Konkavität - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Konkavität - Prädiktor für Proteinligandenbindungsstellen aus Struktur und Konservierung

ZUSAMMENFASSUNG

Konkavität [Optionen] PDBFILE OUTPUT_NAME

BESCHREIBUNG

ConCavity sagt Proteinliganden-Bindungsstellen durch Kombination evolutionärer Sequenzen voraus
Konservierung und 3D-Struktur.

ConCavity nimmt als Eingabe eine Proteinstruktur im PDB-Format PDB-DATEI und optional Dateien, die
charakterisieren die evolutionäre Sequenzerhaltung der Ketten in der Strukturdatei.

Die folgenden Ergebnisdateien werden standardmäßig erzeugt:

· Restligandenbindungsvorhersagen für jede Kette (*.scores).

· Restligandenbindungsvorhersagen in einer Datei im PDB-Format (Restwerte in der
temp. Faktorfeld, *_residue.pdb).

· Pocket-Vorhersagepositionen in einer DX-Formatdatei (*.dx).

· PyMOL-Skript zur Visualisierung der Vorhersagen (*.pml).

Um die Vorhersagen in PyMol zu visualisieren (es ist auf Ihrem System installiert), laden Sie das Skript
durch Eingabe von "pymol 1G6C_test1.pml" an der Eingabeaufforderung oder durch Laden über das pymol
Schnittstelle.

Die PDB- und DX-Dateien können bei Bedarf in andere molekulare Viewer eingegeben werden. Mehrere
zusätzliche Ausgabeformate sind verfügbar; siehe unten. Beachten Sie, dass die Restnummerierung im
.scores-Dateien stimmen möglicherweise nicht mit denen der PDB-Datei überein.

Der ConCavity-Ansatz verläuft in drei konzeptionellen Schritten: Rastererstellung, Tasche
Extraktion und Rückstandskartierung (siehe Methoden in Papier). Erstens die strukturellen und
evolutionäre Eigenschaften des Proteins werden genutzt, um eine regelmäßige 3D-Gitterumgebung zu erzeugen
das Protein, bei dem die jedem Gitterpunkt zugeordnete Punktzahl eine geschätzte darstellt
Wahrscheinlichkeit, dass es ein gebundenes Ligandenatom überlappt. Zweitens, Gruppen von zusammenhängenden, hoch-
Bewertungsgitterpunkte werden gruppiert, um Taschen zu extrahieren, die der gegebenen Form und Größe entsprechen
Einschränkungen. Schließlich wird jeder Proteinrest mit einer Schätzung seiner Wahrscheinlichkeit bewertet
an einen Liganden aufgrund seiner Nähe zu extrahierten Taschen zu binden.

Jeder der für diese Schritte beschriebenen Algorithmen ist in Konkavität implementiert. Siehe die
Beispiele.

REFERENZEN

Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M und Funkhouser TA(2009) Vorhersage von Protein
Ligandenbindungsstellen durch Kombination von evolutionärer Sequenzkonservierung und 3D-Struktur.
PLoS Comput Biol, 5(12).

OPTIONAL

PDB-DATEI ist eine Proteinstrukturdatei im PDB-Format. OUTPUT_NAME wird Teil der Ausgabe
Dateinamen und darf kein "/" enthalten. Die Ausgabe wird in das aktuelle Verzeichnis geschrieben.

Eingang
-Erhaltung PATH
Wenn die Option "-konservierung" nicht angegeben ist, sind die Konservierungsinformationen nicht vorhanden
betrachtet. Beachten Sie, dass es für jede Proteinkette in separate Konservierungsdateien gibt
die Struktur, und die Eingabe für die Option -conservation ist das Präfix dieser Dateien.
Vorberechnete Konservierungsdateien für fast die gesamte PQS auf der ConCavity verfügbar
Webseite. Wenn Sie Sequenzerhaltungswerte für Ihre eigenen berechnen möchten
Alignments empfehlen wir den JSD-Algorithmus:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/>, erhältlich als score_conservation(1)
aus dem Erhaltungscode-Paket.

Gitter von Vorabkalkulationen
-grid_method Ligsite|Surfnet|Pocketfinder|Benutzerdefiniert
-Auflösung int int int
Stellen Sie die Rasterauflösung ein.

-Abstand schweben
Stellen Sie den Rasterabstand ein.

Tasche Extrahierung
-extraktion_methode Suche|topn|benutzerdefiniert
-extraktion_threshold_range_cutoff FLOAT
Stoppen Sie die Iteration search Methode, wenn der Durchmesser des binären Suchfensters kleiner ist
als -extraktion_threshold_range_cutoff * obere_schwelle. Empfohlener Wert: 1e-6.
Standard: 0.

Rückstand Mapping
-res_map_method Unschärfe|Dist|Dist-Thresh|Benutzerdefiniert

Jeder dieser Algorithmen wird im Text beschrieben und jeder hat eine Reihe zusätzlicher
Parameter, die ihr Verhalten ändern. Mit der Option "Benutzerdefiniert" können Sie die Werte einstellen
aller Parameter für jeden Schritt selbst. Die Voreinstellungen (zB Ligsite, Suche, Unschärfe) können
Überschreiben Sie die Werte, die Sie in der Befehlszeile festgelegt haben, verwenden Sie also "Benutzerdefiniert", um die vollständige Kontrolle zu haben.

Ausgang
Es gibt auch mehrere Optionen für das Ausgabeformat. Taschenvorhersagegitterwerte können ausgegeben werden
in folgenden Formaten:

-print_grid_dx 0 | 1
DX-Format. Das ist 1 standardmäßig.

-print_grid_pdb 0 | 1
PDB-Format. Die Residuen-Vorhersagen werden als PDB-Datei mit den Residuen-Scores ausgegeben
auf die Temp abgebildet. Faktorfeld und Taschennummern in das Restsequenzfeld.

-print_grid_txt 0 | 1
Rohtext.

-v Ausführlicher Modus.

Beispiele:

Hinweis: Möglicherweise müssen Sie die Beispieldatendateien kopieren und dekomprimieren, bevor Sie die
folgenden Beispiele.

1. Dadurch wird Konkavität mit Standardwerten ausgeführt (entspricht ConCavity^L im Papier).
auf der Struktur 1G6C.pdb und berücksichtigen Sie die Erhaltungswerte in
Erhaltung_Daten/. Dieser Satz von Vorhersagen wird "test1" genannt. Das produziert
die folgenden Standardergebnisdateien im aktuellen Verzeichnis:

Concavity -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. Zum Beispiel die Struktur 1G6C.pdb mit ConCavity_Pocketfinder, Search und
Unschärfe, Sie würden eingeben:

Concavity -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -grid_method Pocketfinder -extraction_method search -res_map_method Blur /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

ANMERKUNG

Die Autoren verwenden hauptsächlich PyMol und Chimera zur Visualisierung, aber die Bandbreite der Ausgabe
Formate bedeutet, dass Sie die Daten in die meisten Statikprogramme importieren können sollten.
Teilen Sie uns mit, wenn Sie andere Ausgabeformate sehen möchten.

Verwenden Sie die Konkavität online mit den onworks.net-Diensten