ABYSS – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

ABYSS – kurze Lesevorgänge zu Contigs zusammenfügen

ZUSAMMENFASSUNG

ABYSS [zur Auswahl] ... FILE...

BESCHREIBUNG

Stellen Sie alle Eingabedateien, FILE, zusammen, die in FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM oder vorliegen können
BAM-Format und kann mit gz, bz2 oder xz komprimiert und tariert werden.

Benutzern, die eine vollständige Assembly mit ABySS ausführen möchten, wird die Verwendung von abyss-pe empfohlen
Einstiegspunkt und nicht das ABYSS-Programm. abyss-pe ist ein Makefile, das viele koordiniert
der ABySS-Tools (einschließlich ABYSS), um die vollständige ABySS-Assembly-Pipeline auszuführen.
abyss-pe ist in der Lage, viele Dinge zu tun, die ABYSS nicht kann, wie zum Beispiel die Nutzung des
Abstandsinformationen, die durch gepaarte End-Lesevorgänge und Partnerpaar-Lesevorgänge bereitgestellt werden.

--Keuschheit
unkeusche Lesevorgänge verwerfen [Standard]

--keine Keuschheit
Verwerfen Sie unkeusche Lektüre nicht

--trim-masked
maskierte Basen von den Enden der Lesevorgänge abschneiden [Standard]

--no-trim-masked
Schneiden Sie maskierte Basen nicht an den Enden von Lesevorgängen ab

-q, --trimmqualität=SCHWELLE
Trimmbasen von den Enden von Lesevorgängen, deren Qualität unter dem Schwellenwert liegt

-Q, --mask-quality=SCHWELLE
Maskiert alle Basen in Lesevorgängen, deren Qualität unter dem Schwellenwert liegt

--Standardqualität
Nullqualität ist „!“ (33)
Standard für FASTQ- und SAM-Dateien

--illumina-Qualität
Nullqualität ist „@“ (64)
Standard für qseq- und Exportdateien

-o, --aus=FILE
Schreiben Sie die Contigs in die DATEI

-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer Größe

-t, --trim-length=TRIM_LENGTH
maximale Länge der zu trimmenden baumelnden Kanten

-c, --Abdeckung=ABDECKUNG
Entfernen Sie Contigs mit einer mittleren k-mer-Abdeckung, die unter diesem Schwellenwert liegt

-b, --Blasen=N
Pop-Blasen kürzer als N bp (Standard: 3*k).

-b0, --keine Blasen
Lassen Sie keine Blasen platzen

-e, --erodieren=ABDECKUNG
Erodieren Sie Basen an den Enden stumpfer Contigs mit einer Abdeckung, die unter diesem Schwellenwert liegt

-E, --erode-strand=ABDECKUNG
erodieren Basen an den Enden stumpfer Contigs mit einer Abdeckung, die unter diesem Schwellenwert liegt
jeder Strang

--coverage-hist=FILE
Zeichnen Sie das k-mer-Abdeckungshistogramm in der Datei auf

-g, --Graph=FILE
Erzeugen Sie ein Diagramm im Punktformat

-s, --snp=FILE
Zeichnen Sie geplatzte Blasen in der DATEI auf

-v, - ausführlich
ausführliche Ausgabe anzeigen

--help Diese Hilfe anzeigen und beenden

--Version
Ausgabe der Versionsinformation und beenden

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