এটি হল রেট4সাইট_ডাবলরেপ কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
rate4site - সংরক্ষিত অ্যামিনো-অ্যাসিড সাইটগুলির আবিষ্কারক
সাইনোপিসিস
রেট4সাইট [বিকল্প] -s
বর্ণনাঃ
অ্যামিনো অ্যাসিড সাইটগুলির মধ্যে বিবর্তনের হার স্থির নয়: কিছু অবস্থান ধীরে ধীরে বিবর্তিত হয়
এবং সাধারণত "সংরক্ষিত" হিসাবে উল্লেখ করা হয়, অন্যরা দ্রুত বিকশিত হয় এবং উল্লেখ করা হয়
"পরিবর্তনশীল" হিসাবে। শুদ্ধকরণের বিভিন্ন স্তরের সাথে হারের বৈচিত্র্যের মিল রয়েছে
নির্বাচন এই সাইটে অভিনয়. পরিশোধন নির্বাচন জ্যামিতিক ফলাফল হতে পারে
প্রোটিনের 3D কাঠামোতে ভাঁজ করার সীমাবদ্ধতা, অ্যামিনো অ্যাসিডের সীমাবদ্ধতা
এনজাইম্যাটিক কার্যকলাপ বা লিগ্যান্ড বাইন্ডিং বা বিকল্পভাবে, অ্যামিনো অ্যাসিডের সাথে জড়িত সাইটগুলি
প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ায় অংশ নেওয়া সাইটগুলি। Rate4Site আপেক্ষিক হিসাব করে
সম্ভাব্য-ভিত্তিক বিবর্তনীয় মডেল ব্যবহার করে প্রতিটি সাইটে বিবর্তনীয় হার। এই অনুমতি দেয়
প্রোটিনের মধ্যে স্টোকাস্টিক প্রক্রিয়ার অন্তর্নিহিত সিকোয়েন্স বিবর্তন বিবেচনা করে
পরিবার এবং পরিবারে প্রোটিনের ফাইলোজেনেটিক গাছ। সংরক্ষণ স্কোর
একটি সাইটে সাইটের বিবর্তনীয় হারের সাথে মিলে যায়।
প্রণালী বিজ্ঞান
Rate4Site-এ একমাত্র বাধ্যতামূলক ইনপুট হল একটি MSA ফাইল। প্রোগ্রাম তারপর একটি গণনা
ফাইলোজেনেটিক ট্রি যা উপলব্ধ MSA এর সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ (ব্যবহারকারী একটি ইনপুটও করতে পারে
প্রাক-গণনা করা গাছ)। এটি তারপরে প্রতিটি সাইটের জন্য আপেক্ষিক সংরক্ষণ স্কোর গণনা করে
এমএসএ এটি একটি অভিজ্ঞতামূলক বায়েসিয়ান পদ্ধতি বা সর্বোচ্চ ব্যবহার করে করা হয়
সম্ভাবনা পদ্ধতি (পুপকো এট আল।, 2002)। দুটি পদ্ধতির মধ্যে পার্থক্য হল
Mayrose et al (2004) এ বিস্তারিত ব্যাখ্যা করা হয়েছে।
তথ্যসূত্র
Mayrose, I., Graur, D., Ben-Tal, N., এবং Pupko, T. 2004. সাইট-নির্দিষ্ট হারের তুলনা-
অনুমান পদ্ধতি: বায়েসিয়ান পদ্ধতিগুলি উচ্চতর। Mol Biol Evol 21: 1781-1791।
বিকল্প
-s MSA_FILE
ইনপুট সিকোয়েন্স ফাইলের নাম। নিম্নলিখিত বিন্যাস সমর্থিত: Mase, Molphy,
ফিলিপ, ক্লাসাল, ফাস্তা
-t ইনপুট ট্রি ফাইলের নাম (নিউইক ফরম্যাটে)
-o আউটপুট ফাইল
ফলাফল আউটপুট ফাইল
-এমএসএ-তে একটি রেফারেন্স ক্রম নাম। সংরক্ষণ স্কোর উপর ভিত্তি করে মুদ্রিত হয়
এই ক্রমানুসারে অ্যামিনো-অ্যাসিড।
-k পৃথক গামা বিভাগের সংখ্যা
-m বিবর্তনীয় মডেল। নিম্নলিখিত অ্যামিনো-অ্যাসিড মডেলগুলি সমর্থিত:
DAY (-md), JTT (-mj), REV (-mr), aaJC (-ma), LG (-Ml), WAG (-Mw)।
নিউক্লিওটাইডগুলির জন্য, নিম্নলিখিত মডেলগুলি সমর্থিত: JC (-mn), HKY (-Mh), Tamura92 (-Mt), GTR (-Mg)।
-b শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজেশান পতাকা:
-bn = কোন শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজেশান
-bh = একটি সমজাতীয় মডেল ব্যবহার করে অপ্টিমাইজেশন (সাইট-রেট-প্রকরণের মধ্যে নেই)
-bg = একটি গামা মডেল ব্যবহার করে অপ্টিমাইজেশান
-i রেট ইনফারেন্স পদ্ধতি পতাকা:
-Im = হার সর্বোচ্চ সম্ভাবনা পদ্ধতি ব্যবহার করে অনুমান করা হয়
-Ib = হার অনুমান করা হয় অভিজ্ঞতামূলক Bayes পদ্ধতি ব্যবহার করে
-z গাছ নির্মাণ পদ্ধতি
zj = জুকস-ক্যান্টর দূরত্বের সাথে প্রতিবেশী-সংযোগকারী গাছ
zn = সর্বাধিক সম্ভাবনা দূরত্ব সহ প্রতিবেশী-সংযোগকারী গাছ
-h সংক্ষিপ্ত সাহায্য বার্তা
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে rate4site_doublerep অনলাইন ব্যবহার করুন
