eprimer3e – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

eprimer3 – Wählt PCR-Primer und Hybridisierungs-Oligos aus

ZUSAMMENFASSUNG

eprimer3 -Reihenfolge Fortsetzung [-Grundierung Umschalten] -Aufgabe Liste [-Hybridprobe Umschalten]
-mishyblibraryfile im Ordner -mispriminglibraryfile im Ordner [-ZahlRückgabe ganze Zahl]
[-inklusiveRegion Angebot] [-Zielregion Angebot] [-ausgeschlosseneRegion Angebot]
[-Forward-Eingabe Schnur] [-Umkehreingang Schnur] -gcclamp ganze Zahl -osize ganze Zahl
-Mindestgröße ganze Zahl -maximale Größe ganze Zahl -otm schweben -mintm schweben -maxtm schweben
-maxdifftm schweben -ogcpercent schweben -mingc schweben -maxgc schweben -Salzkonz schweben
-DNAkonz schweben -maxpolyx ganze Zahl -psizeopt ganze Zahl -prange Angebot -ptmopt schweben
-ptmmin schweben -ptmmax schweben -oexcludedregion Angebot -oligoinput Schnur
-osizeopt ganze Zahl -ominsize ganze Zahl -omaxsize ganze Zahl -otmopt schweben -otmmin schweben
-otmmax schweben -ogcopt schweben -ogcmin schweben -ogcmax schweben -Osaltkonz schweben
-odnaconc schweben -oanyself schweben -oendself schweben -opolyxmax ganze Zahl
-omishybmax schweben -Erklärflagge boolean -fileflag boolean -firstbaseindex ganze Zahl
-wählen Sie trotzdem boolean -maxmispriming schweben -pairmaxmispriming schweben
-numnakzeptiert ganze Zahl -selfany schweben -selfend schweben -maximale Stabilität schweben
-outfile Outfile

eprimer3 -Hilfe

BESCHREIBUNG

eprimer3 ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Nucleic:Primers".

OPTIONAL

Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung
Die Sequenz, aus der Primer ausgewählt werden sollen. Die Sequenz muss 5' bis 3' präsentiert werden

-Grundierung Umschalten
Weisen Sie EPrimer3 an, Primer(s) auszuwählen. Standardwert: Y

-Aufgabe Liste
Teilen Sie EPrimer3 mit, welche Aufgabe ausgeführt werden soll. Zulässige Werte sind 1: „Pick PCR Primers“, 2: „Pick
Nur Vorwärtsprimer“, 3: „Nur Rückwärtsprimer auswählen“, 4: „Keine Primer erforderlich“. Standard
Wert: 1

-Hybridprobe Umschalten
Ein „internes Oligo“ soll als Hybridisierungssonde (Hyb-Sonde) verwendet werden
Nachweis des PCR-Produkts nach der Amplifikation. Standardwert: N

-mishyblibraryfile im Ordner
Ähnlich wie MISPRIMING-LIBRARY, mit der Ausnahme, dass das Ereignis, das wir vermeiden möchten, die Hybridisierung ist
des internen Oligos auf Sequenzen in dieser Bibliothek zu übertragen, anstatt von ihnen zu primieren. Der
Die Datei muss im (leicht eingeschränkten) FASTA-Format vorliegen (WB Pearson und DJ Lipman,
PNAS 85:8 S. 2444-2448 [1988]); Wir besprechen kurz die Organisation dieser Datei
unten. Wenn dieser Parameter angegeben ist, richtet EPrimer3 jeden Kandidaten lokal aus
Oligo gegen jede Bibliothekssequenz und lehnt diejenigen Primer ab, für die die lokale
Alignment-Score mal ein bestimmtes Gewicht (siehe unten) überschreitet
INTERNAL-OLIGO-MAX-MISHYB. (Der Maximalwert des Gewichts wird willkürlich festgelegt
12.0.) Jeder Sequenzeintrag in der Datei im FASTA-Format muss mit einer „ID-Zeile“ beginnen
beginnt mit '>'. Der Inhalt der ID-Zeile ist in diesem EPrimer3 „leicht eingeschränkt“.
analysiert alles nach einem optionalen Sternchen („*“) als zu verwendende Gleitkommazahl
wie das oben genannte Gewicht. Wenn die ID-Zeile kein Sternchen enthält, dann das Gewicht
Der Standardwert ist 1.0. Das verwendete Alignment-Scoring-System ist das gleiche wie bei der Berechnung
Komplementarität zwischen Oligos (z. B. SELF-ANY). Der Rest eines Eintrags enthält die
Reihenfolge als Zeilen, die der ID-Zeile folgen, bis zu einer Zeile, die mit „>“ oder dem Ende beginnt
der Datei. Leerzeichen und Zeilenumbrüche werden ignoriert. Zeichen „A“, „T“, „G“, „C“, „a“,
't', 'g', 'c' bleiben erhalten und jedes andere Zeichen wird in 'N' umgewandelt (mit dem
Dies hat zur Folge, dass alle IUB-/IUPAC-Codes für mehrdeutige Basen in „N“ umgewandelt werden.
Es gibt keine Einschränkungen hinsichtlich der Leitungslänge. Ein leerer Wert für diesen Parameter zeigt an
dass keine Bibliothek verwendet werden sollte.

