Dies ist der Befehl „alignProjector“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
addUnalignedIntervals - Teil des mauveAligner-Pakets
AlignmentProjector - Teil des mauveAligner-Pakets
backbone_global_to_local - Teil des mauveAligner-Pakets
bbAnalyze - Teil des mauveAligner-Pakets
createBackboneMFA - Teil des mauveAligner-Pakets
getAlignmentWindows - Teil des mauveAligner-Pakets
getOrthologList - Teil des mauveAligner-Pakets
makeBadgerMatrix - Teil des mauveAligner-Pakets
mauveToXMFA - Teil des mauveAligner-Pakets
mfa2xmfa - Teil des mauveAligner-Pakets
projectAndStrip - Teil des mauveAligner-Pakets
randomGeneSample - Teil des mauveAligner-Pakets
scoreAlignment - Teil des mauveAligner-Pakets
stripGapColumns - Teil des mauveAligner-Pakets
stripSubsetLCBs - Teil des mauveAligner-Pakets
toGrimmFormat - Teil des mauveAligner-Pakets
toMultiFastA - Teil des mauveAligner-Pakets
toRawSequence - Teil des mauveAligner-Pakets
uniqueMerCount - Teil des mauveAligner-Pakets
uniquifyTrees - Teil des mauveAligner-Pakets
xmfa2maf - Teil des mauveAligner-Pakets
BESCHREIBUNG
Diese Tools gehören zum Paket mauveAligner. Sie sind nicht explizit dokumentiert, aber
drucken eine Übersichtszeile, die hier wiederholt wird.
addUnalignedIntervals Intervall Datei> <Ausgabe Intervall Datei>
AusrichtungProjektor xmfa> <Ausgabe xmfa> <mfa ff Eingabe> <mfa ff Ausgang> <Liste of
seq zu enthalten, beginnend at 0>
backbone_global_to_local <xmfa Datei> <Rückgrat Datei> <Ausgabe Datei>
bbAnalysieren <xmfa Datei> <Führer Baum> <Rückgrat seqpos Datei> <Rückgrat col Datei> <kommentiert
ff index> <Ausgabe Datei>
Der annotierte Seq-Index beginnt bei 0.
BackboneMFA erstellen Intervall Datei> <Ausgabe MFA Name>
getAlignmentWindows <XMFA Ausrichtung> <Fenster Länge> <Fenster verschieben Betrag> <Basis Möglichkeiten für das Ausgangssignal:
Dateiname>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <Rückgrat ff Datei> <Referenz Genom> <CDS
Orthologe Dateiname> <CDS Ausrichtung Base Name>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <Ausgabe Dachs Datei> <LCB Koordinate Datei>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Ausrichtung Eingabe> <XMFA Ausgang>
mfa2xmfa <MFA Ausrichtung Eingabe> <XMFA Ausrichtung Ausgang> [Nicht ausgerichtet FastA Ausgang]
projectAndStrip xmfa> <Ausgabe xmfa> ...
Numerische Sequenzkennungen beginnen bei 0.
randomGeneProbe xmfa> <Rückgrat ff Datei> <Probe Genom> <Nummer of Gene>
<Ausgabe Base Name> [willkürlich Samen]
ScoreAusrichtung <richtig Ausrichtung> <berechnet Ausrichtung> [entwickelt Reihenfolge Datei] [Slagan]
stripGapColumns XMFA> <Ausgabe XMFA>
stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <Ausgabe xmfa> [Mindest LCB Größe] [Mindest Genome]
[nach dem Zufallsprinzip Unterstichprobe zu X KB]
zuGrimmFormat <Mauve Ausrichtung> <Genom 1 chr Längen>... N chr Längen>
zuMultiFastA Intervall Datei> <Ausgabe Base Name>
toRawSequence Sequenz> <Ausgabe Datei>
UniqueMerCount <Sortiert Und mehr Liste>
uniquifyBäume <nexus Varianten des Eingangssignals: Datei> <nexus Möglichkeiten für das Ausgangssignal: Datei>
Alle Bäume in der Eingabedatei müssen dieselbe Anzahl von Taxa und dasselbe Taxon haben
Etiketten
xmfa2maf <xmfa Eingabe> <maf Ausgang>
Nutzen Sie AlignmentProjector online über die Dienste von onworks.net
