এটি হল srf2fastq কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
srf2fastq - SRF ফাইলগুলিকে Sanger fastq ফরম্যাটে রূপান্তর করে
সাইনোপিসিস
srf2fastq [অপশন] srf_archive ...
বর্ণনাঃ
srf2fastq এক বা একাধিক SRF সংরক্ষণাগার থেকে ক্রম এবং গুণাবলী বের করে এবং সেগুলি লেখে
Sanger fastq ফরম্যাটে stdout থেকে।
উল্লেখ্য যে ইলুমিনার একটি ফাস্টকিউ ফরম্যাট রয়েছে (জেরাল্ড ডিরেক্টরিতে ব্যবহৃত হয়) যা ভিন্ন
মানের মানের জন্য লগ-অডস স্কোর ব্যবহারে সামান্য। এখানে বর্ণিত বিন্যাস
ঐতিহ্যগত ব্যবহার করছে ফ্রেড মানের এনকোডিংয়ের শৈলী।
বিকল্প
-c ZTR ব্যবহার করে ক্রমাঙ্কিত আত্মবিশ্বাসের মানগুলি আউটপুট করে CNF1 একটি একক জন্য খণ্ড টাইপ
ভিত্তি প্রতি গুণমান। এটি ছাড়া আসল ইলুমিনা ব্যবহার করুন _prb.txt ফাইল সমন্বিত
বেস প্রতি চারটি গুণমানের মান, ZTR-এ সংরক্ষিত CNF4 খণ্ড
-C খারাপ মানের হিসাবে ট্যাগ করা সিকোয়েন্সগুলিকে মাস্ক করে।
-s শিকড়
ফাইলের নাম দিয়ে ডিস্কে ফাইল তৈরি করে শিকড়, অ-স্পষ্ট প্রতি একটি ফাইল
SRF/ZTR অঞ্চলের (REGN) অংশে উপাদান। সাধারণত এই জন্য দুটি ফাইল ফলাফল
জোড়া শেষ রান। ফাইলের নাম প্রত্যয়গুলি এসআরএফ অঞ্চলে তালিকাভুক্ত নাম থেকে আসে
খণ্ড এই বিকল্পটির সাথে দ্বন্দ্ব -S প্যারামিটার।
-S ক্রমগুলিকে অঞ্চলে বিভক্ত করে, কিন্তু ক্রমানুসারে প্রতিটি ক্রম অঞ্চলকে তালিকাভুক্ত করে৷
stdout ডিস্কে পৃথক ফাইলে বিভক্ত করার পরিবর্তে। এই বিকল্পের সাথে দ্বন্দ্ব
দ্য -s প্যারামিটার।
-n -s ব্যবহার করার সময় ফাইলের নাম প্রত্যয়গুলি পরিবর্তে কেবল সংখ্যাযুক্ত (1 দিয়ে শুরু)
SRF অঞ্চলের অংশে তালিকাভুক্ত নাম ব্যবহার করার জন্য।
-a অনুক্রমের নামের সাথে অঞ্চলের সূচী যুক্ত করে। অর্থাৎ a এর জন্য "name/1" এবং "name/2" তৈরি করুন
জোড়া পড়া
-e যেকোন সুস্পষ্ট ক্রম ('E' টাইপের ZTR অঞ্চল খণ্ড) ক্রমটিতে অন্তর্ভুক্ত করুন
আউটপুট সুস্পষ্ট ক্রম এছাড়াও মান লাইন খুব অন্তর্ভুক্ত করা হয়. বর্তমানে
এটি ABI SOLID দ্বারা প্রাইমারের শেষ বেস সংরক্ষণ করার জন্য ব্যবহার করা হয়।
-r এলাকা তালিকা
বিপরীত ক্রমকে পরিপূরক করে এবং সমস্ত অঞ্চলের জন্য গুণমানের মানকে বিপরীত করে
দ্য এলাকা তালিকা. এটি একটি কমা দ্বারা বিভক্ত পূর্ণসংখ্যার মানের তালিকা যা গণনা করে
অঞ্চলগুলি, 1 থেকে শুরু। মনে রাখবেন যে এই বিকল্পটি শুধুমাত্র তখনই কাজ করে যখন হয় -s or -S হয়
নির্দিষ্ট
উদাহরণ
বর্তমান ডিরেক্টরির সমস্ত srf ফাইল থেকে শুধুমাত্র ভাল মানের সিকোয়েন্সগুলি বের করতে৷
ক্যালিব্রেটেড কনফিডেন্স মান ব্যবহার করে (যদি পাওয়া যায়)।
srf2fastq -c -C *.srf > runX.fastq
একটি পেয়ারড এন্ড এক্সট্র্যাক্ট করতে নামযুক্ত সিকোয়েন্স সহ দুটি পৃথক ফাইলে চালান নাম/ 1 এবং
নাম/ 2।
srf2fastq -s runX -a -n runX.srf
একটি একক ফাইল হিসাবে একটি পেয়ারড এন্ড এক্সট্র্যাক্ট করতে, পর্যায়ক্রমে ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স সিকোয়েন্স,
দ্বিতীয় পড়া বিপরীত সম্পূরক হচ্ছে.
srf2fastq -S -r 2 runX.srf > runX.fastq
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে srf2fastq ব্যবহার করুন
