Dies ist der Befehl bp_indexp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_index.pl – indiziert Dateien zur Verwendung durch bp_fetch.pl
ZUSAMMENFASSUNG
bp_index.pl Indexname Datei1 Datei2 usw.
BESCHREIBUNG
bp_index.pl erstellt einen Bioperl-Index für die in der Argumentliste angegebenen Sequenzdateien.
unter dem Indexnamen. Zum Beispiel
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
würde einen Index namens „nrdb“ als Indexnamen für die Datei nrdb.fasta erstellen und
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
würde einen Index namens swiss für alle Dateien in /data/swiss erstellen, die auf .dat enden
liegen im EMBL-Format vor.
Die Indizes werden mit den Modulen Bio/Index/* erstellt, insbesondere Bio::Index::EMBL und
die Bio::Index::Fasta-Module. Jedes Skript, das diese Module verwendet, kann den Index verwenden. A
Ein gutes Beispielskript ist bp_fetch, das Sequenzen abruft und sie z. B. an STDOUT weiterleitet
Beispiel
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
holt sich die ROA1_HUMAN-Sequenz aus dem Schweizer Index und schreibt sie als Fasta-Format auf STDOUT.
OPTIONAL
-fmt - Fasta (Standard), Schweizer oder EMBL
-dir - Verzeichnis, in dem sich die Indexdateien befinden
(überschreibt die Umgebungsvariable BIOPERL_INDEX)
Optionen für den Expertengebrauch
-Typ - DBM_file-Typ.
(überschreibt die Umgebungsvariable BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v – jede Indexergänzung melden (Debugging)
bp_index und bp_fetch koordinieren mithilfe der Umgebungsvariablen, wo die Datenbanken liegen
BIOPERL_INDEX. Dies kann mit der Option -dir überschrieben werden. Es gibt also keinen Standardwert
Sie müssen die Option -dir verwenden oder BIOPERL_INDEX festlegen.
Der DB-Typ ist mit BIOPERL_INDEX_TYPE koordiniert, der, wenn er nicht vorhanden ist, standardmäßig verwendet wird
was auch immer die Bioperl-Module installiert haben, der Standardwert ist SDBM_File.
VERWENDUNG IT DICH SELBST
bp_index.pl ist ein Skript, das die Indexmodule steuert. Wenn Sie dieses Skript verwenden möchten
stark in Ihrer Arbeit, wenn es auf Perl basiert, ist es mit ziemlicher Sicherheit besser, sich das anzusehen
Code in diesem Skript und kopieren Sie ihn (wahrscheinlich möchten Sie ihn eher verwenden).
der bp_fetch-Code).
VERLÄNGERN IT
bp_index ist nur ein Wrapper um James Gilberts hervorragende Indexmodule, die in Bioperl zu finden sind
FEEDBACK
Postsendung Listen
Benutzerfeedback ist ein wesentlicher Bestandteil der Weiterentwicklung dieses und anderer Bioperl-Module. Senden
Ihre Kommentare und Anregungen vorzugsweise an die Bioperl-Mailingliste. Deine Teilnahme
wird sehr geschätzt.
[E-Mail geschützt] - Allgemeine Diskussion
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Über die Mailinglisten
Reporting Fehler
Melden Sie Fehler an das Bug-Tracking-System von Bioperl, damit wir die Fehler und ihre Fehler im Auge behalten können
Auflösung. Fehlerberichte können über das Web eingereicht werden:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTOR - Ewan Birney
Ewan Birney[E-Mail geschützt] >
Verwenden Sie bp_indexp online über die Dienste von onworks.net
