dcm2xml – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

dcm2xml – DICOM-Datei und Datensatz in XML konvertieren

ZUSAMMENFASSUNG

dcm2xml [Optionen] dcmfile-in [xmlfile-out]

BESCHREIBUNG

Die dcm2xml Das Dienstprogramm konvertiert den Inhalt einer DICOM-Datei (Dateiformat oder Rohdatensatz) in
XML (Extensible Markup Language). Es gibt zwei Ausgabeformate. Der erste ist spezifisch
zu DCMTK mit seiner in der Datei beschriebenen DTD (Document Type Definition). dcm2xml.dtddem „Vermischten Geschmack“. Seine
Die zweite bezieht sich auf das „native DICOM-Modell“, das für die DICOM-Anwendung spezifiziert ist
Hosting-Service gemäß DICOM Teil 19.

If dcm2xml liest einen Rohdatensatz (DICOM-Daten ohne Dateiformat-Metaheader) wird es
Versuchen Sie, die Übertragungssyntax zu erraten, indem Sie die ersten paar Bytes der Datei untersuchen. es ist
Es ist nicht immer möglich, die Übertragungssyntax richtig zu erraten und es ist besser, a . umzuwandeln
Datensatz nach Möglichkeit in ein Dateiformat (mithilfe der dcmconv Dienstprogramm). Es ist auch
möglich, die zu verwenden -f und -t[ieb] Optionen zu erzwingen dcm2xml einen Datensatz mit a lesen
besondere Übertragungssyntax.

PARAMETER

dcmfile-in DICOM-Eingabedateiname, die konvertiert werden soll

xmlfile-out XML-Ausgabedateiname (Standard: stdout)

OPTIONAL

General Optionen
-h - Hilfe
Diesen Hilfetext drucken und beenden

--Version
Versionsinformationen drucken und beenden

--Argumente
drucke erweiterte Befehlszeilenargumente

-q --leise
Ruhemodus, keine Warnungen und Fehler drucken

-v --verbose
ausführlicher Modus, Verarbeitungsdetails drucken

-d --debug
Debug-Modus, Debug-Informationen drucken

-ll --log-level [l]evel: Stringkonstante
(fatal, Fehler, Warnung, Info, Debug, Trace)
Verwenden Sie Level l für den Logger

-lc --log-config [Dateiname: Zeichenfolge
Verwenden Sie die Konfigurationsdatei f für den Logger

Varianten des Eingangssignals: Optionen
Eingabedateiformat:

+f --Datei lesen
Dateiformat oder Datensatz lesen (Standard)

+fo --Datei-nur-lesen
Nur Dateiformat lesen

-f --read-dataset
Datensatz ohne Datei-Metainformationen lesen

Syntax der Eingabeübertragung:

-t= --read-xfer-auto
TS-Erkennung verwenden (Standard)

-td --read-xfer-detect
TS ignorieren, die im Datei-Meta-Header angegeben sind

-te --read-xfer-little
mit explizitem VR Little Endian TS lesen

-tb --read-xfer-big
mit explizitem VR Big Endian TS lesen

-ti --read-xfer-implizit
mit implizitem VR Little Endian TS lesen

lange Tag-Werte:

+M --load-all
sehr lange Tag-Werte laden (z. B. Pixeldaten)

-M --load-short
keine sehr langen Werte laden (Standard)

+R --max-read-length [k]Bytes: Ganzzahl (4..4194302, Standard: 4)
Legen Sie den Schwellenwert für lange Werte auf k kByte fest

Verarbeitung Optionen
spezifischer Zeichensatz:

+Cr --charset-require
Deklaration des erweiterten Zeichensatzes erforderlich (Standard)

+Ca --charset-assume [c]harset: Zeichenkette
Nehmen Sie Zeichensatz c an, wenn kein erweiterter Zeichensatz deklariert ist

+Cc --charset-check-all
Überprüfen Sie alle Datenelemente mit Stringwerten
(Standard: nur PN, LO, LT, SH, ST und UT)

# diese Option wird nur für die Zuordnung zu einem geeigneten verwendet
# XML-Zeichenkodierung, jedoch nicht für die Konvertierung nach UTF-8

