Dies ist der Befehl altree-add-Sp, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
altree-add-S - Titel...
ZUSAMMENFASSUNG
altree-add-S [Optionen]
Option:
--version Programmversion
--short-help|h kurze Hilfemeldung
--help Hilfemeldung mit Optionsbeschreibungen
--man vollständige Dokumentation
--first-input-file|i Eingabedatei 1
--second-input-file|j Eingabedatei 2 Daten zum Merkmal (qualitativ oder quantitativ)
--output-file|o Ausgabedatei
--epsilon|e Epsilon-Wert
--data-type|t Datentyp: SNP oder DNA
--proportion|p Anteil der Fälle in der Stichprobe (nur für qualitative Daten)
--data-qual|q Datentyp: qualitativ oder quantitativ
[--outgroup|g] Name der Outgroup
--low|l Wenn ein Haplotyp mindestens -l-mal vorhanden ist, wird der Status von S auf „?“ gesetzt.
OPTIONAL
--Version
Drucken Sie die Programmversion und beenden Sie das Programm.
--short-help
Drucken Sie eine kurze Hilfenachricht und beenden Sie das Programm.
--help Drucken Sie eine Hilfemeldung mit Optionsbeschreibungen und Exits.
--Mann Druckt die Handbuchseite und wird beendet.
--first-input-file|i
Eingabedatei 1 (Paup- oder Phylip-Datei)
--second-input-file|j
Eingabedatei 2 enthält die Häufigkeit, mit der ein bestimmter Haplotyp pro Fall übertragen wird
und Kontrollpersonen (qualitative Daten) oder die quantitativen Werte
entsprechend einem bestimmten Haplotyp (quantitative Daten)
--output-file|o
Ausgabedatei
--epsilon|e
espilon-Parameter (siehe Formel in der Dokumentation)
--data-type|t
Datentyp: DNA (ATGCU) oder SNP (0-1)
--proportion|p
Anteil der Fallpersonen in der Stichprobe
--outgroup|g
Name der Außengruppe (falls nicht in der Datei mit der Anzahl der Fälle enthalten) und
Kontrollen pro Haplotyp)
--data-qual|q
Geben Sie an, ob die Daten qualitativ oder quantitativ sind
--low|l Wenn ein Haplotyp weniger als -XNUMX Mal oder weniger vorhanden ist, wird der Status S festgelegt
Zu "?"
BESCHREIBUNG
Dieses Programm Fügt jedem Haplotyp in der Eingabe ein neues Zeichen (genannt „Zeichen S“) hinzu
Datei entsprechend der Anzahl der Fälle und Kontrollen, die sie enthalten.
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