convert_project - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

convert_project - Konvertieren von Assembly- und Sequenzierungsdateitypen

BESCHREIBUNG

Dieses Programm ist Teil des MIRA-Assembler-Pakets. Es wird verwendet, um die Projektdatei zu konvertieren
Typen in andere Typen. Weitere Informationen finden Sie in der folgenden Dokumentation
Informationen zu convert_project.

ZUSAMMENFASSUNG

konvertieren_projekt
[-F ] [-T [-T ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

OPTIONAL

-f
Laden Sie diese Art von Projektdateien, wobei fromtype ist:

caf eine komplette Baugruppe oder einzelne Sequenzen von CAF

maf eine komplette Baugruppe oder einzelne Sequenzen von CAF

Fasta-Sequenzen aus einer FASTA-Datei

fastq-Sequenzen aus einer FASTQ-Datei

gbf-Sequenzen aus einer GBF-Datei

Phd-Sequenzen aus einer PHD-Datei

fofnexp
Sequenzen in EXP-Dateien aus Datei mit Dateinamen

-t
schreibe die Sequenzen/Assembly in diesen Typ (mehrere Erwähnungen von -t sind erlaubt):

Ass-Sequenzen oder komplette Montage zu ACE

caf-Sequenzen oder komplette Montage zu CAF

maf-Sequenzen oder komplette Montage zu MAF

sam komplette Montage zu SAM

samnbb wie oben, aber Verweise (Backbones) in Mapping-Assemblies weglassen

gbf-Sequenzen oder Konsensus zu GBF

gff3-Konsens zu GFF3

Informationen zur Abdeckung der Perückenmontage in die Datei wackeln

gcwig-Assembly gc-Inhaltsinformationen zum Wackeln der Datei

Fasta-Sequenzen oder Konsens zu FASTA-Datei (Qualitäten zu

.qual)

fastq-Sequenzen oder Konsens zu FASTQ-Datei

exp-Sequenzen oder komplette Assemblierung zu EXP-Dateien in

Verzeichnisse. Komplette Baugruppen eignen sich für den gap4-Import als gerichtete Baugruppe.
Hinweis: Die Verwendung von caf2gap zum Importieren in gap4 wird jedoch empfohlen

Text kompletter Zusammenbau zur Textausrichtung (nur wenn -f is

caf, maf oder gbf)

html komplette Assemblierung zu HTML (nur wenn -f ist caf, maf oder

gbf)

tcs komplette Montage zu tcs

hsnp-Umrandung von SNP-Tags (SROc, SAOc, SIOc) in HTML (nur wenn -f ist caf, maf oder
gbf)

asnp-Analyse von SNP-Tags (nur wenn -f ist caf, maf oder gbf)

cstats Contig-Statistikdatei wie von MIRA (nur wenn die Quelle Contigs enthält)

crlist contig read list file wie von MIRA (nur wenn Quelle Contigs enthält)

maskiertfasta
liest, wo der Sequenzierungsvektor ausgeblendet ist (mit X) in die FASTA-Datei (Qualitäten bis
.qual)

Gerüstsequenzen oder kompletter Aufbau zu Einzelsequenzen CAF

-a An Zieldateien anhängen statt neu schreiben

-A
String mit zu analysierenden MIRA-Parametern Nützlich beim Einstellen von Parametern, die sich auf
Konsens Aufruf wie -CO:mrpg usw. Beispiel: -a "454_EINSTELLUNGEN -CO:mrpg=3"

-b Blinddaten Ersetzt alle Basen in Reads/Contigs durch ein 'c'

-C Hard-Clip-to-Reads durchführen Beim Lesen von Formaten, die Clipping-Punkte definieren, wird

speichern Sie nur den nicht ausgeschnittenen Teil in der Ergebnisdatei.

Gilt nur für Dateien/Formate, die kein . enthalten

contig.

-d Nur Lückenspalten löschen Wenn die Ausgabe contigs ist: Löschen Sie Spalten, die

vollständig Lücken (wie nach dem Löschen von Reads während der Bearbeitung in gap4 oder ähnlichem)

Wenn die Ausgabe gelesen wird: Lücken in Lesevorgängen löschen

-F Filtern, um Gruppen zu lesen Spezieller Anwendungsfall, noch nicht verwenden.

-m Contigs machen (nur für -t = caf oder maf) Encase-Single-Reads als Contig-Singlets in
die CAF/MAF-Datei.

