Dies ist der Befehl CoverageCount, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
CoverageCount – Zählt die Abdeckung der zugeordneten Lesevorgänge an jedem Standort insgesamt
Referenzgenom
BESCHREIBUNG
CoverageCount Version 1.5.0-p1
Dieses Programm berechnet die Abdeckung der zugeordneten Lesevorgänge an jedem Standort
das Referenzgenom. Es generiert eine Binärdatei für jedes Chromosom, indem es diese verkettet
Abdeckungsstufen als 4-Byte-Ganzzahlen.
Anwendungsbereich
CoverageCount [Optionen] -i -o
Erforderliche Argumente:
-i
Name der Eingabedatei im SAM- oder BAM-Format.
-o
Präfix der Ausgabedateien. Jede Ausgabedatei enthält Vier-Byte-Ganzzahlzahlen
Optionale Argumente:
--maxMOp Maximal zulässige Anzahl von „M“-Operationen in einer CIGAR-Zeichenfolge.
Standardmäßig 10. Sowohl „X“ als auch „=“ werden als „M“ behandelt, ebenso wie benachbarte „M“-Operationen
in der CIGAR-Zeichenfolge zusammengeführt.
CoverageCount Version 1.5.0-p1
Dieses Programm berechnet die Abdeckung der zugeordneten Lesevorgänge an jedem Standort
das Referenzgenom. Es generiert eine Binärdatei für jedes Chromosom, indem es diese verkettet
Abdeckungsstufen als 4-Byte-Ganzzahlen.
Anwendungsbereich
CoverageCount [Optionen] -i -o
Erforderliche Argumente:
-i
Name der Eingabedatei im SAM- oder BAM-Format.
-o
Präfix der Ausgabedateien. Jede Ausgabedatei enthält Vier-Byte-Ganzzahlzahlen
Optionale Argumente:
--maxMOp Maximal zulässige Anzahl von „M“-Operationen in einer CIGAR-Zeichenfolge.
Standardmäßig 10. Sowohl „X“ als auch „=“ werden als „M“ behandelt, ebenso wie benachbarte „M“-Operationen
in der CIGAR-Zeichenfolge zusammengeführt.
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