proda - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

প্রোডা - পুনরাবৃত্তি এবং পুনর্বিন্যাস সহ প্রোটিন ক্রমগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ

সাইনোপিসিস

প্রোডা [পছন্দ] [mfafile] [> আউটপুট]

বর্ণনাঃ

এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা সংক্ষিপ্তভাবে নথি প্রোডা কমান্ড।

প্রোডা (প্রোটিন ডোমেন অ্যালাইনার) একাধিক তৈরির জন্য পাবলিক ডোমেন সফ্টওয়্যার
পুনরাবৃত্ত এবং পুনর্বিন্যাস সহ প্রোটিন ক্রমগুলির সারিবদ্ধকরণ, যেমন প্রোটিনের সাথে
একাধিক ডোমেইন।

ইনপুট হিসাবে প্রোটিন সিকোয়েন্সের একটি সেট দেওয়া হলে, ProDA প্রথমে স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্ট খুঁজে পায়
সমস্ত জোড়া ক্রমগুলির মধ্যে, তারপর সারিবদ্ধ ক্রম খণ্ডগুলির ব্লক গঠন করে এবং
অবশেষে ব্লকের একাধিক প্রান্তিককরণ তৈরি করে। প্রোডা ব্যবহার করা অনেক কৌশলের উপর নির্ভর করে
in প্রোবকন (<http://probcons.stanford.edu>), একটি সাম্প্রতিক একাধিক অ্যালাইনার যা উচ্চ দেখায়
অনেক জনপ্রিয় বেঞ্চমার্কে নির্ভুলতা।

ইনপুট বিন্যাসে

Proda MFA বিন্যাসে ইনপুট ফাইল গ্রহণ করে। MFA বিন্যাস নীচে উল্লেখ করা হয়েছে:

এমএফএ ফরম্যাটে একাধিক ক্রম থাকে;

· MFA বিন্যাসে প্রতিটি ক্রম একটি একক-লাইন বর্ণনা দিয়ে শুরু হয়, তারপরে
ক্রম তথ্যের লাইন;

বর্ণনা লাইনটি সিকোয়েন্স ডেটা থেকে বড়-এর চেয়ে (">") দ্বারা আলাদা করা হয়
প্রথম কলামে প্রতীক।

আউটপুট বিন্যাসে

ইনপুট সিকোয়েন্সের একটি সেটের জন্য, প্রোডা সাধারণত বিভিন্ন ব্লক আউটপুট করে, প্রতিটিতে থাকে
সারিবদ্ধ ক্রম টুকরা. প্রতিটি ব্লক তার একাধিক প্রান্তিককরণ দ্বারা অনুসরণ করা হয়.

একটি ব্লক তার ক্রম টুকরা তালিকা দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়. প্রতিটি খণ্ড হিসাবে আউটপুট হয়
sequence_name(start-end), যেখানে sequence_name হল আসল সিকোয়েন্সের নাম এবং
শুরু এবং শেষ এমন অবস্থান যেখানে খণ্ডটি যথাক্রমে শুরু এবং শেষ হয়।

প্রোডা নীচে বর্ণিত ClustalW (ALN) বিন্যাসে ব্লক প্রান্তিককরণ তৈরি করে:

· ClustalW বিন্যাসে একটি একক শিরোনাম লাইন থাকে যার পরে সিকোয়েন্স ডেটা থাকে
50টি প্রান্তিককরণ অবস্থানের ব্লক;

প্রতিটি ব্লকের মধ্যে রয়েছে:

· প্রান্তিককরণের প্রতিটি সিকোয়েন্সের জন্য ডেটার একটি লাইন - বিশেষ করে,
অনুক্রমের নাম;

· প্রান্তিককরণের 50টি অক্ষর;

· একটি টীকা লাইন নির্দেশ করে সম্পূর্ণভাবে সংরক্ষিত (*), দৃঢ়ভাবে সংরক্ষিত (:), অথবা
দুর্বলভাবে সংরক্ষিত কলাম (।);

বর্ণনা লাইনটি সিকোয়েন্স ডেটা থেকে বড়-এর চেয়ে (">") দ্বারা আলাদা করা হয়
প্রথম কলামে প্রতীক।

ফাস্ট বিন্যাস উন্নত আউটপুট
যদি -fasta বিকল্পটি নির্দিষ্ট করা থাকে, তাহলে, নিয়মিত আউটপুট ছাড়াও, ProDA একটি উৎপন্ন করে
FASTA বিন্যাসে ব্লক প্রান্তিককরণ ধারণকারী ফাইল। আউটপুট ফাইলের একই নাম রয়েছে
প্রথম ইনপুট ফাইল এবং এক্সটেনশন ".fasta"। পরপর দুটি ব্লক প্রান্তিককরণ হয়
´#´ অক্ষর ধারণকারী একটি লাইন দ্বারা বিভক্ত।

FASTA বিন্যাস নীচে বর্ণনা করা হয়েছে:

· FASTA ফরম্যাটে ইনপুট ফাইলে প্রদত্ত সমস্ত সিকোয়েন্স থাকে;

