Dies ist der Befehl clustalo, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
clustalo - Allzweck-Mehrzweck-Sequenz-Alignment-Programm für Proteine
ZUSAMMENFASSUNG
Cluster [-H]
BESCHREIBUNG
Clustal-Omega ist ein Mehrzweck-Multiple Sequence Alignment (MSA)-Programm für Proteine.
Es produziert hochwertige MSAs und ist in der Lage, Datensätze von Hunderten von
Tausende von Sequenzen in angemessener Zeit.
Im Standardmodus geben Benutzer eine Datei mit auszurichtenden Sequenzen und diese werden gruppiert zu
einen Leitbaum erzeugen und dieser wird verwendet, um eine "progressive Ausrichtung" der Sequenzen zu führen.
Es gibt auch Möglichkeiten zum Ausrichten vorhandener Ausrichtungen zueinander, Ausrichtung a
Sequenz zu einem Alignment und um ein Hidden-Markov-Modell (HMM) zu verwenden, um eine
Ausrichtung neuer Sequenzen, die homolog zu den Sequenzen sind, die verwendet wurden, um das HMM herzustellen.
Dieses letztere Verfahren wird als "externe Profilausrichtung" oder EPA bezeichnet.
Clustal-Omega verwendet HMMs für die Alignment-Engine, basierend auf dem HHalign-Paket von
Johannes Söding [1]. Führungsbäume werden mit einer verbesserten Version von mBed [2] erstellt, die
Cluster sehr große Anzahlen von Sequenzen in O(N*log(N)) Zeit. Mehrfachausrichtung dann
fährt fort, indem immer größere Alignments mit HHalign ausgerichtet werden, nach dem Clustering
vom Leitbaum gegeben.
In seiner jetzigen Form kann Clustal-Omega nur Proteinsequenzen ausrichten, nicht aber DNA/RNA
Sequenzen. Es ist vorgesehen, dass DNA/RNA in einer zukünftigen Version verfügbar sein wird.
ANWENDUNG
Die Verwendung des Tools ist in /usr/share/doc/clustalo/README verfügbar.
ENTWICKLUNG
Header und Bibliotheken sind im Paket libclustalo-dev verfügbar.
ZITIEREN
Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H,
Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). Schnelle, skalierbare Generierung von High-
hochwertige Protein-Mehrfachsequenz-Alignments
mit Clustal Omega. Mol Syst Biol 7.
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