এটি হল snap-aligner-index কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
snap-aligner_index - পরিমাপযোগ্য নিউক্লিওটাইড প্রান্তিককরণ প্রোগ্রাম
সাইনোপিসিস
স্ন্যাপ-অ্যালাইনার সূচক []
বর্ণনাঃ
SNAP সংস্করণ 1.0beta.18-এ স্বাগতম।
বিকল্প
-s বীজের আকার (ডিফল্ট: 20)
-h হ্যাশ টেবিল স্ল্যাক (ডিফল্ট: 0.3)
-hg19 hg19-এর জন্য প্রি-কম্পিউটেড টেবিল বায়াস ব্যবহার করুন, যার ফলে আরও ভাল গতি, ভারসাম্য এবং a
ছোট সূচক, কিন্তু শুধুমাত্র সম্পূর্ণ মানব রেফারেন্সের জন্য কাজ করে।
-অফক্টর
এই প্যারামিটারটি অবহেলিত এবং উপেক্ষা করা হবে।
-tMaxThreads
ব্যবহার করার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক থ্রেড উল্লেখ করুন। ডিফল্ট হল কোরের সংখ্যা।
-B
FASTA হেডার লাইনে ক্রোমোজোম নাম টার্মিনেটর হিসাবে ব্যবহার করার জন্য অক্ষরগুলি নির্দিষ্ট করুন;
এই অক্ষর এবং এর পরে কিছু ক্রোমোজোম নামের অংশ নয়। তোমাকে অবশ্যই
একটি একক সব অক্ষর নির্দিষ্ট করুন -B সুইচ সুতরাং, উদাহরণস্বরূপ, সঙ্গে -বি_|, দ
FASTA হেডার লাইন '>chr1|ক্রোমোজোম 1' 'chr1' নামে একটি ক্রোমোজোম তৈরি করবে।
একটি স্থান একটি টার্মিনেটর ইঙ্গিত করার জন্য একটি পৃথক পতাকা আছে.
-বিস্পেস
নির্দেশ করে যে স্পেস অক্ষরটি ক্রোমোজোমের নামের জন্য একটি সমাপ্তিকারী (দেখুন -B
উপরে)। এটি দ্বারা নির্দিষ্ট অন্যান্য টার্মিনেটর ছাড়াও ব্যবহার করা যেতে পারে -B. -B এবং
-বিস্পেস কেস সংবেদনশীল।
-পিপ্যাডিং
ক্রোমোজোমের মধ্যে প্যাডিং হিসাবে Ns সংখ্যাটি নির্দিষ্ট করুন। এই হিসাবে হতে হবে
সবচেয়ে বড় সম্পাদনা দূরত্ব আপনি কখনও ব্যবহার করবেন, এবং একটি কর্মক্ষমতা আছে
আপনি প্রক্রিয়া করবেন যে কোনো পড়ার চেয়ে এটি বড় হতে সুবিধা। ডিফল্ট 500
-HHistogramFile
বীজ জনপ্রিয়তার একটি হিস্টোগ্রাম তৈরি করুন। এটি শুধুমাত্র তথ্যের জন্য, এটি ব্যবহার করা হয় না
SNAP দ্বারা।
- সঠিক হ্যাশ টেবিল মাপ ঠিক গণনা. এটি সূচক তৈরির গতি কমিয়ে দেবে, তবে সাধারণত
ছোট সূচক হবে.
- কী আকার
হ্যাশ টেবিল কী ব্যবহার করতে বাইটের সংখ্যা। বড় মান SNAP এর বৃদ্ধি করে
মেমরি পদচিহ্ন, কিন্তু বড় বীজ অনুমতি. ডিফল্ট: 4
-বড় একটি বড় সূচক তৈরি করুন যা একটু দ্রুত, বিশেষ করে রানের জন্য
দ্রুত/ভুল পরামিতি। প্রায় 30% দ্বারা সূচক আকার বৃদ্ধি, উপর নির্ভর করে
অন্যান্য সূচক প্যারামিটার এবং রেফারেন্স জিনোমের বিষয়বস্তু
- অবস্থানের আকার
সূচকে সংরক্ষিত জিনোমের অবস্থানের আকার। এটি 4 থেকে 8 পর্যন্ত হতে পারে
বাইট অবস্থানগুলি শুধুমাত্র জিনোম সূচী করার জন্য যথেষ্ট বড় হতে হবে, কিন্তু
একাধিকবার ঘটতে থাকা বীজের প্রতিনিধিত্ব করার জন্য কিছু জায়গার অনুমতি দিতে। জন্য
মানুষের জিনোম, এটি চার বাইট অবস্থানের সাথে ফিট হবে যদি বীজের আকার 19 বা হয়
বড়, কিন্তু ছোট বীজের জন্য 5 (বা তার বেশি) প্রয়োজন। অবস্থানের আকার বড় করা
প্রয়োজনের তুলনায় শুধু (প্রচুর) স্থান নষ্ট করবে, তাই যদি না আপনি কিছু করছেন
বেশ অস্বাভাবিক, সঠিক উত্তর হল 4 বা 5৷ ডিফল্ট হল 4৷
-sm ছোট মেমরিতে ভাল কাজ করতে একটি টেম্প ফাইল ব্যবহার করুন। এই শুধুমাত্র একটু সাহায্য করে, কিন্তু
আপনি কাছাকাছি হলে পার্থক্য হতে পারে. বিশেষ করে, এটি সাধারণত কম ব্যবহার করবে
সূচকের চেয়ে মেমরিটি একবার তৈরি হয়ে গেলে ব্যবহার করবে, তাই যদি এটি কাজ না করে তবে আপনি তা করবেন না
যাইহোক সূচক ব্যবহার করতে সক্ষম হবেন. যাইহোক, যদি শুরু করার জন্য আপনার যথেষ্ট মেমরি থাকে
সঙ্গে, এই বিকল্পটি অতিরিক্ত, অকেজো আইও করে সূচক তৈরির গতি কমিয়ে দেবে।
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে snap-aligner-index ব্যবহার করুন৷