এটি লিনাক্স অনলাইনে চালানোর জন্য SOAP3-DP নামে একটি লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশটি soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
ডাউনলোড করুন এবং অনলাইনে চালান SOAP3-DP নামের এই অ্যাপটি বিনামূল্যে OnWorks-এর সাথে Linux-এ চালানোর জন্য।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
অনলাইনে লিনাক্সে চালানোর জন্য SOAP3-DP
বর্ণনাঃ
গিটহাবের সর্বশেষ কোড:https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, অপ্টিমাইজড অ্যালগরিদম সহ CPU এবং GPU উভয়ের কম্পিউটেশনাল শক্তির ব্যবহার করে, একই সাথে উচ্চ গতি এবং সংবেদনশীলতা প্রদান করে। BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM এবং GPU-ভিত্তিক অ্যালাইনার BarraCUDA এবং CUSHAW সহ ব্যাপকভাবে গৃহীত অ্যালাইনারগুলির সাথে তুলনা করে, SOAP3-dp সর্বোচ্চ সংবেদনশীলতা এবং সর্বনিম্ন মিথ্যা আবিষ্কারের হার (FDR) বজায় রেখে দুই থেকে দশগুণ দ্রুত হতে দেখা গেছে। ) ইলুমিনার উপর বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের সাথে পড়ে। SOAP3-dp নেটিভভাবে BAM ফাইল ফরম্যাটকে সমর্থন করে এবং BWA-এর মতো একই স্কোরিং স্কিম প্রদান করে, যা এটিকে বিদ্যমান বিশ্লেষণ পাইপলাইনে একত্রিত করতে সক্ষম করে।
উদ্ধৃতি: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: দ্রুত, সঠিক এবং সংবেদনশীল GPU-ভিত্তিক শর্ট রিড অ্যালাইনার। প্লস ওয়ান 8(5): e65632। doi:10.1371/journal.pone.0065632
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কনসোল/টার্মিনাল
প্রোগ্রামিং ভাষা
সি++, সি
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
