এটি হল tigr-glimmer3 কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
tigr-glimmer — সম্ভাব্যতা মডেল ব্যবহার করে জিনোম-ফাইলে সম্ভাব্য জিন খুঁজুন/স্কোর করুন
icm-ফাইল
সাইনোপিসিস
tigr-glimmer3 [জিনোম-ফাইল] [আইসিএম-ফাইল] [[বিকল্প]]
বর্ণনাঃ
tigr-glimmer মাইক্রোবিয়াল ডিএনএ, বিশেষ করে এর জিনোমে জিন খুঁজে বের করার জন্য একটি সিস্টেম
ব্যাকটেরিয়া এবং আর্কিয়া। tigr-glimmer (জিন লোকেটার এবং ইন্টারপোলেটেড মার্কভ মডেলার) ব্যবহার করে
ইন্টারপোলেটেড মার্কভ মডেল (IMMs) কোডিং অঞ্চল সনাক্ত করতে এবং তাদের থেকে আলাদা করতে
ননকোডিং ডিএনএ। আইএমএম পদ্ধতি, আমাদের নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা পত্রে বর্ণিত বাঘ-
আভাস 1.0 এবং আমাদের পরবর্তী কাগজে tigr-glimmer 2.0, মার্কভের সংমিশ্রণ ব্যবহার করে
1 ম থেকে 8 ম-ক্রম পর্যন্ত মডেল, প্রতিটি মডেলকে তার ভবিষ্যদ্বাণী করার ক্ষমতা অনুযায়ী ওজন করে।
tigr-glimmer 1.0 এবং 2.0 তাদের IMM-এ 3-পর্যায়ক্রমিক ননহোমোজেনাস মার্কভ মডেল ব্যবহার করে।
tigr-glimmer টিআইজিআর-এর প্রাথমিক মাইক্রোবিয়াল জিন ফাইন্ডার, এবং টীকা দেওয়ার জন্য ব্যবহার করা হয়েছে
বি. বার্গডোরফেরির সম্পূর্ণ জিনোম (ফ্রেজার এবং অন্যান্য, প্রকৃতি, ডিসেম্বর 1997), টি. প্যালিডাম
(ফ্রেজার এট আল।, বিজ্ঞান, জুলাই 1998), টি. মারিটিমা, ডি. রেডিওডুরানস, এম. যক্ষ্মা, এবং
সি. ট্র্যাকোমাটিস, সি. নিউমোনিয়া এবং অন্যান্য সহ অ-টিআইজিআর প্রকল্প। এর বিশ্লেষণ
এর মধ্যে কিছু জিনোম এবং অন্যগুলো টিআইজিআর মাইক্রোবিয়াল ডাটাবেস সাইটে পাওয়া যায়।
এর একটি বিশেষ সংস্করণ tigr-glimmer ছোট ইউক্যারিওটসের জন্য ডিজাইন করা, গ্লিমারএম ব্যবহার করা হয়েছিল
ম্যালেরিয়া প্যারাসাইট, পি. ফ্যালসিপেরামের ক্রোমোজোম 2-তে জিনগুলি খুঁজুন.. গ্লিমারএম হল
SL Salzberg, M. Pertea, AL Delcher, MJ Gardner, এবং H. Tettelin-এ বর্ণিত,
"ইউক্যারিওটিক জিন অনুসন্ধানের জন্য ইন্টারপোলেটেড মার্কভ মডেল," জিনোমিক্স 59 (1999), 24-31।
এখানে ক্লিক করুন (http://www.tigr.org/software/glimmerm/) GlimmerM সাইট দেখার জন্য, যা
কিভাবে GlimmerM সিস্টেম ডাউনলোড করতে হয় তার তথ্য অন্তর্ভুক্ত করে।
সার্জারির tigr-glimmer সিস্টেম দুটি প্রধান প্রোগ্রাম নিয়ে গঠিত। এর মধ্যে প্রথমটি হলো প্রশিক্ষণ
প্রোগ্রাম, বিল্ড-আইএমএম। এই প্রোগ্রামটি সিকোয়েন্সের একটি ইনপুট সেট নেয় এবং তৈরি করে এবং আউটপুট দেয়
তাদের জন্য IMM. এই ক্রমগুলি সম্পূর্ণ জিন বা শুধুমাত্র আংশিক orfs হতে পারে। একটি নতুন
জিনোম, এই প্রশিক্ষণ ডেটাতে সেইসব জিন থাকতে পারে যার সাথে শক্তিশালী ডাটাবেস হিট রয়েছে
খুব দীর্ঘ খোলা পড়ার ফ্রেম যা পরিসংখ্যানগতভাবে জিন হতে প্রায় নিশ্চিত। দ্য
দ্বিতীয় প্রোগ্রামটি হল গ্লিমার, যা এই আইএমএম ব্যবহার করে সম্পূর্ণ জিন সনাক্ত করতে
জিনোম tigr-glimmer দ্বারা স্বয়ংক্রিয়ভাবে অধিকাংশ ওভারল্যাপিং জিনের মধ্যে দ্বন্দ্ব সমাধান করে
তাদের মধ্যে একটি নির্বাচন. এটি এমন জিনগুলিকেও শনাক্ত করে যা সত্যিই ওভারল্যাপ বলে সন্দেহ করা হয়, এবং
ব্যবহারকারী দ্বারা ঘনিষ্ঠ পরিদর্শন জন্য এই পতাকাঙ্কিত. এই ``সন্দেহজনক'' জিনের প্রার্থী হয়েছে
এই পর্যন্ত বিশ্লেষণ করা সমস্ত জিনোমের মোটের একটি খুব ছোট শতাংশ। tigr-glimmer
একটি প্রোগ্রাম যা...
