স্কোর_সংরক্ষণ - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

স্কোর_সংরক্ষণ - স্কোর প্রোটিন ক্রম সংরক্ষণ

সাইনোপিসিস

স্কোর_সংরক্ষণ [বিকল্প] ALIGNFILE

বর্ণনাঃ

স্কোর প্রোটিন ক্রম সংরক্ষণ ALIGNFILE. ALIGNFILE FASTA, CLUSTAL বা হতে হবে
স্টকহোম বিন্যাস।

নিম্নলিখিত সংরক্ষণ স্কোরিং পদ্ধতি প্রয়োগ করা হয়:
* জোড়ার যোগফল
* জোড়ার ওজনযুক্ত যোগফল
* শ্যানন এনট্রপি
* সম্পত্তি গ্রুপিং সহ শ্যানন এনট্রপি (মিরনি এবং শাখনোভিচ 1995,
ভালদার এবং থর্নটন 2001)
* সম্পত্তি গ্রুপিং সহ আপেক্ষিক এনট্রপি (উইলিয়ামসন 1995)
* ভন নিউম্যান এনট্রপি (ক্যাফ্রে এট আল 2004)
* আপেক্ষিক এনট্রপি (সমুদ্রলা এবং ওয়াং 2006)
* জেনসেন-শ্যানন ডিভারজেন্স (ক্যাপরা এবং সিং 2007)

একটি উইন্ডো-ভিত্তিক এক্সটেনশন যা অনুক্রমিকভাবে আনুমানিক সংরক্ষণকে অন্তর্ভুক্ত করে
প্রতিটি কলামের জন্য স্কোরের সংলগ্ন অবশিষ্টাংশও দেওয়া হয়। এই উইন্ডো পদ্ধতি করতে পারেন
সংরক্ষণ স্কোরিং পদ্ধতি কোনো প্রয়োগ করা হবে.

ডিফল্ট পরামিতি সহ স্কোর_সংরক্ষণ(1) জন্য সংরক্ষণ স্কোর গণনা
জেনসেন-শ্যানন ডাইভারজেন্স এবং একটি উইন্ডো ব্যবহার করে প্রান্তিককরণ -w of 3.

ক্রম-নির্দিষ্ট আউটপুট এর জন্য সংরক্ষণ ইনপুট হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে অবতল(1).

আবদ্ধ কাছাকাছি অনুঘটক সাইট এবং অবশিষ্টাংশ সনাক্তকরণে সংরক্ষণ অত্যন্ত ভবিষ্যদ্বাণীপূর্ণ
লিগ্যান্ডস

তথ্যসূত্র

Capra JA এবং সিং এম. অনুক্রম থেকে কার্যকরীভাবে গুরুত্বপূর্ণ অবশিষ্টাংশের ভবিষ্যদ্বাণী করা
সংরক্ষণ জৈব তথ্যবিজ্ঞান, 23(15):1875-82, 2007।

বিকল্প

-একটি নাম]
রেফারেন্স ক্রম। নামযুক্ত অনুক্রমের রেফারেন্সে স্কোর প্রিন্ট করুন (অবস্থান উপেক্ষা করে)।
ডিফল্ট পুরো কলাম প্রিন্ট করে।

-বি [0-1]
উইন্ডো হিউরিস্টিক লিনিয়ার কম্বিনেশনের জন্য ল্যাম্বডা। ডিফল্ট=.5.

সমীকরণ:

"স্কোর = (1 - ল্যাম্বডা) * গড়_স্কোর_ওভার_উইন্ডো_এরাউন্ড_মিডল + ল্যাম্বডা *
স্কোর_অফ_মিডল"

-d [ফাইল]
ব্যাকগ্রাউন্ড ডিস্ট্রিবিউশন ফাইল, যেমন distributions/swissprot.distribution.
ডিফল্ট=বিল্ট-ইন BLOSUM62।

-জি [0-1)]
ফাঁক কাটা বন্ধ. ফাঁক কাটঅফ ভগ্নাংশ ব্যবধানের বেশি ধারণ করে এমন কলামগুলি স্কোর করবেন না।
ডিফল্ট=.3.

-h প্রিন্ট সাহায্য.

-l [সত্য|মিথ্যা]
ক্রম ওজন ব্যবহার করুন. ডিফল্ট=সত্য.

-মি [FILE]
সাদৃশ্য ম্যাট্রিক্স ফাইল, যেমন matrix/blosum62.bla অথবা .qij. ডিফল্ট=matrix/blosum62.bla.

কিছু পদ্ধতি, যেমন js_divergence, এই ব্যবহার করবেন না.

-n [সত্য|মিথ্যা]
স্কোর স্বাভাবিক করুন। প্রতিটি কলামের কাঁচা স্কোরের z-স্কোর (সারিবদ্ধকরণের উপরে) প্রিন্ট করুন।
ডিফল্ট=মিথ্যা.

-o ফাইল
আউটপুট ফাইল. ডিফল্ট: স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট স্ট্রীম।

-p [সত্য|মিথ্যা]
ফাঁক পেনাল্টি ব্যবহার করুন. কলামের স্কোর কম করুন যেখানে ফাঁক রয়েছে, সমানুপাতিকভাবে
ফাঁক করা ক্রমগুলির যোগফল ওজন। ডিফল্ট=সত্য.

-s [পদ্ধতি]
সংরক্ষণ অনুমান পদ্ধতি, এক শ্যানন_এনট্রপি সম্পত্তি_এনট্রপি
সম্পত্তি_আপেক্ষিক_এনট্রপি vn_এনট্রপি আপেক্ষিক_এনট্রপি js_divergence জোড়ার_সমষ্টি.
ডিফল্ট=js_divergence.

-w [0-INT]
জানালার আকার। উইন্ডোতে অন্তর্ভুক্ত উভয় পাশে অবশিষ্টাংশের সংখ্যা। ডিফল্ট=3.

উদাহরণ

দ্রষ্টব্য: চালানোর আগে আপনাকে উদাহরণ ডেটা ফাইলগুলি অনুলিপি এবং কম্প্রেস করতে হতে পারে
নিম্নলিখিত উদাহরণ

এর সাথে জেনসেন-শ্যানন ডাইভারজেন্স ব্যবহার করে সারিবদ্ধকরণের জন্য সংরক্ষণ স্কোর গণনা করুন
ডিফল্ট সেটিংস এবং স্কোর প্রিন্ট আউট:
score_conservation /usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln

জেনসেন-শ্যানন ডাইভারজেন্স ব্যবহার করে একটি প্রান্তিককরণ স্কোর করুন, সাইজ 3 এর একটি উইন্ডো (এর উভয় পাশে
অবশিষ্টাংশ), এবং সুইসপ্রট ব্যাকগ্রাউন্ড ডিস্ট্রিবিউশন:
স্কোর_সংরক্ষণ -s js_divergence -w 3 -d \
/usr/share/conservation-code/distributions/swissprot.distribution \
/usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে স্কোর_সংরক্ষণ ব্যবহার করুন