profbval - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

profbval - অনুক্রম থেকে নমনীয়/অনমনীয় অবশিষ্টাংশের পূর্বাভাস দেয়

সাইনোপিসিস

profbval

বর্ণনাঃ

PROFbval হল একটি নিউরাল-নেটওয়ার্ক ভিত্তিক যা এক্স-রে কাঠামো থেকে ব্যাকবোন বি-মান ডেটার উপর প্রশিক্ষিত।
PROFbval থেকে উচ্চ-রেজোলিউশন প্রোটিন কাঠামোর একটি অনুক্রমের অনন্য সেটের উপর প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়েছিল
পিডিবি।

প্রোটিন পৃষ্ঠের একটি প্রদত্ত অবশিষ্টাংশের গতিশীলতা তার কার্যকরী ভূমিকার সাথে সম্পর্কিত।
প্রোটিনে পরমাণুর গতিশীলতার একটি সাধারণ পরিমাপ হল এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি থেকে পাওয়া বি-মান ডেটা
কাঠামো PROFbval হল একটি পদ্ধতি যা অ্যামিনো-অ্যাসিড ক্রম থেকে ব্যাকবোন বি-মানগুলির পূর্বাভাস দেয়।
PROFbval প্রোটিন গঠন এবং ফাংশন ভবিষ্যদ্বাণী উভয়ের জন্যই উপযোগী হতে পারে। এই ক্ষেত্রে,
একজন জীববিজ্ঞানী সবচেয়ে নমনীয় শনাক্ত করে সম্ভাব্য অ্যান্টিজেনিক নির্ধারক সনাক্ত করতে পারেন
প্রোটিন পৃষ্ঠের অবশিষ্টাংশ। অতিরিক্তভাবে, একজন ক্রিস্টালোগ্রাফার অবশিষ্টাংশগুলি সনাক্ত করতে পারে
সম্ভাব্য উচ্চ পরীক্ষামূলক B-মান আছে।

পরিবর্তন of পিএসআই-ব্লাস্ট শ্রেণীবিন্যাস থেকে এইচএসএসপি বিন্যাস
সবচেয়ে আপ-টু-ডেট পদ্ধতিতে পাওয়া যাবে
.

1. BLAST আউটপুটকে একটি একক প্রান্তিককরণ বিন্যাসে (SAF) রূপান্তর করুন:
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
নিরাপদ =

2. SAF ফর্ম্যাটকে HSSP-তে রূপান্তর করুন:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileout= exeConvertSeq=convert_seq

3. 80% রিডানডেন্সিতে ফলাফল ফিল্টার করুন:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileout=

আউটপুট বিন্যাস
এই বিবরণটি ডিফল্ট আউটপুট বিন্যাসে প্রযোজ্য।

সংখ্যা
অবশিষ্ট সংখ্যা

অবশিষ্ট
অবশিষ্টাংশ প্রকার

দুটি আউটপুট নোডের মধ্যে পার্থক্যের কাঁচা কাঁচা মান

নর্ম
পূর্বাভাসিত স্বাভাবিকীকৃত বি-মানের মান স্বাভাবিক করা হয় তাই একটি প্রদত্ত ক্রমানুসারে
গড় মান 0 এবং আদর্শ বিচ্যুতি হল 1। মান যত বেশি হবে তত বেশি
নমনীয় একটি অবশিষ্টাংশ হতে ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়.

অ-কঠোর মোড (NS)
একটি নমনীয় অবশিষ্টাংশ নির্দেশ করে। NS মোড অনুযায়ী অধিকাংশ অবশিষ্টাংশ হয়
নমনীয় অতএব, পৃষ্ঠের উপর একটি অবশিষ্টাংশ যা অনমনীয় হওয়ার পূর্বাভাস দেওয়া হয়
একটি কার্যকরী ভূমিকা আছে।

কঠোর মোড (এস)
একটি নমনীয় অবশিষ্টাংশ নির্দেশ করে। S মোড অনুযায়ী অবশিষ্টাংশের এক তৃতীয়াংশ
নমনীয়, তাই, অবশিষ্টাংশের একটি প্রসারিত যা নমনীয় শক্তি বলে অনুমান করা হয়
প্রোটিন ফাংশন জন্য গুরুত্বপূর্ণ.

তথ্যসূত্র

Schlessinger A, Yachdav G, & Rost B. PROFbval: ভবিষ্যদ্বাণী করুন নমনীয় এবং অনমনীয় অবশিষ্টাংশ
প্রোটিন বায়োইনফরমেটিক্স। 2006 এপ্রিল 1;22(7): 891-3।
শ্লেসিঞ্জার এ, রোস্ট বি. প্রোটিন নমনীয়তা এবং দৃঢ়তা অনুক্রম থেকে অনুমান করা হয়েছে।
প্রোটিন। 2005 1 অক্টোবর;61(1): 115-26।

বিকল্প

FASTA_FILE
ফাস্তা বিন্যাসে প্রোটিন অ্যামিনো-অ্যাসিড ক্রম ধারণকারী ফাইল।

RDBPROF_FILE
rdb বিন্যাসে PROF দ্বারা সেকেন্ডারি গঠন এবং দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্যতা ভবিষ্যদ্বাণী।

HSSP_FILE
PSI-BLAST অ্যালাইনমেন্ট প্রোফাইল ফাইল HSSP ফরম্যাটে রূপান্তরিত হয়েছে।

আউটপুট ফাইল
চূড়ান্ত PROFbavl আউটপুট ফাইলের নাম। আপনি একাধিক আউটপুট ফাইল দিতে পারেন. আপনি
তারপর সম্ভবত আউটপুট মোডগুলির একটি তালিকাও দিতে চাই, প্রতিটি আউটপুট ফাইলের জন্য একটি।
',' দিয়ে পৃথক এন্ট্রি করুন (ফাইলের নামে কমা অনুমোদিত নয়)।

জানলা
এটি আউটপুটের জন্য পছন্দসই মসৃণ উইন্ডো। পদ্ধতিটি উইন্ডোতে প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়েছিল
9 এর

OUTPUT_MODE
PROFbval বিভিন্ন উদ্দেশ্যে বিভিন্ন ফরম্যাটে আউটপুট ফাইল তৈরি করতে পারে। দ্য
প্যাকেজের জন্য ডিফল্ট আউটপুট মোড হল 6। আপনি একাধিক আউটপুট মোড দিতে পারেন। আপনি
তারপর সম্ভবত আউটপুট ফাইলগুলির একটি তালিকাও দিতে চাই, প্রতিটি আউটপুট মোডের জন্য একটি।
',' দিয়ে আলাদা এন্ট্রি।

মোড: '-1', '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', 'snap', 'snapfun'

5 এর জন্য মেটাডিসর্ডার(1)

লাভপ্রদ কাজ
মজাদার
জন্য মজাদার(1)

ডিবগ
ডিফল্ট: 0. 1 দিয়ে সক্ষম করুন।

EXAMPLE টি

profbval /usr/share/doc/profbval/examples/cad23.f /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.hssp cad23.profval 9 6

পরিবেশ

PROFBVAL_ROOT
ডিরেক্টরি খুঁজতে ব্যবহৃত ./scr/createDataFile.pl, ./scr/PROFbval.pl এবং
./nn_files/jct.in. যদি সেট না থাকে /usr/share/profbval ব্যবহৃত হয়.

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে profbval ব্যবহার করুন