Dies ist der Befehl bp_bioflat_indexp, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_bioflat_index.pl - Indexsequenzdateien mit Bio::DB::Flat
BESCHREIBUNG
Erstellen oder aktualisieren Sie eine Datenbank mit biologischen Sequenzen, die mit dem . indiziert ist
Bio::DB::Flaches Indexierungsschema. Die Argumente sind eine Liste von Flatfiles
die die zu indizierende Sequenzinformation enthält.
ANWENDUNG
bp_bioflat_index.pl Datei1 Datei2 Datei3...
Option:
--create Erstellt oder reinitialisiert den Index. Wenn nicht angegeben,
der Index muss bereits vorhanden sein.
--Format Das Format der Sequenzdateien. Muss einer sein
von "genbank", "swissprot", "embl" oder "fasta".
--Lage Pfad zum Verzeichnis, in dem die Indexdateien
sind gelagert.
--dbname Der symbolische Name der zu erstellenden Datenbank.
--indextype Typ des zu erstellenden Index. Entweder "bdb" oder "flat".
"binarysearch" ist dasselbe wie "flat".
Optionen können abgekürzt werden. Verwenden Sie beispielsweise -i für --indextype.
Die folgenden Umgebungsvariablen werden als Standardwerte verwendet, wenn die entsprechenden Optionen
sind nicht vorgesehen:
OBDA_FORMAT-Format der Sequenzdatei
OBDA_LOCATION Pfad zum Verzeichnis, in dem Indexdateien gespeichert sind
OBDA_DBNAME Name der Datenbank
OBDA_INDEX-Typ des zu erstellenden Index
Verwenden Sie bp_bioflat_indexp online mit den onworks.net-Diensten
