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PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

altree – Assoziations- und Lokalisierungstests unter Verwendung phylogenetischer Bäume

ZUSAMMENFASSUNG

altree [Optionen]

Option:
--version Programmversion
--short-help|h kurze Hilfemeldung
--help Hilfemeldung mit Optionsbeschreibungen
--man vollständige Dokumentation
--association|a führt den Assoziationstest durch
--s-localisation|l führt die Lokalisierung mithilfe des S-Zeichens durch
--first-input-file|i Ergebnisdatei aus Phylogenie-Rekonstruktionsprogrammen
--second-input-file|j Datei, die die Anzahl der Fälle/Kontrollen enthält, die einen Haplotyp tragen
--output-file|o Ausgabedatei
--data-type|t DNA|SNP
--data-qual|q qualitativ|quantitativ
--outgroup Outgroup_name
--remove-outgroup
--tree-building-program|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--keine-Verlängerung
--chi2-threshold|n Wert
--permutations|r Zahl
--number-of-trees-to-analyse Nummer
--tree-to-analyse Nummer
--s-site-number Nummer
--s-site-characters angestammter Zustand -> abgeleiteter Zustand
--co-evo|e simple|double
--print-baum
--anc-seq Ahnensequenz (nur mit Phylip)
--nb-files Anzahl der zu analysierenden Eingabedateien (nur für Assoziationstest)

OPTIONAL

--Version
Drucken Sie die Programmversion und beenden Sie das Programm.

--short-help
Drucken Sie eine kurze Hilfenachricht und beenden Sie das Programm.

--help Drucken Sie eine Hilfemeldung mit Optionsbeschreibungen und Exits.

--Mann Druckt die Handbuchseite und wird beendet.

--association|a
Führen Sie den Assoziationstest durch

--s-localisation|l
Lokalisieren Sie den Suszeptibilitätsort mithilfe der „S-Charakter-Methode“

--first-input-file|i result_file
Eingabedatei 1 (Paup-, Phylip- oder Paml-Ergebnisdatei). Wenn mehrere Eingabedateien vorhanden sind
analysiert werden, müssen ihre Namen durch Doppelpunkte getrennt werden. Beispiel: Eingabe1:Eingabe2 usw

--second-input-file|j korrespondierende_Datei
Eingabedatei 2, Standard korrespondieren.txt. Die Nummer der Eingabedatei 2 muss gleich sein
B. die Nummer der Eingabedatei 1. Der Name der anderen Eingabedatei muss 2 sein
durch Doppelpunkte getrennt

--output-file|o Outfile
Ausgabedatei

--data-type|t „DNA“|„SNP“
Datentyp: DNA (ATGCU) oder SNP (0-1)

--data-qual|q „qualitativ“ | „quantitativ“
Analysieren Sie qualitative (Fall/Kontrolle) oder quantitative Daten

--outgroup Outgroup
Rooten Sie den Baum mit dieser Außengruppe

--remove-outgroup
Entfernen Sie die Außengruppe des Baums, bevor Sie die Tests durchführen

--tree-building-program|p „phylip“|“paup“|“paml“
Programm zur Rekonstruktion der Phylogenie

--splitmode|s „nosplit“|“chi2split“
wie Tests von einer Ebene zur anderen durchgeführt werden

--keine-Verlängerung
Keine Verlängerung der Äste im Baum

--chi2-threshold|n Wert
Signifikanzschwelle für chi2 (Standardwert 0.01)

--permutations|r Anzahl
Anzahl der Permutationen, die zur Berechnung exakter p_values ​​verwendet werden (nur für Assoziationen).
Prüfung)

--Anzahl der zu analysierenden Bäume Anzahl
Anzahl der Bäume, die in der Lokalisierungsanalyse analysiert werden sollen (nur für die Lokalisierung).
Methode mit S-Zeichen)

--tree-to-analyse Anzahl
Mit dieser Option können Sie den zu verwendenden Baum (anstelle eines Zufallsbaums) angeben. Kann verwendet werden
mehrmals, um mehrere Bäume anzugeben.

--s-Site-Nummer Anzahl
Nummer der S-Zeichenstelle in der Sequenz (nur bei Lokalisierungsmethode mit
S-Zeichen)

--s-site-characters Übergang
Zeichenzustände für das S-Zeichen: angestammter Zustand -> abgeleiteter Zustand, z. B.: G->C oder
0->1 (nur für Lokalisierungsmethode mit S-Zeichen)

--co-evo|e „einfach“|„doppelt“
Art des Koevolutionsindex
einfach: Es wird nur der anc -> der-Übergang von S verwendet
double: Die beiden möglichen Übergänge werden verwendet

--print-baum
Wenn diese Option ausgewählt ist, wird der Baum in der Ausgabe gedruckt

--anc-seq anc_seq
Mit dieser Option können Sie die Ahnenreihenfolge festlegen. Diese Option ist nur
Nützlich, wenn der Baum mithilfe des Mix-Programms von Phylip mit rekonstruiert wird
Abstammungsstaaten, die in der Datei „Vorfahren“ angegeben sind

--nb-Dateien Anzahl
Mit dieser Option geben Sie die Anzahl der Eingabedateien (1 und 2) an, die analysiert werden sollen
Option funktioniert nur für den Assoziationstest. Seien Sie vorsichtig, wenn die Anzahl der Bäume zu groß ist
nicht dasselbe für die verschiedenen Eingabedateien: wenn der ausgewählte Baum nicht existiert
eine Datei, wird das Programm nicht richtig funktionieren

BESCHREIBUNG

Dieser Programm führt

(a) ein Assoziationstest zwischen einem Kandidatengen und einer Krankheit oder einem quantitativen Merkmal

(b) ein Lokalisierungstest: Er ermöglicht die Feststellung, welcher SNP am Determinismus von beteiligt ist
die Krankheit oder das quantitative Merkmal

Diese beiden Tests basieren auf der Analyse phylogenetischer Haplotypbäume.

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