+U8 --convert-to-utf8
alle betroffenen Elementwerte konvertieren
nach spezifischem Zeichensatz (0008,0005) zu UTF-8

# erfordert Unterstützung durch das libiconv-Toolkit

Möglichkeiten für das Ausgangssignal: Optionen
allgemeines XML-Format:

-dtk --dcmtk-format
Ausgabe im DCMTK-spezifischen Format (Standard)

-nat --native-format
Ausgabe im nativen DICOM-Modellformat (Teil 19)

+Xn --use-xml-namespace
Fügen Sie eine XML-Namespace-Deklaration zum Stammelement hinzu

DCMTK-spezifisches Format (nicht mit --native-format):

+Xd --add-dtd-reference
Verweis auf Dokumenttypdefinition (DTD) hinzufügen

+Xe --embed-dtd-content
Dokumenttypdefinition in XML-Dokument einbetten

+Xf --use-dtd-file [f]Dateiname: Zeichenfolge
angegebene DTD-Datei verwenden (nur mit +Xe)
(Standard: /usr/local/share/dcmtk/dcm2xml.dtd)

+Wn --write-element-name
Schreibname der DICOM-Datenelemente (Standard)

-Wn --no-element-name
Schreiben Sie nicht den Namen der DICOM-Datenelemente

+Wb --write-binary-data
Schreiben Sie Binärdaten von OB- und OW-Elementen
(Standard: aus, seien Sie vorsichtig mit --load-all)

Kodierung von Binärdaten:

+Eh --encode-hex
Codieren Sie Binärdaten als Hex-Zahlen
(Standard für DCMTK-spezifisches Format)

+Eu --encode-uuid
Binärdaten als UUID-Referenz kodieren
(Standard für natives DICOM-Modell)

+Eb --encode-base64
Binärdaten als Base64 kodieren (RFC 2045, MIME)

DCMTK Format

Die Grundstruktur der DCMTK-spezifischen XML-Ausgabe, die aus einer DICOM-Datei erstellt wird, sieht folgendermaßen aus
die folgende:



<Dateiformat xmlns="http://dicom.offis.de/dcmtk">

<element tag="0002,0000" vr="UL" vm="1" len="4"
name="MetaElementGroupLength">
166

...
<element tag="0002,0013" vr="SH" vm="1" len="16"
name="ImplementationVersionName">
OFFIS_DCMTK_353



<element tag="0008,0005" vr="CS" vm="1" len="10"
name="SpecificCharacterSet">
ISO_IR 100

...


<element tag="0028,3002" vr="xs" vm="3" len="6"
name="LUTDescriptor">
256 \ 0 \ 8

...

...

...
<element tag="7fe0,0010" vr="OW" vm="1" len="262144"
name="PixelData" geladen="nein" binär="versteckt">




Die Tags „file-format“ und „meta-header“ fehlen für DICOM-Datensätze.

XML Codierung
Attribute mit sehr großen Wertefeldern (z. B. Pixeldaten) werden standardmäßig nicht geladen. Sie
kann durch das zusätzliche Attribut „loaded“ mit dem Wert „no“ identifiziert werden (siehe Beispiel).
über). Die Befehlszeilenoption --alle laden erzwingt das Laden aller Wertfelder einschließlich der
sehr lange.

Darüber hinaus werden binäre Informationen von OB- und OW-Attributen nicht in die XML-Ausgabe geschrieben
Datei standardmäßig. Diese Elemente können durch das zusätzliche Attribut „binär“ identifiziert werden.
mit dem Wert „hidden“ (Standard ist „no“). Die Befehlszeilenoption --write-binary-data
bewirkt, dass auch Binärwertfelder gedruckt werden (Attributwert ist „yes“ oder „base64“). Aber,
Seien Sie vorsichtig, wenn Sie diese Option zusammen mit verwenden --alle laden wegen der großen Mengen an
Pixeldaten, die möglicherweise an die Ausgabe ausgegeben werden. Bitte beachten Sie, dass in diesem Kontextelement
Werte mit einem VR von OD oder OF gelten nicht als „binäre Informationen“.