-mispriminglibraryfile im Ordner
Der Name einer Datei, die eine Nukleotidsequenzbibliothek mit zu vermeidenden Sequenzen enthält
Amplifizieren (zum Beispiel repetitive Sequenzen oder möglicherweise die Sequenzen von Genen in a
Genfamilie, die nicht amplifiziert werden soll.) Die Datei muss sich in (etwas eingeschränkter) Datei befinden.
FASTA-Format (WB Pearson und DJ Lipman, PNAS 85:8 S. 2444-2448 [1988]); Wir
Besprechen Sie im Folgenden kurz die Organisation dieser Datei. Wenn dieser Parameter angegeben ist
dann richtet EPrimer3 jeden Kandidatenprimer lokal an jeder Bibliothekssequenz aus und
lehnt diejenigen Primer ab, für die der lokale Alignment-Score multipliziert mit einem angegebenen Gewicht ist
(siehe unten) überschreitet MAX-MISPRIMING. (Der Maximalwert des Gewichts ist willkürlich
auf 100.0 gesetzt.) Jeder Sequenzeintrag in der Datei im FASTA-Format muss mit einer „id“ beginnen
Zeile‘, die mit ‚>‘ beginnt. Der Inhalt der ID-Zeile ist in „leicht eingeschränkt“.
dass EPrimer3 alles nach einem optionalen Sternchen („*“) als Gleitkomma analysiert
Zahl, die als oben erwähntes Gewicht verwendet werden soll. Wenn die ID-Zeile kein Sternchen enthält, dann
Die Gewichtung beträgt standardmäßig 1.0. Das verwendete Ausrichtungsbewertungssystem ist das gleiche wie für
Berechnung der Komplementarität zwischen Oligos (z. B. SELF-ANY). Der Rest eines Eintrags
enthält die Sequenz in Form von Zeilen, die der ID-Zeile folgen, bis zu einer Zeile, die mit „>“ beginnt.
oder das Ende der Datei. Leerzeichen und Zeilenumbrüche werden ignoriert. Zeichen „A“, „T“, „G“,
'C', 'a', 't', 'g', 'c' bleiben erhalten und alle anderen Zeichen werden in 'N' umgewandelt (mit
Dies hat zur Folge, dass alle IUB-/IUPAC-Codes für mehrdeutige Basen in „N“ umgewandelt werden.
Es gibt keine Einschränkungen hinsichtlich der Leitungslänge. Ein leerer Wert für diesen Parameter zeigt an
dass keine Wiederholungsbibliothek verwendet werden sollte.

Zusätzliche Abschnitt
Programm Optionen
-ZahlRückgabe ganze Zahl
Die maximale Anzahl von Primerpaaren, die zurückgegeben werden sollen. Zurückgegebene Primerpaare werden sortiert nach
ihre 'Qualität', mit anderen Worten durch den Wert der Zielfunktion (wobei ein niedrigeres
Zahl zeigt ein besseres Primerpaar an). Achtung: Setzen Sie diesen Parameter auf einen großen
Wert erhöht die Laufzeit. Standardwert: 5

Reihenfolge Optionen
-inklusiveRegion Angebot
Ein Unterbereich der angegebenen Sequenz, in dem Primer ausgewählt werden sollen. Zum Beispiel oft die
Das erste Dutzend oder so Basen einer Sequenz sind Vektoren und sollten davon ausgeschlossen werden
Rücksichtnahme. Der Wert für diesen Parameter hat die Form (Start), (Ende), wobei (Start)
ist der Index der ersten zu berücksichtigenden Basis und (end) ist die letzte in der
Primer-Picking-Region.

-Zielregion Angebot
Wenn ein oder mehrere Targets angegeben sind, muss ein zulässiges Primerpaar mindestens eines flankieren
von ihnen. Ein Ziel kann eine einfache Sequenzwiederholungsstelle sein (z. B. eine CA-Wiederholung) oder
ein Einbasenpaar-Polymorphismus. Der Wert sollte eine durch Leerzeichen getrennte Liste von sein
(Start),(Ende)-Paare, wobei (Start) der Index der ersten Basis eines Ziels ist und
(Ende) ist das letzte Beispiel: 50,51 erfordert Primer, um die 2 Basen an Position 50 zu umgeben
und 51.

-ausgeschlosseneRegion Angebot
Primer-Oligos dürfen keinen in diesem Tag angegebenen Bereich überlappen. Der zugehörige Wert
muss eine durch Leerzeichen getrennte Liste von (Start),(End)-Paaren sein, wobei (Start) der Index von ist
die erste Basis der ausgeschlossenen Region und und (Ende) ist die letzte. Dieses Tag ist nützlich
für Aufgaben wie das Ausschließen von Regionen mit geringer Sequenzqualität oder zum Ausschließen von Regionen
enthält sich wiederholende Elemente wie ALUs oder LINEs. ZB 401,407 68,70 verbietet
Auswahl der Primer in den 7 Basen beginnend bei 401 und den 3 Basen bei 68.

