এটি হল প্রিটিপ্লোট কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
prettyplot - সুন্দর বিন্যাস সহ একটি ক্রম প্রান্তিককরণ আঁকুন
সাইনোপিসিস
prettyplot - ক্রম seqset [-ম্যাট্রিক্সফাইল জরায়ু] [- অবশিষ্টাংশ পূর্ণসংখ্যা]
[-পুনরায় বিরতি পূর্ণসংখ্যা] [- রং বুলিয়ান] [-পরিচয় স্ট্রিং]
[-সাদৃশ্যতা স্ট্রিং] [-কোথার স্ট্রিং] [-ডকলার বুলিয়ান] [-ছায়া স্ট্রিং]
[-জোড়া বিন্যাস] [-পরিচয় পূর্ণসংখ্যা] [-বক্স বুলিয়ান] [-বক্সকল বুলিয়ান]
[-বক্স ব্যবহার স্ট্রিং] [-আম বুলিয়ান] [-maxnamelen পূর্ণসংখ্যা] [-সংখ্যা বুলিয়ান]
[-তালিকা বুলিয়ান] [- বহুত্ব ভাসা] [-ঐক্যমত্য বুলিয়ান]
[- সংঘর্ষ বুলিয়ান] [- বিকল্প তালিকা] [-শোস্কোর পূর্ণসংখ্যা]
[-প্রেট্রেট বুলিয়ান] -চিত্রলেখ চিত্রলেখ
prettyplot -হেল্প
বর্ণনাঃ
prettyplot এটি EMBOSS এর একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম ("ইউরোপীয় আণবিক জীববিজ্ঞান ওপেন
সফটওয়্যার স্যুট"). এটি "সারিবদ্ধকরণ: একাধিক, প্রদর্শন" কমান্ড গ্রুপ(গুলি) এর অংশ।
বিকল্প
ইনপুট অধ্যায়
- ক্রম seqset
-ম্যাট্রিক্সফাইল জরায়ু
এটি স্কোরিং ম্যাট্রিক্স ফাইল যা ক্রম তুলনা করার সময় ব্যবহৃত হয়। ডিফল্টরূপে এটি
ফাইল 'EBLOSUM62' (প্রোটিনের জন্য) অথবা ফাইল 'EDNAFULL' (নিউক্লিক সিকোয়েন্সের জন্য)। এইগুলো
ফাইলগুলি EMBOSS ইনস্টলেশনের 'ডেটা' ডিরেক্টরিতে পাওয়া যায়।
অতিরিক্ত অধ্যায়
- অবশিষ্টাংশ পূর্ণসংখ্যা
প্রতিটি লাইনে প্রদর্শিত অবশিষ্টাংশের সংখ্যা ডিফল্ট মান: 50
-পুনরায় বিরতি পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: $(residuesperline)
- রং বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y
-পরিচয় স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: লাল
-সাদৃশ্যতা স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: সবুজ
-কোথার স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: কালো
-ডকলার বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N
-ছায়া স্ট্রিং
সাধারণ ছায়ার জন্য BPLW সেট করুন (কালো, ফ্যাকাশে, হালকা, সাদা) তাই জোড়ার জন্য = 1.5,1.0,0.5
এবং ছায়া = BPLW অবশিষ্টাংশের স্কোর রঙ 1.5 বা তার বেশি... কালো (B) 1.0 থেকে 1.5 ... ব্রাউন
(P) 0.5 থেকে 1.0 ... WHEAT (L) 0.5 এর নিচে .... সাদা (W) শুধুমাত্র চারটি অক্ষর অনুমোদিত
BPLW, যেকোনো ক্রমে।
-জোড়া বিন্যাস
ডিফল্ট মান: 1.5,1.0,0.5
-পরিচয় পূর্ণসংখ্যা
-বক্স বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y
-বক্সকল বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N
-বক্স ব্যবহার স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ধূসর
-আম বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y
-maxnamelen পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: 10
-সংখ্যা বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y
-তালিকা বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y
- বহুত্ব ভাসা
ডিফল্ট মান: @( $(sequences.totweight) / 2)
ঐক্য অধ্যায়
-ঐক্যমত্য বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N
- সংঘর্ষ বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y
- বিকল্প তালিকা
মানগুলি হল 0: সাধারণ সংঘর্ষ চেক৷ (ডিফল্ট) 1:এর সাথে অভিন্ন স্কোর তুলনা করে
সর্বোচ্চ স্কোর পাওয়া গেছে। তাই যদি অন্য কোনো অবশিষ্টাংশ অভিন্ন স্কোরের সাথে মেলে তাহলে সংঘর্ষ
কিছু ঘটেছিল. 2:যদি অন্য অবশিষ্টাংশের ম্যাচিং স্কোরের চেয়ে বেশি বা সমান থাকে এবং
এগুলো মিলছে না তখন সংঘর্ষ হয়েছে। 3: যারা নেই তাদের সব পরীক্ষা করে
বর্তমান ঐক্যমত্য। এর মধ্যে যেকোনও যদি মিল বা অভিন্ন স্কোরের জন্য শীর্ষ স্কোর দেয়
তারপর একটি সংঘর্ষ হয়েছে.
-শোস্কোর পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: -1
-প্রেট্রেট বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N
আউটপুট অধ্যায়
-চিত্রলেখ চিত্রলেখ
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে prettyplote ব্যবহার করুন