Mehrere Werte (d. h. wenn die DICOM-Wertmultiplizität größer als 1 ist) werden getrennt
durch einen Backslash „\“ (außer bei Base64-codierten Daten). Das Attribut „len“ gibt an
Anzahl der Bytes für das bestimmte Wertefeld, wie sie im DICOM-Datensatz gespeichert sind, d. h. es
kann von der XML-codierten Wertlänge abweichen, z. B. aufgrund einer nicht signifikanten Auffüllung
das wurde entfernt. Wenn dieses Attribut in den Start-Tags „sequence“ oder „item“ fehlt,
Das entsprechende DICOM-Element wurde mit undefinierter Länge gespeichert.

Ureinwohner DICOM Modell Format

Die Beschreibung des Native DICOM Model-Formats finden Sie im DICOM-Standard, Teil
19 („Anwendungshosting“).

Masse Daten-Management
Binärdaten, also DICOM-Elementwerte mit Wertdarstellungen (VR) von OB oder OW, as
sowie OD-, OF- und UN-Werte werden aufgrund ihrer standardmäßig nicht in die XML-Ausgabe geschrieben
Größe. Stattdessen wird für jedes Element ein neuer Universally Unique Identifier (UUID) erstellt
generiert und als Attribut von a geschrieben XML-Element. Bisher gibt es keine
Möglichkeit, eine zusätzliche Datei zu schreiben, um die Binärdaten für jede Binärdatei zu speichern
Datenblöcke. Dies ist im Standard zwar nicht vorgeschrieben, kann aber dennoch nützlich sein
Implementierung einer Application Hosting-Schnittstelle; Daher ist diese Funktion möglicherweise in verfügbar
zukünftige Versionen von dcm2xml.

Darüber hinaus Ergänzung 163 (Store Over the Web by Representational State Transfer).
Services) führt eine neue ein XML-Element, das die Codierung von Binärdaten ermöglicht
als Base64. Derzeit die Befehlszeilenoption --encode-base64 ermöglicht diese Kodierung für
die folgenden VRs: OB, OD, OF, OW und UN.

Bekannt Fragen
Zusätzlich zu dem, was im obigen Abschnitt zu „Massendaten“ geschrieben steht, gibt es noch weitere
bekannte Probleme mit der aktuellen Implementierung des Native DICOM Model-Formats. Für
Beispielsweise sind derzeit große Elementwerte mit einem anderen VR als OB, OD, OF, OW oder UN
wird nie als Massendaten geschrieben, obwohl es nützlich sein könnte, z. B. für sehr lange Textelemente
(insbesondere UT) oder sehr lange numerische Felder (verschiedener VRs).

ANMERKUNG

Charakter Codierung
Die XML-Kodierung wird automatisch aus dem DICOM-Attribut (0008,0005) ermittelt.
'Spezifischer Zeichensatz' mit der folgenden Zuordnung:

ASCII (ISO_IR 6) => „UTF-8“
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Kyrillisch "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Arabisch "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Griechisch "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Hebräisch "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

Wenn dieses DICOM-Attribut in der Eingabedatei fehlt, obwohl es erforderlich ist, Option --Zeichensatz-
annehmen kann verwendet werden, um einen geeigneten Zeichensatz manuell anzugeben (mit einem der
DICOM-definierte Begriffe).

Mehrere Zeichensätze mit Codeerweiterungstechniken werden nicht unterstützt. Wenn benötigt,
zu erhalten --convert-to-utf8 kann verwendet werden, um die DICOM-Datei oder den Datensatz in UTF-8 zu konvertieren
Kodierung vor der Konvertierung in das XML-Format. Dies ist auch für DICOMDIR-Dateien nützlich
wobei jeder Verzeichniseintrag einen anderen Zeichensatz haben kann.