বিকল্প
-C n স্বাধীন মডেলের GC শতাংশ হিসাবে n ব্যবহার করুন
দ্রষ্টব্য: n একটি শতাংশ হওয়া উচিত, যেমন, -C 45.2
-f স্টার্ট কোডন বেছে নিতে রাইবোসোম-বাইন্ডিং শক্তি ব্যবহার করুন
+f স্টার্ট কোডন হিসাবে orf-এ প্রথম কোডন ব্যবহার করুন
-g n ন্যূনতম জিনের দৈর্ঘ্য n এ সেট করুন
-i ফাইলের নাম
ব্যবহার ফাইলের নাম থেকে নির্বাচন করা অঞ্চল of ঘাঁটি যে হয় বন্ধ সীমা, so যে না। ঘাঁটি
মধ্যে যে এলাকা ইচ্ছা be পরীক্ষা
-l বৃত্তাকার জিনোমের পরিবর্তে রৈখিক অনুমান করুন, অর্থাৎ, কোন মোড়ক নেই
-L ফাইলের নাম
orfs-এর একটি তালিকা নির্দিষ্ট করতে ফাইলের নাম ব্যবহার করুন যা আলাদাভাবে স্কোর করা উচিত, নেই
ওভারল্যাপ নিয়ম
-M ইনপুট হল পৃথক জিনের একটি মাল্টিফাস্টা ফাইল যা আলাদাভাবে স্কোর করতে হবে, যার নম্বর নেই৷
ওভারল্যাপ নিয়ম
-o n ন্যূনতম ওভারল্যাপ দৈর্ঘ্য n এ সেট করুন। এর চেয়ে ছোট ওভারল্যাপ উপেক্ষা করা হয়।
-p n ন্যূনতম ওভারল্যাপ শতাংশ n% এ সেট করুন। এই শতাংশের চেয়ে ছোট ওভারল্যাপ
*উভয়* স্ট্রিং উপেক্ষা করা হয়।
-q n সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য orf সেট করুন যা স্বাধীন হওয়ার কারণে প্রত্যাখ্যান করা যেতে পারে
সম্ভাব্যতা স্কোর কলামে (n - 1)
-r স্বাধীন সম্ভাব্যতা স্কোর কলাম ব্যবহার করবেন না
+r স্বাধীন সম্ভাব্যতা স্কোর কলাম ব্যবহার করুন
-r স্বাধীন সম্ভাব্যতা স্কোর কলাম ব্যবহার করবেন না
-s s স্টার্ট কোডন খুঁজতে রাইবোসোম বাইন্ডিং প্যাটার্ন হিসাবে স্ট্রিং s ব্যবহার করুন।
+S কঠোর স্বাধীন ইন্টারজেনিক মডেল ব্যবহার করুন যা সম্ভাব্যতা দেয় না
ইন-ফ্রেম স্টপ কোডন। (বিকল্পটি অপ্রচলিত কারণ এটি এখন একমাত্র আচরণ
-t n জিন হিসাবে কল করার জন্য থ্রেশহোল্ড স্কোর সেট করুন n. যদি ইন-ফ্রেম স্কোর >= n হয়, তাহলে
অঞ্চলটিকে একটি সংখ্যা দেওয়া হয় এবং একটি সম্ভাব্য জিন হিসাবে বিবেচনা করা হয়।
-w n অস্থায়ী জিন n বা তার বেশি সময়ে "দুর্বল" স্কোর ব্যবহার করুন। দুর্বল স্কোর উপেক্ষা
স্বাধীন সম্ভাব্যতা স্কোর।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে tigr-glimmer3 ব্যবহার করুন