-n
Wählt, wenn angegeben, nur Reads oder Contigs aus, die in dieser Datei namentlich angegeben sind.

-i wann -n verwendet wird, invertiert die Auswahl

-o fastq Qualität Offset (nur für -f = 'fastq') Offset von Qualitätswerten in FASTQ
Datei. Standardwert von 0 versucht automatisch zu erkennen.

-Q
Legen Sie die Standardqualität für Basen in Dateitypen ohne Qualitätswerte fest
nicht stoppen, wenn erwartete Qualitätsdateien fehlen (zB '.fasta')

-R
Benennen Sie Contigs/Singlets/Reads mit dem angegebenen Namensstring um, für den ein Zähler gilt
angehängt. Bekannter Fehler: erzeugt bei Eingabe doppelte Namen

enthält Contigs/Singlets sowie freie Reads, dh liest weder in Contigs noch
Singlets.

-S
(name)Schema zum Umbenennen von Reads, wichtig für Paired-Ends Nur 'solexa' ist
derzeit unterstützt.

Die Folgende Switches Arbeit einzige wann Varianten des Eingangssignals: (CAF or MAF) enthält contig.
Achtung: CAF und MAf können auch nur Reads enthalten.

-M Extrahieren Sie keine Contigs (oder ihren Konsens), sondern die Reihenfolge der Reads, die sie sind
zusammengesetzt aus.

-N
Gefällt mir -n, sondern sortiert die Ausgabe nach der in der Datei angegebenen Reihenfolge.

-r [cCqf]
Konsens- und/oder Konsensqualitätswerte und/oder SNP-Feature-Tags neu berechnen.
'c' Neuberechnung Nachteile & Nachteile Qualitäten (mit IUPAC) 'C' Neuberechnung Nachteile & Nachteile Qualitäten
(erzwingt Nicht-IUPAC) 'q' Neuberechnung von Konsensqualitäten nur 'f' Neuberechnung von SNP-Eigenschaften
Hinweis: nur der letzte von cCq ist relevant, f funktioniert als a

Schalter und kann mit cQq kombiniert werden (zB "-r C -r F")

Hinweis: Wenn der CAF/MAF mehrere Stämme enthält, Neuberechnung der Nachteile und Nachteile
Qualitäten ist gezwungen, du

kann nur beeinflussen, ob IUPACs verwendet werden oder nicht.

-s Teilen Sie die Ausgabe in mehrere Dateien auf, anstatt eine einzelne Datei zu erstellen

-u 'fillUp Stammgenome' Füllen Sie Löcher im Genom eines Stamms (N oder @) mit
Sequenz aus einem Konsensus anderer Stämme Wirkt nur mit -r und -t gbf oder
fasta/q in FASTA/Q: aufgefüllte Basen sind in GBF klein geschrieben: aufgefüllte Basen sind
in Großbuchstaben

-q
Definiert die Mindestqualität, die eine Konsensusbasis eines Stammes haben muss, Konsensusbasen
darunter steht 'N' Default: 0 Nur verwendet mit -r und -f ist caf/maf und -t is
(Fast

oder gbf)

-v Versionsnummer drucken und beenden

-x
Minimale Contig- oder Read-Länge Beim Laden alle Contigs / Reads mit a . verwerfen
Länge kleiner als dieser Wert. Default: 0 (=ausgeschaltet) Hinweis: gilt nicht für Reads
in contig!

-X
Ähnlich -x gilt aber nur für Lesevorgänge und dann für die abgeschnittene Länge.

-y
Minimale durchschnittliche Contig-Abdeckung Verwerfen Sie beim Laden alle Contigs mit einem Durchschnitt
Abdeckung kleiner als dieser Wert. Standard: 1

-z
Mindestanzahl von Lesevorgängen in Contig Beim Laden alle Contigs mit einer Zahl verwerfen
von liest weniger als dieser Wert. Standard: 0 (=ausgeschaltet)

-l
bei Ausgabe als Text oder HTML: Anzahl der Basen, die in einer Ausrichtungszeile angezeigt werden. Standard:
60

-c
bei Ausgabe als Text oder HTML: Zeichen zum Auffüllen von Endlücken. Standard: ' ' (leer)

Aliase: caf2html, exp2fasta, ... usw. Jede Kombination von " 2 "
kann als Programmname verwendet werden (auch über Links), damit das convert_project automatisch
Sets -f und -t entsprechend.

Beispiele:

konvertieren_projekt source.maf dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta Perücke Ass

konvertieren_projekt -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c . source.caf Ziel

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