এটি হল সাব-রিড-সারিবদ্ধ কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
subread-align - উভয় জিনোমিক DNA-seq রিড ম্যাপ করার জন্য একটি সঠিক এবং দক্ষ সারিবদ্ধকারী
এবং RNA-seq পড়ে (অভিব্যক্তি বিশ্লেষণের উদ্দেশ্যে)
, USAGE
subread- align [বিকল্প] -i -r -o -t
প্রয়োজনীয় যুক্তি:
-i
সূচকের মূল নাম।
-r
ইনপুট ফাইলের নাম। gzipped fastq, fastq, এবং fasta সহ ইনপুট বিন্যাস
স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হবে। পেয়ার-এন্ড হলে, এটি ফাইলের নাম দিতে হবে
প্রথম পড়া সহ।
-t
ইনপুট সিকোয়েন্সিং ডেটার প্রকার। এর মানগুলির মধ্যে রয়েছে 0: RNA-seq ডেটা 1: জিনোমিক
DNA-seq ডেটা।
ঐচ্ছিক যুক্তি:
-o
আউটপুট ফাইলের নাম। ডিফল্টরূপে, আউটপুট BAM বিন্যাসে থাকে।
-n
নির্বাচিত সাব-রিডের সংখ্যা, ডিফল্টরূপে 10।
-m
একটি হিট রিপোর্ট করার জন্য সম্মতি থ্রেশহোল্ড (এর মধ্যে ম্যাপ করে এমন সাব-রিডের ন্যূনতম সংখ্যা
ঐক্যমত)। পেয়ারড-এন্ড হলে, এটি অ্যাঙ্কর রিডের জন্য সম্মতি থ্রেশহোল্ড দেয়।
ডিফল্টরূপে 3
-M
প্রান্তিককরণে অনুমোদিত সর্বোচ্চ সংখ্যক ভুল-মেলে বেস উল্লেখ করুন। 3 দ্বারা
ডিফল্ট. সফ্টক্লিপড বেসে পাওয়া ভুল-মিলগুলি গণনা করা হয় না।
-T
ব্যবহৃত CPU থ্রেডের সংখ্যা, 1 ডিফল্টরূপে।
-I
ইন্ডেলের সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য (বিপিতে) যা সনাক্ত করা যায়। ডিফল্টরূপে 5. কার্যক্রম
200bp পর্যন্ত লম্বা ইনডেল সনাক্ত করতে পারে।
-B
রিপোর্ট করার জন্য সমানভাবে-সর্বোত্তম ম্যাপিং অবস্থানের সর্বাধিক সংখ্যা৷ ডিফল্টরূপে 1. বিঃদ্রঃ
যে -u বিকল্পের উপর অগ্রাধিকার লাগে -B.
-P <3: 6>
ইনপুট ফাইলে ফ্রেড স্কোরের বিন্যাস, phred+3 এর জন্য '33' এবং phred+6 এর জন্য '64'। '3'
গতানুগতিক.
-u শুধুমাত্র অনন্যভাবে ম্যাপ করা রিপোর্ট রিড। মিলিত ঘাঁটির সংখ্যা (RNA-seq-এর জন্য) বা
মিস-মেলা বেস (জিনোমিক DNA-seq-এর জন্য) টাই ভাঙতে ব্যবহৃত হয়।
-b ম্যাপিং আউটপুটে রঙ-স্পেস রিড বেসকে বেস-স্পেস রিড বেসে রূপান্তর করুন। বিঃদ্রঃ
যে পঠিত ম্যাপিং রঙ-স্থানে সঞ্চালিত হয়।
--sv স্ট্রাকচারাল ভ্যারিয়েন্টগুলি সনাক্ত করুন (যেমন. লং ইনডেল, ইনভার্সন, ডুপ্লিকেশন এবং
স্থানান্তর) এবং ব্রেকপয়েন্ট রিপোর্ট করুন। ব্রেকপয়েন্টের জন্য ব্যবহারকারীর নির্দেশিকা পড়ুন
প্রতিবেদন।
--স্যামইনপুট
ইনপুট রিডগুলি SAM ফর্ম্যাটে রয়েছে৷
--BAMinput
ইনপুট রিড BAM বিন্যাসে হয়।
-- স্যামআউটপুট
SAM বিন্যাসে ম্যাপিং ফলাফল সংরক্ষণ করুন।
--ট্রিম5
বন্ধ ছাঁটা প্রতিটি পড়ার 5' শেষে থেকে ঘাঁটির সংখ্যা। ডিফল্টরূপে 0।
--ট্রিম3
বন্ধ ছাঁটা প্রতিটি পড়ার 3' শেষে থেকে ঘাঁটির সংখ্যা। ডিফল্টরূপে 0।
--আরজি-আইডি
আউটপুটে রিড গ্রুপ আইডি যোগ করুন।
--আর জি
যোগ করুন আউটপুটে রিড গ্রুপ (RG) হেডারে।
-- ডিপিজিপ ওপেন সংক্ষিপ্ত ইনডেল সনাক্তকরণে ফাঁক খোলার জন্য শাস্তি। -1 by
ডিফল্ট.
--DPGapExt
সংক্ষিপ্ত ইনডেল সনাক্তকরণে গ্যাপ এক্সটেনশনের জন্য শাস্তি। ডিফল্টরূপে 0।
--ডিপিঅমিল সংক্ষিপ্ত সূচক সনাক্তকরণে অমিলের জন্য শাস্তি। 0 দ্বারা
ডিফল্ট.
--DPMatch
সংক্ষিপ্ত ইনডেল সনাক্তকরণে মিলিত ঘাঁটির জন্য স্কোর। ডিফল্টরূপে 2.
--complexIndels
একটি ছোট জিনোমিক অঞ্চলে একযোগে ঘটতে থাকা একাধিক সংক্ষিপ্ত সূচক সনাক্ত করুন
(এই ইনডেলগুলি 1bp এর মতো কাছাকাছি হতে পারে)।
-v প্রোগ্রামের আউটপুট সংস্করণ।
পেয়ারড-এন্ড রিডের জন্য ঐচ্ছিক আর্গুমেন্ট:
-R
সেকেন্ড রিড সহ ফাইলের নাম।
-p
নন-অ্যাঙ্কর পড়ার জন্য ঐক্যমত্য থ্রেশহোল্ড (অ্যাঙ্করের চেয়ে কম ভোট পাওয়া
একই জোড়া থেকে পড়ুন)। ডিফল্টরূপে 1.
-d
ন্যূনতম খণ্ড/সন্নিবেশ দৈর্ঘ্য, ডিফল্টরূপে 50bp।
-D
সর্বোচ্চ খণ্ড/সন্নিবেশ দৈর্ঘ্য, ডিফল্টরূপে 600bp।
-S
প্রথম এবং দ্বিতীয় পাঠের ওরিয়েন্টেশন, ডিফল্টরূপে 'fr' ( ফরোয়ার্ড/রিভার্স)।
আর্গুমেন্টের বিশদ বিবরণের জন্য ব্যবহারকারীর ম্যানুয়াল পড়ুন।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইন সাব-রিড-সারিবদ্ধ ব্যবহার করুন
