এটি BarraCUDA ফাস্ট শর্ট রিড অ্যালাইনার নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ barracuda_0.7.107h.tar.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
ডাউনলোড করুন এবং অনলাইনে চালান BarraCUDA ফাস্ট শর্ট রিড অ্যালাইনার উইথ অনওয়ার্কস নামের এই অ্যাপটি বিনামূল্যে।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রিনশট:
BarraCUDA ফাস্ট শর্ট রিড অ্যালাইনার
বর্ণনাঃ
Barracuda হল সেঞ্জারের BWA-এর উপর ভিত্তি করে একটি উচ্চ-গতির সিকোয়েন্স অ্যালাইনার এবং পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সারদের দ্বারা উত্পন্ন সিকোয়েন্স রিডের সারিবদ্ধকরণকে ত্বরান্বিত করার জন্য সর্বশেষতম Nvidia CUDA আর্কিটেকচার ব্যবহার করে।
বৈশিষ্ট্য
- উবুন্টু 16.04 এ সফ্টওয়্যার কম্পাইল করার সাথে সমস্যার সমাধান করা হয়েছে
- টুইক: SAMPE 8-কোর সীমা এখন প্রত্যাহার করা হয়েছে
- NVIDIA CUDA ত্বরণ ব্যবহার করে FM-সূচক সিকোয়েন্সিং রিড ম্যাপার সফ্টওয়্যার
- ডাউনস্ট্রিম বিশ্লেষণের জন্য SAM ফর্ম্যাটে আউটপুট
- কম্পিউট ক্ষমতা 3.5 বা তার উপরে এবং কমপক্ষে 1GB VRAM সহ NVIDIA গ্রাফিক্স কার্ড প্রয়োজন
- NVIDIA CUDA SDK টুলকিট 6.x বা তার উপরে এবং NVIDIA ড্রাইভার 340 বা তার উপরে প্রয়োজন
- BarraCUDA BMC গবেষণা নোট 2012, 5:27, doi:10.1186/1756-0500-5-27-এ প্রকাশিত হয়েছে
- কাগজ URL: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- এই প্রকল্পটি কেমব্রিজ বিশ্ববিদ্যালয়ের CUDA সেন্টার অফ এক্সিলেন্স দ্বারা সমর্থিত
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কমান্ড লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
সি++, সি
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।