āĻāĻāĻŋ CPAT āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¯āĻžāĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻļā§āĻˇ āĻ°āĻŋāĻ˛āĻŋāĻāĻāĻŋ prebuilt_models.zip āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§ OnWorks-āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
CPAT āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ OnWorks āĻ¸āĻš āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻžāĻŦāĻ˛ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨:
- 1. āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
- 2. āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻŦā§āĻļ āĻāĻ°ā§āĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻžāĻ°āĻ¨ā§āĻŽ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤
- 3. āĻāĻ āĻ§āĻ°āĻ¨ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 4. āĻāĻ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻŦāĻ¸āĻžāĻāĻ āĻĨā§āĻā§ OnWorks Linux āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻž Windows āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MACOS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 5. OnWorks Linux OS āĻĨā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻā§āĻ¨, āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¯āĻžāĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸āĻšāĨ¤
- 6. āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
CPAT
Ad
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
RNA-seq āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§, āĻšāĻžāĻāĻžāĻ° āĻšāĻžāĻāĻžāĻ° āĻ
āĻāĻŋāĻ¨āĻŦ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻ¸ā§āĻĢāĻ°ā§āĻŽ āĻļāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ (Djebali, et al Nature, 2012 , Carbili et al, Gene & Development, 2011) āĻāĻ āĻ˛ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻā§āĻ° āĻāĻŦāĻŋāĻˇā§āĻāĻžāĻ° āĻā§āĻĄāĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ āĻ¨āĻ¨āĻā§āĻĄāĻŋāĻ RNA āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻ¤āĻžāĻā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§ . āĻ¯āĻžāĻāĻšā§āĻ, āĻŦā§āĻļāĻŋāĻ°āĻāĻžāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻā§āĻĄāĻŋāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻāĻŦāĻŋāĻˇā§āĻ¯āĻĻā§āĻŦāĻžāĻŖā§ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻŦāĻ˛āĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§, āĻšāĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻŽāĻžāĻŖ āĻ
āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻŦāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° (āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ CPC, PhyloCSF āĻāĻŦāĻ RNACode) āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖāĨ¤ āĻāĻ° āĻāĻžāĻ°āĻŖ āĻšāĻ˛ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻā§āĻĄāĻŋāĻ RNA āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻˇāĻŋāĻĒā§āĻ¤, āĻšāĻžāĻāĻ¸āĻāĻŋāĻĒāĻŋāĻ/āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻ āĻāĻ°āĻāĻ¨āĻ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ snRNA, snoRNA āĻāĻŦāĻ tRNA āĻ¸āĻš āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦā§ āĻāĻŋāĻšā§āĻ¨āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ
āĻ¤ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŋāĻ¤āĨ¤ āĻ¯āĻĻāĻŋāĻ āĻāĻāĻ¨āĻ āĻā§āĻŦ āĻĻāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§, āĻāĻ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻŦā§āĻļ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻž āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§:
āĻŦā§āĻļāĻŋāĻ°āĻāĻžāĻ lncRNA āĻāĻŽ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŋāĻ¤ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻāĻļāĻāĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻšāĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻŦāĻŖāĻ¤āĻž āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¯āĻž āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻŦā§āĻˇāĻŽā§āĻ¯ āĻā§āĻˇāĻŽāĻ¤āĻžāĻā§ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸ā§āĻŽāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻĻāĻžāĻšāĻ°āĻŖāĻ¸ā§āĻŦāĻ°ā§āĻĒ, āĻā§āĻŦā§āĻ°āĻžāĻĢāĻŋāĻļ āĻĨā§āĻā§ 550āĻāĻŋ lncRNA āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§, āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° 29āĻāĻŋāĻ° āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻŋāĻ˛
āĻĒāĻžāĻ āĻāĻŦāĻ°ā§āĻ
āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻžāĻ¨/āĻāĻŦā§āĻˇāĻŖāĻž
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°āĻĢā§āĻ¸
āĻāĻ¯āĻŧā§āĻŦ-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ, āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ-āĻ˛āĻžāĻāĻ¨
āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻāĻžāĻˇāĻž
āĻĒāĻžāĻāĻĨāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ
āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯āĻž https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/ āĻĨā§āĻā§āĻ āĻāĻ¨āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸āĻŦāĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ¸āĻšāĻ āĻāĻĒāĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻŋ OnWorks-āĻ āĻšā§āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