Dies ist der Befehl andi, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
andi – schätzt die evolutionäre Distanz
ZUSAMMENFASSUNG
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODELL] [-t INT] DATEIEN...
BESCHREIBUNG
andi schätzt den evolutionären Abstand zwischen eng verwandten Genomen. Dafür andi
liest die Eingabesequenzen aus SCHNELL Dateien und berechnet den paarweisen Ankerabstand. Der
Die Idee dahinter wird in einem Artikel von Haubold et al. erläutert. (siehe unten).
AUSGABE
Die Ausgabe ist eine symmetrische Distanzmatrix in PHILIP Format, wobei jeder Eintrag repräsentiert
Divergenz mit einer positiven reellen Zahl. Ein Abstand von Null bedeutet, dass zwei Folgen vorhanden sind
identisch, während andere Werte Schätzungen für die Nukleotidsubstitutionsrate sind (Jukes-
Cantor korrigiert). Aus technischen Gründen kann der Vergleich fehlschlagen und eine Schätzung ist nicht möglich
berechnet. In solchen Fällen nan gedruckt wird. Dies bedeutet entweder, dass die Eingabesequenzen waren
zu kurz (<200 bp) oder zu vielfältig (K>0.5), als dass unsere Methode richtig funktionieren könnte.
OPTIONAL
-B, --bootstrap
Berechnen Sie mehrere Distanzmatrizen mit n-1 Bootstrapping von Anfang an. Siehe die
Eine ausführliche Erläuterung finden Sie im Artikel Klötzl & Haubold (2016, im Rückblick).
-j, --beitreten
Verwenden Sie diesen Modus, wenn jeder von Ihnen SCHNELL Dateien stellen eine Baugruppe mit mehreren dar
contig. andi behandelt dann alle enthaltenen Sequenzen pro Datei als eine einzige
Genom. In diesem Modus muss mindestens ein Dateiname über die Befehlszeile angegeben werden
Argumente. Für die Ausgabe wird der Dateiname zur Identifizierung jeder Sequenz verwendet.
-l, --wenig Speicher
Im Multithread-Modus andi erfordert Speicher linear zur Anzahl der Threads. Der
Der Low-Memory-Modus ändert dies in einen konstanten Bedarf, unabhängig von der verwendeten Nummer
von Fäden. Leider ist dies mit erheblichen Laufzeitkosten verbunden.
-m, --Modell
Es werden verschiedene Modelle der Nukleotidevolution unterstützt. Standardmäßig der Jukes-Cantor
Korrektur verwendet wird.
-p
Bedeutung eines Ankerpaares; Standard: 0.05.
-t
Die Anzahl der zu verwendenden Threads; Standardmäßig werden alle verfügbaren Prozessoren verwendet.
Multithreading ist nur verfügbar, wenn andi wurde mit OpenMP-Unterstützung kompiliert.
-v, - ausführlich
Druckt zusätzliche Informationen. Für mehr Ausführlichkeit mehrmals auftragen.
-h, --help
Druckt die Zusammenfassung und eine Erläuterung der verfügbaren Optionen.
--Version
Gibt Versionsinformationen und Bestätigungen aus.
URHEBERRECHT
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Lizenz GPLv3+: GNU GPL Version 3 oder höher.
Dies ist freie Software: Es steht Ihnen frei, sie zu ändern und weiterzugeben. Es gibt KEINE GARANTIE,
soweit gesetzlich zulässig. Der vollständige Lizenztext ist verfügbar unter
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
Danksagung
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. und Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Schnell und präzise
Schätzung evolutionärer Abstände zwischen eng verwandten Genomen
2) Algorithmen: Ohlebusch, E. (2013). Bioinformatische Algorithmen. Sequenzanalyse, Genom
Umlagerungen und phylogenetische Rekonstruktion. S. 118f.
3) SA-Konstruktion: Mori, Y. (2005). Kurze Beschreibung des verbesserten zweistufigen Suffixes
Sortieralgorithmus. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
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