LOGGING

Der Grad der Protokollausgabe der verschiedenen Befehlszeilentools und zugrunde liegenden Bibliotheken kann
vom Benutzer angegeben werden. Standardmäßig werden nur Fehler und Warnungen in den Standard geschrieben
Fehlerstrom. Option verwenden - ausführlich auch Informationsnachrichten wie Verarbeitungsdetails
sind gemeldet. Möglichkeit --debuggen kann verwendet werden, um mehr Details über die interne Aktivität zu erfahren,
zB für Debugging-Zwecke. Andere Protokollierungsebenen können mit Option ausgewählt werden --Protokoll-
Grad des . in --ruhig Modus werden nur schwerwiegende Fehler gemeldet. Bei solchen sehr schwerwiegenden Fehlerereignissen
die Anwendung wird normalerweise beendet. Weitere Informationen zu den verschiedenen Protokollierungsebenen finden Sie unter
siehe Dokumentation des Moduls 'oflog'.

Falls die Logging-Ausgabe in eine Datei geschrieben werden soll (optional mit Logfile-Rotation),
in Syslog (Unix) oder die Option Ereignisprotokoll (Windows) --log-config kann verwendet werden. Dies
Konfigurationsdatei ermöglicht es auch, nur bestimmte Nachrichten an einen bestimmten Ausgang zu leiten
Stream und zum Filtern bestimmter Nachrichten basierend auf dem Modul oder der Anwendung, in der sie
sind generiert. Eine Beispielkonfigurationsdatei finden Sie in /logger.cfg.

COMMAND LINE

Alle Befehlszeilentools verwenden die folgende Notation für Parameter: eckige Klammern umschließen
optionale Werte (0-1), drei nachgestellte Punkte zeigen an, dass mehrere Werte zulässig sind
(1-n), eine Kombination aus beiden bedeutet 0 bis n Werte.

Befehlszeilenoptionen werden von Parametern durch ein führendes '+' oder '-' Zeichen unterschieden.
bzw. Normalerweise sind Reihenfolge und Position von Befehlszeilenoptionen willkürlich (dh sie
kann überall erscheinen). Wenn sich die Optionen jedoch gegenseitig ausschließen, ist das Erscheinungsbild ganz rechts
wird genutzt. Dieses Verhalten entspricht den Standard-Auswertungsregeln gängiger Unix-Shells.

Darüber hinaus können eine oder mehrere Befehlsdateien mit einem '@'-Zeichen als Präfix für . angegeben werden
der Dateiname (zB @command.txt). Ein solches Befehlsargument wird durch den Inhalt von . ersetzt
die entsprechende Textdatei (mehrere Leerzeichen werden als einzelnes Trennzeichen behandelt, es sei denn
sie stehen zwischen zwei Anführungszeichen) vor jeder weiteren Auswertung. Bitte beachte, dass
Eine Befehlsdatei kann keine andere Befehlsdatei enthalten. Dieser einfache, aber effektive Ansatz
erlaubt es, gängige Kombinationen von Optionen/Parametern zusammenzufassen und vermeidet langwierige und
verwirrende Befehlszeilen (ein Beispiel finden Sie in der Datei /dumppat.txt).

Die dcm2xml Dienstprogramm versucht, DICOM-Datenwörterbücher zu laden, die im
DCMDICTPATH Umgebungsvariable. Standardmäßig, dh wenn die DCMDICTPATH variable Umgebung
ist nicht gesetzt, die Datei /dicom.dic wird geladen, es sei denn, das Wörterbuch ist erstellt
in die Anwendung (Standard für Windows).

Das Standardverhalten sollte bevorzugt werden und die DCMDICTPATH Nur Umgebungsvariable
verwendet, wenn alternative Datenwörterbücher benötigt werden. Die DCMDICTPATH variable Umgebung
hat das gleiche Format wie die Unix-Shell PATH variabel, indem ein Doppelpunkt (':') trennt
Einträge. Auf Windows-Systemen wird ein Semikolon (';') als Trennzeichen verwendet. Das Datenwörterbuch
Der Code versucht, jede in der Datei angegebene Datei zu laden DCMDICTPATH Umgebungsvariable. Es
ist ein Fehler, wenn kein Data Dictionary geladen werden kann.

Verwenden Sie dcm2xml online über die Dienste von onworks.net