Dies ist der Befehl bp_hmmer_to_tablep, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_hmmer_to_table – HMMER-Ausgabe in Tabellenformat umwandeln
ZUSAMMENFASSUNG
bp_hmmer_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] inputfile1 inputfile2 ...
BESCHREIBUNG
Befehlszeilenoptionen:
-e/--evalue evalue – Filtern nach evalue
-b/--bitscore bitscore – nach Bitscore filtern
--header – boolesches Flag zum Drucken der Spaltenüberschrift
-o/--out – optionale Ausgabedatei zum Schreiben von Daten,
andernfalls wird nach STDOUT geschrieben
-h/--help – diese Dokumentation anzeigen
Technisch gesehen kein SearchIO-Skript, da es keine Bioperl-Komponenten verwendet, sondern ein
nützlich und schnell. Die Ausgabe erfolgt tabellarisch.
Abfragesequenz/Domäne (diese werden für hmmsearch / hmmpfam umgedreht)
Abfragestart
Abfrageende
Domänen-/Sequenzname oder PFAM-Zugang
Drücken Sie Start
Treffer Ende
Ergebnis
E-Wert
Domänen-/Sequenzname (diese werden für hmmsearch / hmmpfam umgedreht)
AUTOR - Horst Stajich
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
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