না
-h সাহায্য তথ্য প্রদর্শন করুন
-H আউটপুট হেডার প্রিন্ট করবেন না
-আমি indels রিপোর্ট না
-l আউটপুটে ক্রম দৈর্ঘ্যের তথ্য অন্তর্ভুক্ত করুন
-q ক্যোয়ারী আইডি এবং SNP অবস্থান অনুসারে আউটপুট লাইন সাজান
রেফারেন্স আইডি এবং SNP অবস্থান অনুসারে আউটপুট লাইন সাজান
-S পাস করে কোন প্রান্তিককরণ রিপোর্ট করতে হবে তা নির্দিষ্ট করুন
স্টাডিনে 'শো-কোর্ড' লাইন
-T ট্যাব-সীমাবদ্ধ বিন্যাসে স্যুইচ করুন
-x int-এ পার্শ্ববর্তী SNP প্রসঙ্গের x অক্ষর অন্তর্ভুক্ত করুন
আউটপুট, ডিফল্ট 0
ইনপুট হল কমান্ডে পাস করা nucmer বা promer প্রোগ্রামের .delta আউটপুট
লাইন।
আউটপুট হল stdout, এবং এতে SNPs (বা অ্যামিনো অ্যাসিড প্রতিস্থাপনের জন্য) তালিকা থাকে
promer) অবস্থান এবং অন্যান্য দরকারী তথ্য সহ। আউটপুট ডিফল্টরূপে -r দিয়ে সাজানো হবে
এবং [BUFF] কলাম সর্বদা সেই ক্রমকে নির্দেশ করবে যার অবস্থানগুলি সাজানো হয়েছে।
এই মানটি এই SNP থেকে নিকটতম অমিলের দূরত্ব নির্দিষ্ট করে (সারিবদ্ধতার শেষ,
indel, SNP, ইত্যাদি) একই প্রান্তিককরণে, যখন [DIST] কলাম দূরত্ব নির্দিষ্ট করে
এই SNP থেকে নিকটতম ক্রম শেষ পর্যন্ত. SNP যার জন্য [R] এবং [Q] কলাম
0-এর বেশি সতর্কতার সাথে মূল্যায়ন করা উচিত, কারণ এই কলামগুলি এর সংখ্যা নির্দিষ্ট করে
অন্যান্য প্রান্তিককরণ যা এই অবস্থানকে ওভারল্যাপ করে। SNPs শুধুমাত্র থেকে রিপোর্ট করা হয়েছে নিশ্চিত করতে -C ব্যবহার করুন
অনন্য প্রান্তিককরণ অঞ্চল।
শো-টাইলিং
-ক ট্যাব-ডিলিমিটেড প্রিন্ট করে টাইলিং পাথ বর্ণনা করুন
প্রান্তিককরণ অঞ্চল stdout এর স্থানাঙ্ক
-c অনুমান করুন রেফারেন্স ক্রমগুলি বৃত্তাকার, এবং অনুমতি দিন
টাইল্ড কন্টিগ উৎপত্তি স্প্যান
-g int ক্লাস্টার সারিবদ্ধকরণের মধ্যে সর্বাধিক ব্যবধান সেট করুন [-1, INT_MAX]
-1 এর মান অসীমতার প্রতিনিধিত্ব করবে
(সংখ্যা ডিফল্ট = 1000)
(প্রোমার ডিফল্ট = -1)
-i float টাইল [0.0, 100.0] এ ন্যূনতম শতাংশ পরিচয় সেট করুন
(সংখ্যা ডিফল্ট = 90.0)
(প্রোমার ডিফল্ট = 55.0)
-l int রিপোর্ট করার জন্য সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করুন [-1, INT_MAX]
-1 এর মান অসীমতার প্রতিনিধিত্ব করবে
(সাধারণ ডিফল্ট = 1)
-p ফাইল কোয়েরির একটি ছদ্ম অণু আউটপুট করে 'ফাইল'-এ কনটিগ করে
-আর এলোমেলোভাবে তাদের স্থাপন করে পুনরাবৃত্তিমূলক কনটিগগুলির সাথে ডিল করুন
তাদের একটি অনুলিপি অবস্থানে (উচিত -V 0)
-t ফাইল প্রতিটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের একটি TIGR শৈলী কনটিগ তালিকা আউটপুট করুন
যেটি রেফারেন্সের সাথে যথেষ্ট মেলে (অ-বৃত্তাকার)
-u ফাইল ট্যাব-সীমাবদ্ধ প্রান্তিককরণ অঞ্চল স্থানাঙ্কগুলি আউটপুট করুন
'ফাইল'-এর অব্যবহারযোগ্য কনটিগগুলির
-v ফ্লোট টাইল [0.0, 100.0] এ ন্যূনতম কনটিগ কভারেজ সেট করুন
(nucmer default = 95.0) পৃথক প্রান্তিককরণের সমষ্টি
(প্রোমার ডিফল্ট = 50.0) সিনটেনিক অঞ্চলের ব্যাপ্তি
-ভি ফ্লোট ন্যূনতম কনটিগ কভারেজ পার্থক্য সেট করুন [0.0, 100.0]
অর্থাৎ একটি প্রান্তিককরণ নির্ধারণের জন্য প্রয়োজনীয় পার্থক্য
অন্য প্রান্তিককরণের চেয়ে 'ভাল'
(nucmer default = 10.0) পৃথক প্রান্তিককরণের সমষ্টি
(প্রোমার ডিফল্ট = 30.0) সিনটেনিক অঞ্চলের ব্যাপ্তি
-x XML কন্টিগ প্রিন্ট করে টাইলিং পাথ বর্ণনা করুন
stdout তথ্য লিঙ্ক করা
ইনপুট হল নিউমার প্রোগ্রামের ডেল্টা আউটপুট, খুব অনুরূপ সিকোয়েন্স ডেটাতে চালিত হয়, অথবা
প্রোমার প্রোগ্রামের ডেল্টা আউটপুট, ডাইভারজেন্ট সিকোয়েন্স ডেটার উপর চলে।
আউটপুট হল stdout, এবং প্রতিটি সারিবদ্ধ প্রশ্নের পূর্বাভাসিত অবস্থান নিয়ে গঠিত
রেফারেন্স সিকোয়েন্সে ম্যাপ করা হিসাবে contig. এই স্থানাঙ্কের পরিমাণ উল্লেখ করে
সম্পূর্ণ ক্যোয়ারী contig, এমনকি যখন contig শুধুমাত্র একটি নির্দিষ্ট শতাংশ আসলে ছিল
সারিবদ্ধ (যদি না -a বিকল্পটি ব্যবহার করা হয়)। কলামগুলি হল, রেফ-এ শুরু, রেফ-এ শেষ, দূরত্ব থেকে
পরবর্তী কনটিগ, এই কনটিগের দৈর্ঘ্য, প্রান্তিককরণ কভারেজ, পরিচয়, অভিযোজন, এবং আইডি
যথাক্রমে.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে nucmer ব্যবহার করুন