এই কমান্ড scythe যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
দাগ - Bayesian অ্যাডাপ্টার তিরস্কারকারী
সাইনোপিসিস
scythe -t sanger -a /path/to/adaptors.fasta [বিকল্পগুলি]
সিকোয়েন্স ফাইল বন্ধ 3´-এন্ড অ্যাডাপ্টারের দূষক ছাঁটা. যদি কোন আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করা না থাকে,
scythe stdout ব্যবহার করবে।
বিকল্প
-p, --prior prior (ডিফল্ট: 0.300)
-q, --quality-টাইপ কোয়ালিটি টাইপ, হয় ইলুমিনা, সোলেক্সা, বা স্যাঞ্জার (ডিফল্ট: স্যাঞ্জার)
-m, --maches-file ফাইলের সাথে মিলে যায় (ডিফল্ট: আউটপুট নেই)
-o, --আউটপুট-ফাইল আউটপুট ছাঁটা সিকোয়েন্স ফাইল (ডিফল্ট: stdout)
-t, --ট্যাগ শিরোনামে একটি ট্যাগ যোগ করে যা নির্দেশ করে Scythe একটি সিকোয়েন্স কেটে দেয় (ডিফল্ট: বন্ধ)
-n, --মিন-মেচ সবচেয়ে ছোট দূষক বিবেচনা করতে হবে (ডিফল্ট: 5)
-M, --min-এই দৈর্ঘ্যের থেকে কম বা সমান ফিল্টার সিকোয়েন্স রাখুন (ডিফল্ট: 35)
-- শান্ত stdout এ ছাঁটাই সম্পর্কে পরিসংখ্যান আউটপুট করবেন না (ডিফল্ট: বন্ধ)
--help এই সাহায্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
--সংস্করণ আউটপুট সংস্করণ তথ্য এবং প্রস্থান করুন
এগুলি হল মানসম্পন্ন এনকোডিং স্কিমগুলিকে চিনেছে ('--গুণমান' দেখুন)
phred PHRED মানের স্কোর (যেমন Roche 454 থেকে)। ASCII নম্বর সহ
অফসেট, পরিসীমা: [৪, ৬০]।
sanger Sanger হল PHRED ASCII গুণাবলী যার অফসেট 33,
পরিসীমা: [0, 93]। NCBI SRA, বা Illumina পাইপলাইন 1.8+ থেকে।
solexa Solexa (এছাড়াও খুব প্রারম্ভিক ইলুমিনা -- পাইপলাইন < 1.3)।
ASCII অফসেট অফসেট 64, রেঞ্জ: [-5, 62]। একটি ভিন্ন ব্যবহার করে
অন্যান্য স্কিম তুলনায় গুণমান থেকে সম্ভাব্যতা রূপান্তর.
1.3 এবং 1.7 এর মধ্যে পাইপলাইন সংস্করণ থেকে ইলুমিনা ইলুমিনা আউটপুট।
ASCII অফসেট 64, পরিসর: [0, 62]
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে scythe ব্যবহার করুন