এটি হল রিডসেক কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
readseq - বিভিন্ন ফরম্যাটে নিউক্লিক/প্রোটিন সিকোয়েন্স পড়ে এবং লেখে
সাইনোপিসিস
readseq [-বিকল্প] in.seq > out.seq
বর্ণনাঃ
এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা সংক্ষিপ্তভাবে নথি readseq আদেশ এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠার জন্য লেখা হয়েছিল
ডেবিয়ান জিএনইউ/লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশন কারণ মূল প্রোগ্রামটির একটি ম্যানুয়াল নেই
পৃষ্ঠা পরিবর্তে, এটির পাঠ্য আকারে ডকুমেন্টেশন রয়েছে, নীচে দেখুন।
readseq বিভিন্ন বিন্যাসে বায়োসিকোয়েন্স (নিউক্লিক/প্রোটিন) পড়ে এবং লেখে। ডাটা ফাইল
একাধিক ক্রম থাকতে পারে। readseq এটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হিসাবে বিশেষভাবে দরকারী
অনেক ক্রম বিন্যাস, এবং তাদের মধ্যে আন্তঃরূপান্তর।
ফরম্যাট
যে ফর্ম্যাটগুলি রিডসেক বর্তমানে বুঝতে পারে:
* আইজি/স্ট্যানফোর্ড, ইন্টেলিজেনেটিক্স এবং অন্যদের দ্বারা ব্যবহৃত
* GenBank/GB, genbank ফ্ল্যাটফাইল বিন্যাস
* NBRF বিন্যাস
* EMBL, EMBL ফ্ল্যাটফাইল বিন্যাস
* GCG, GCG সফ্টওয়্যারের একক ক্রম বিন্যাস
* DNAStrider, সাধারণ ম্যাক প্রোগ্রামের জন্য
* ফিচ বিন্যাস, সীমিত ব্যবহার
* পিয়ারসন/ফাস্তা, ফাস্তা প্রোগ্রাম এবং অন্যান্যদের দ্বারা ব্যবহৃত একটি সাধারণ বিন্যাস
* জুকার বিন্যাস, সীমিত ব্যবহার। শুধুমাত্র ইনপুট।
* ওলসেন, ওলসেন ভিএমএস সিকোয়েন্স এডিটর দ্বারা মুদ্রিত বিন্যাস। শুধুমাত্র ইনপুট।
* Phylip3.2, Phylip প্রোগ্রামের জন্য অনুক্রমিক বিন্যাস
* ফিলিপ, ফিলিপ প্রোগ্রামের জন্য ইন্টারলিভড ফরম্যাট (v3.3, v3.4)
* সাধারণ/কাঁচা, শুধুমাত্র সিকোয়েন্স ডেটা (কোন নাম, নথি, নম্বরিং নেই)
+ MSF মাল্টি সিকোয়েন্স ফরম্যাট GCG সফ্টওয়্যার দ্বারা ব্যবহৃত
+ PAUP এর একাধিক সিকোয়েন্স (NEXUS) বিন্যাস
+ PIR/CODATA বিন্যাস PIR দ্বারা ব্যবহৃত
+ ASN.1 ফর্ম্যাট NCBI দ্বারা ব্যবহৃত
+ সুন্দর চেহারার আউটপুটের জন্য বিভিন্ন বিকল্পের সাথে সুন্দর প্রিন্ট। শুধুমাত্র আউটপুট।
+ LinAll ফরম্যাট, সীমিত ব্যবহার (LinAll এবং কনস্ট্রাক্ট প্রোগ্রাম)
+ ভিয়েনা ফরম্যাট ভিয়েনাআরএনএ প্রোগ্রাম দ্বারা ব্যবহৃত
ফাইল ফরম্যাট সম্পর্কে বিস্তারিত জানার জন্য অন্তর্ভুক্ত "ফরম্যাট" ফাইল দেখুন।
বিকল্প
-হেল্প বিকল্পগুলির সারাংশ দেখান।
-এ সমস্ত ক্রম নির্বাচন করুন
-গ
ছোট হাতের অক্ষরে পরিবর্তন করুন
-সি[আসেইউপার]
UPPER CASE এ পরিবর্তন করুন
ডিগ্যাপ[=-]
ফাঁক চিহ্ন সরান
-আমি[tem=2,3,4]
বেশ কয়েকটি থেকে আইটেম নম্বর(গুলি) নির্বাচন করুন
-আমি[ইস্ট]
শুধুমাত্র ক্রম তালিকা
-o[utput=]out.seq
আউটপুট পুনর্নির্দেশ করুন
-p[ipe]
পাইপ (কমান্ড লাইন, stdout)
-আর [বিপরীত]
Reverse-complement এ পরিবর্তন করুন
-v[erbose]
ভার্বোস অগ্রগতি
-f[ormat=]# বিন্যাস সংখ্যা উন্নত আউটপুট, or
-f[ormat=]আউটপুটের জন্য নাম বিন্যাসের নাম:
1. আইজি/স্ট্যানফোর্ড 11. ফিলিপ3.2
2. GenBank/GB 12. Phylip
3. NBRF 13. সমতল/কাঁচা
4. EMBL 14. PIR/CODATA
5. GCG 15. MSF
6. DNAStrider 16. ASN.1
7. ফিচ 17. PAUP/NEXUS
8. পিয়ারসন/ফাস্তা 18. সুন্দর (শুধুমাত্র)
9. জুকার (শুধুমাত্র) 19. লিনঅল
10. ওলসেন (শুধুমাত্র) 20. ভিয়েনা
সুন্দর বিন্যাস বিকল্প:
-প্রস্থ[ম]=#
ক্রম লাইন প্রস্থ
-ট্যাব=# বাম ইন্ডেন্ট
-কল[স্পেস]=#
আউটপুটে সিকোয়েন্স লাইনের মধ্যে কলামের স্থান
- ফাঁক [গণনা]
ক্রম সংখ্যায় ফাঁক অক্ষর গণনা করুন
-নাম বাম, -নামের অধিকার[=#]
বাম/ডান দিকে নাম [=সর্বোচ্চ প্রস্থ]
- nametop
উপরে/নীচে নাম
-সংখ্যা বাম, -সংখ্যা
বাম/ডান দিকে Seq সূচক
-নামটপ, -সংখ্যা
উপরে/নীচে সূচক
-ম্যাচ[=।]
2..n প্রজাতির জন্য ম্যাচ বেস ব্যবহার করুন
-ইন্টার[লাইন=#]
সিকোয়েন্স ব্লকের মধ্যে ফাঁকা লাইন(গুলি)
উদাহরণ
readseq
-- ইন্টারেক্টিভ ব্যবহারের জন্য
readseq my.1st.seq my.2nd.seq -all -format=genbank -output=my.gb
-- দুটি ইনপুট ফাইলকে একটি জেনব্যাঙ্ক ফরম্যাটের আউটপুট ফাইলে রূপান্তর করুন
readseq my.seq -all -form=pretty -nameleft=3 -numleft -numright -numtop -match
-- আউটপুট থেকে স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট একটি সুন্দর বিন্যাসে একটি ফাইল
readseq my.seq -item=9,8,3,2 -degap -CASE -rev -f=msf -out=my.rev
-- ইনপুট, ডিগ্যাপ, রিভার্স এবং বড় হাতের থেকে 4টি আইটেম নির্বাচন করুন
বিড়াল *.seq | readseq -pipe -all -format=asn > bunch-of.asn
-- readseq-এর মাধ্যমে একগুচ্ছ ডেটা পাইপ করুন, সমস্তকে asn-এ রূপান্তর করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে readseq ব্যবহার করুন