এটি হল vcf-কনট্রাস্ট কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
vcf-কনট্রাস্ট - নমুনার মধ্যে পার্থক্য খুঁজে পায়
সাইনোপিসিস
vcf-কনট্রাস্ট + - [বিকল্প] file.vcf.gz
বর্ণনাঃ
সম্পর্কে: INFO ফিল্ডে NOVEL* টীকা যোগ করে নমুনার মধ্যে পার্থক্য খুঁজে পায়।
বিকল্প
+
নমুনার তালিকা যেখানে অনন্য বৈকল্পিক প্রত্যাশিত
-
পটভূমির নমুনার তালিকা
-d, --মিন-ডিপি
সর্বনিম্ন গভীরতা - নমুনা
-f, --প্রয়োগ-ফিল্টার
PASS বা "" থেকে আলাদা ফিল্টার কলাম সহ সাইটগুলি এড়িয়ে যান।
-n, --উপন্যাস-সাইট
শুধুমাত্র নভেল জিনোটাইপ সহ রেকর্ড প্রিন্ট করুন
-h, -?, --help
এই সাহায্য বার্তা.
উদাহরণ:
# পরীক্ষা করুন যদি A, B নমুনাগুলির মধ্যে কোনটি সমস্ত C, D, E vcf-কন্ট্রাস্ট + A, B থেকে আলাদা হয়
-C,D,E -m file.vcf.gz
# উপরের মতই কিন্তু শুধুমাত্র নতুন ভেরিয়েন্ট এবং টেবিল আউটপুট সহ সাইটগুলি মুদ্রণ করা হচ্ছে
vcf-কনট্রাস্ট -n +A, B -C,D,E -m file.vcf.gz | vcf-কোয়েরি -f '% CHROM
%POS\t%INFO/NOVELTY\t%INFO/NOVELAL\t%INFO/NOVELGT[\t%নমুনা %GTR %PL]\n'
# উপরের মতই কিন্তু ন্যূনতম ম্যাপিং মানের 20 vcf- টীকা প্রয়োজন -f
MinMQ=20 file.vcf.gz | vcf-কনট্রাস্ট +A,B,C -D,ই,এফ -f
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে vcf-কনট্রাস্ট ব্যবহার করুন
