āĻāĻāĻŋ MIPGen āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¯āĻžāĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻļā§āĻˇ āĻ°āĻŋāĻ˛āĻŋāĻāĻāĻŋ mipgen_v15.tar.gz āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§ OnWorks-āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
MIPGen āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§ OnWorks āĻ¸āĻš āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻžāĻŦāĻ˛ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨:
- 1. āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
- 2. āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻŦā§āĻļ āĻāĻ°ā§āĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻžāĻ°āĻ¨ā§āĻŽ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤
- 3. āĻāĻ āĻ§āĻ°āĻ¨ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 4. āĻāĻ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻŦāĻ¸āĻžāĻāĻ āĻĨā§āĻā§ OnWorks Linux āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻž Windows āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MACOS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 5. OnWorks Linux OS āĻĨā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻā§āĻ¨, āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¯āĻžāĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸āĻšāĨ¤
- 6. āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¨āĻļāĻāĻā§āĻ˛āĻŋ
Ad
āĻāĻŽāĻāĻāĻĒāĻŋāĻā§āĻ¨
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻāĻŖāĻŦāĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻĨāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻā§āĻ¨āĻžāĻ°ā§āĻāĻ°
MIPGEN āĻšāĻ˛ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻžāĻāĻĨāĻ¨ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻ¯āĻž āĻāĻŖāĻŦāĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻĨāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻā§āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻŦā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻ
āĻŖā§āĻ° āĻāĻĒāĻ°, āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻŦāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ āĻā§āĻŦ āĻ¯ā§āĻ (āĻāĻˇāĻ§) āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ DX āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ (*.dx) āĻ¸āĻš āĻā§āĻ°āĻŋāĻĄā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻ°āĻŋāĻ āĻšāĻŦā§ āĻ¯āĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ āĻšāĻŦā§
VMD, PyMol, Chimera āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¨ āĻāĻŖāĻŦāĻŋāĻ āĻāĻŋāĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛āĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻ˛ā§āĻĒāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§...
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ°āĻ¤āĻž āĻāĻŦāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻā§ āĻāĻ°āĻ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, āĻ
āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻš āĻāĻ°ā§ āĻĄāĻā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨āĨ¤
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ°āĻž āĻŦāĻžāĻ āĻāĻŦāĻ āĻ
āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻ§ āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¨ā§ āĻŦāĻžāĻ āĻŦāĻž āĻ
āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻ§ āĻĒā§āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¤ āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻāĨ¤ (sourceforge āĻ
ā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ āĻšāĻŦā§)āĨ¤
āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯
- āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ MIP āĻā§āĻ¨āĻžāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ PDB āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
- āĻāĻĒā§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻ°ā§āĻ¸ āĻā§āĻĄāĨ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦ āĻŦāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§ āĻŦāĻž āĻā§āĻĄ āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻ āĻŦāĻĻāĻžāĻ¨ āĻ°āĻžāĻāĻ¤ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¤ āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻāĨ¤
- āĻĒā§āĻĒāĻāĻžāĻāĻĄ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°ā§āĻŽāĻ˛āĻŋāĻā§āĻ˛āĻžāĻ° āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻā§āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻāĻŖāĻŦāĻŋāĻ āĻŽāĻŋāĻĨāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯āĻ¤āĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻ¸āĻŽā§āĻāĻŦāĻ¤ āĻāĻāĻ¨āĻ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ§ā§āĻ°)
- āĻā§āĻ āĻ āĻŖā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° MIP āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
- āĻāĻžāĻ¸ā§āĻāĻŽāĻžāĻāĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦ. āĻāĻ¤āĻŋāĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§āĻ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§: āĻšāĻžāĻāĻĄā§āĻ°ā§āĻĢā§āĻŦāĻŋāĻ, āĻāĻāĻ-āĻŦāĻ¨ā§āĻĄ āĻĻāĻžāĻ¤āĻž, āĻāĻāĻ-āĻŦāĻ¨ā§āĻĄ āĻā§āĻ°āĻšāĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻāĻ˛ā§āĻā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻŋāĻā§āĻ¸ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦāĨ¤
- AmbertTools āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻĨā§āĻā§ āĻāĻĒā§āĻ¨āĻ¸ā§āĻ°ā§āĻ¸ Antechamber āĻāĻŦāĻ tLeap-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°āĻĢā§āĻ¸ āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻ āĻ āĻŖā§ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻĒāĻ°āĻŽāĻžāĻŖā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ (http://ambermd.org)
āĻĒāĻžāĻ āĻāĻŦāĻ°ā§āĻ
āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻžāĻ¨/āĻāĻŦā§āĻˇāĻŖāĻž, āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤ āĻļā§āĻˇ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§, āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻļāĻāĻžāĻ°ā§, āĻļā§āĻˇ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§/āĻĄā§āĻ¸ā§āĻāĻāĻĒ
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°āĻĢā§āĻ¸
āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻ˛/āĻāĻžāĻ°ā§āĻŽāĻŋāĻ¨āĻžāĻ˛
āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻāĻžāĻˇāĻž
āĻĒāĻžāĻāĻĨāĻ¨
āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļ
SQLite
āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ
āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯āĻž https://sourceforge.net/projects/mipgen/ āĻĨā§āĻā§āĻ āĻāĻ¨āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸āĻŦāĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ¸āĻšāĻ āĻāĻĒāĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻŋ OnWorks-āĻ āĻšā§āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