· FASTA বিন্যাসে প্রতিটি ক্রম একটি একক-লাইন বর্ণনা দিয়ে শুরু হয়, তারপরে
ক্রম তথ্যের লাইন;

বর্ণনা লাইনটি সিকোয়েন্স ডেটা থেকে বড়-এর চেয়ে (">") দ্বারা আলাদা করা হয়
প্রথম কলামে প্রতীক;

সারিবদ্ধ অবশিষ্টাংশগুলি বড় হাতের অক্ষরে থাকে, অসংযুক্ত অবশিষ্টাংশগুলি ছোট হাতের মধ্যে থাকে৷

যেহেতু একটি চূড়ান্ত প্রান্তিককরণে প্রতিটি ক্রম শুধুমাত্র একবার থাকে, এই বিকল্পটি শুধুমাত্র ব্যবহার করা উচিত
যদি ইনপুট সিকোয়েন্সে পুনরাবৃত্তি না থাকে।

বিকল্প

-L [মিনিট_দৈর্ঘ্য]

[min_length] এর সমান সর্বনিম্ন প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্য সেট করুন।

ProDA একটি প্রান্তিক L. এর চেয়ে বেশি বা সমান দৈর্ঘ্যের প্রান্তিককরণ খুঁজে পায়
ডিফল্ট, L = 30। এই বিকল্পটি থ্রেশহোল্ডকে [min_length] এ সেট করে।

-পশ্চাৎপদ

স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্ট কম্পিউট করার সময় পোস্টেরিয়র ডিকোডিং ব্যবহার করুন।

ProDA একটি জোড়া-HMM ব্যবহার করে দুটি সিকোয়েন্সের মধ্যে স্থানীয় জোড়া অনুসারে সারিবদ্ধকরণ গণনা করে
এবং হয় ভিটারবি ডিকোডিং বা পোস্টেরিয়র ডিকোডিং। ডিফল্ট বিকল্প ব্যবহার করা হয়
ভিটারবি ডিকোডিং যা পোস্টেরিয়র ডিকোডিংয়ের চেয়ে দ্রুত কিন্তু কম সঠিক হতে পারে।
এই বিকল্পটি চালু করা হলে সারিবদ্ধকারীকে পরিবর্তে পোস্টেরিয়র ডিকোডিং ব্যবহার করার নির্দেশ দেয়। ভিতরে
উপরের উদাহরণে, আউটপুট তৈরি হয়েছে -পোস্টেরিয়র বিকল্প চালু করার সাথে।

- নীরব

সারিবদ্ধ করার সময় অগ্রগতির প্রতিবেদন করবেন না।

এই বিকল্পটি চালু করা হলে অ্যালাইনারকে নির্দেশ দেওয়া হয় যাতে অগ্রগতির প্রতিবেদন না করা যায়
সারিবদ্ধ ডিফল্টরূপে, প্রোডিএ সমস্ত পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্ট, ব্লকের অগ্রগতি রিপোর্ট করে
প্রজন্ম, এবং ব্লক প্রান্তিককরণের উপর। যেহেতু অ্যালগরিদমের কিছু ধাপ, বিশেষ করে
পেয়ারওয়াইজ সারিবদ্ধকরণ, দীর্ঘ সময় লাগতে পারে, প্রতিবেদনের অগ্রগতি প্রোগ্রামটিকে চেহারা দেয়
দৌড়ানোর সময় জীবিত।

-ট্রান

সারিবদ্ধ ক্রম খন্ডের ব্লক গঠন করার সময় ট্রানজিটিভিটি ব্যবহার করুন।

দুটি সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্ট সরাসরি সারিবদ্ধ হয় যদি তারা স্থানীয় অংশ হয়
যুগলভাবে প্রান্তিককরণ। ডিফল্টরূপে, দুটি খণ্ডকে যদি এবং শুধুমাত্র সারিবদ্ধভাবে বিবেচনা করা হয়
যদি তারা সরাসরি সারিবদ্ধ হয়। এই বিকল্পটি চালু করা অ্যালাইনারকে নির্দেশ দেয়
দুটি খণ্ডকে সারিবদ্ধভাবে বিবেচনা করুন যখন তারা সরাসরি সারিবদ্ধ হয় বা যখন উভয়ই
এগুলি একটি তৃতীয় খণ্ডের সাথে সরাসরি সারিবদ্ধ।

-ফাস্তা

ClustalW বিন্যাস ছাড়াও FASTA আউটপুট বিন্যাস ব্যবহার করুন।

এই বিকল্পটি চালু হলে, সারিবদ্ধকারী FASTA বিন্যাসে আউটপুট তৈরি করে
এবং প্রথম ইনপুট ফাইল এবং এক্সটেনশনের মতো একই নামের একটি ফাইলে সঞ্চয় করে
".fasta", stdout-এ সাধারণ আউটপুট ছাড়াও। এই বিকল্পটি ব্যবহার করা উচিত
শুধুমাত্র যদি ইনপুট সিকোয়েন্সে পুনরাবৃত্তি না থাকে।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে প্রোডা ব্যবহার করুন