এটি লিনাক্স অনলাইনে চালানোর জন্য MethylExtract নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ রিলিজটি MethylExtract.tgz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
অনলাইনে OnWorks-এর সাথে Linux-এ চালানোর জন্য MethylExtract নামের এই অ্যাপটি ডাউনলোড করুন এবং চালান।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
লিনাক্সে অনলাইনে চালানোর জন্য MethylExtract
Ad
বর্ণনাঃ
মিথাইলএক্সট্র্যাক্ট হল একটি ব্যবহারকারী বান্ধব টুল তৈরি করার জন্য i) উচ্চ মানের, পুরো জিনোম মেথিলেশন মানচিত্র এবং ii) একই নমুনা প্রস্তুতির মধ্যে ক্রম বৈচিত্র্য সনাক্ত করতে। প্রোগ্রামটি একটি একক স্ক্রিপ্টে প্রয়োগ করা হয় এবং সমস্ত প্রধান ত্রুটির উত্সগুলিকে বিবেচনায় নেয়: সিকোয়েন্সিং ত্রুটি, বিসালফাইট ব্যর্থতা, ক্লোনাল রিডস এবং একক নিউক্লিওটাইড বৈকল্পিক। মিথাইলএক্সট্র্যাক্ট VarScan-এর তুলনায় একইভাবে ভিন্নতা (SNVs – একক নিউক্লিওটাইড বৈচিত্র) সনাক্ত করে, এটি একটি অত্যন্ত সংবেদনশীল পদ্ধতি যা SNP এবং জিনোটাইপ কলিং-এ ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয় নন-বাইসালফাইট চিকিত্সা করা রিডের উপর ভিত্তি করে।বৈশিষ্ট্য
- NGS BS-Seq পরীক্ষা থেকে মেথিলেশন এবং SNV কলিং
- সম্ভাব্য PCR ডুপ্লিকেট সনাক্ত করে এবং অপসারণ করে
- পুটেটিভ বিসালফাইট ব্যর্থতা সনাক্তকরণ
- সিকোয়েন্সিং ত্রুটি নিয়ন্ত্রণ
- পরিসংখ্যানগত বিসালফাইট ব্যর্থতার মূল্যায়ন
- Bisulfite SAM / BAM ফাইল প্রক্রিয়াকরণ
- মাল্টিথ্রেডিং এবং মেমরি নিয়ন্ত্রণ
প্রোগ্রামিং ভাষা
পার্ল
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/methylextract/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