-Forward-Eingabe Schnur
Die Sequenz eines zu überprüfenden Vorwärtsprimers und um die herum Rückwärtsprimer entworfen werden sollen
und optionale interne Oligos. Muss ein Teilstring von SEQUENCE sein.

-Umkehreingang Schnur
Die Sequenz eines Rückwärtsprimers, die überprüft werden soll und um die herum Vorwärtsprimer entworfen werden sollen
und optionale interne Oligos. Muss ein Teilstring des umgekehrten Strangs von SEQUENCE sein.

Grundierung Optionen
-gcclamp ganze Zahl
Erfordern die angegebene Anzahl aufeinanderfolgender Gs und Cs am 3'-Ende beider
Vorwärts- und Rückwärtsgrundierung. (Dieser Parameter hat keine Auswirkung auf das interne Oligo, falls vorhanden
wird erbeten.)

-osize ganze Zahl
Optimale Länge (in Basen) eines Primer-Oligos. EPrimer3 wird versuchen, Primer auszuwählen
nahe an dieser Länge. Standardwert: 20

-Mindestgröße ganze Zahl
Mindestens akzeptable Länge eines Primers. Muss größer als 0 und kleiner oder gleich sein
auf MAX-GRÖSSE. Standardwert: 18

-maximale Größe ganze Zahl
Maximal akzeptable Länge (in Basen) eines Primers. Derzeit kann dieser Parameter nicht sein
größer als 35. Diese Grenze wird durch die maximale Oligogröße bestimmt, für die EPrimer3 geeignet ist
Schmelztemperatur gilt. Standardwert: 27

-otm schweben
Optimale Schmelztemperatur (Celsius) für ein Primer-Oligo. EPrimer3 wird versuchen, auszuwählen
Primer mit Schmelztemperaturen liegen nahe dieser Temperatur. Das Oligo schmilzt
Die Temperaturformel in EPrimer3 ist die in Rychlik, Spencer und Rhoads, Nucleic
Acids Research, Bd. 18, Nr. 21, S. 6409-6412 und Breslauer, Frank, Bloecker und Marky,
Proz. Natl. Acad. Wissenschaft. USA, Bd. 83, S. 3746–3750. Bitte beachten Sie das frühere Papier
Hintergrunddiskussion. Standardwert: 60.0

-mintm schweben
Minimale akzeptable Schmelztemperatur (Celsius) für ein Primer-Oligo. Standardwert:
57.0

-maxtm schweben
Maximal akzeptable Schmelztemperatur (Celsius) für ein Primer-Oligo. Standardwert:
63.0

-maxdifftm schweben
Maximal akzeptabler (vorzeichenloser) Unterschied zwischen den Schmelztemperaturen der
Vorwärts- und Rückwärtsprimer. Standardwert: 100.0

-ogcpercent schweben
Primer optimaler GC-Prozentsatz. Standardwert: 50.0

-mingc schweben
Zulässiger Mindestanteil an Gs und Cs in jedem Primer. Standardwert: 20.0

-maxgc schweben
Maximal zulässiger Prozentsatz an Gs und Cs in jedem von Primer generierten Primer. Standard
Wert: 80.0

-Salzkonz schweben
Die millimolare Salzkonzentration (normalerweise KCl) in der PCR. EPrimer3 nutzt dies
Argument zur Berechnung der Oligo-Schmelztemperaturen. Standardwert: 50.0

-DNAkonz schweben
Die nanomolare Konzentration von Annealing-Oligos in der PCR. EPrimer3 nutzt dies
Argument zur Berechnung der Oligo-Schmelztemperaturen. Die Standardeinstellung (50 nM) funktioniert gut
das am Whitehead/MIT Center for Genome Research verwendete Standardprotokoll – 0.5
Mikroliter einer 20-Mikromolar-Konzentration für jedes Primer-Oligo in einem 20-Mikroliter-Behälter
Reaktion mit 10 Nanogramm Matrize, 0.025 Einheiten/Mikroliter Taq-Polymerase in 0.1 mM
jeweils dNTP, 1.5 mM MgCl2, 50 mM KCl, 10 mM Tris-HCL (pH 9.3) unter Verwendung von 35 Zyklen mit einem
Glühtemperatur von 56 Grad Celsius. Dieser Parameter entspricht 'c' in
Gleichung (ii) von Rychlik, Spencer und Rhoads (Nucleic Acids Research, Bd. 18, Nr. 21)
wobei ein geeigneter Wert (für eine niedrigere Anfangskonzentration des Templats) empirisch ermittelt werden kann
bestimmt'. Der Wert dieses Parameters ist geringer als die tatsächliche Konzentration von
Oligos in der Reaktion, da es sich um die Konzentration der Annealing-Oligos handelt, die in
wiederum hängt von der Menge der Vorlage (einschließlich PCR-Produkt) in einem bestimmten Zyklus ab. Das
die Konzentration steigt während einer PCR stark an; Glücklicherweise scheint die PCR recht robust zu sein
für eine Vielzahl von Oligo-Schmelztemperaturen. Siehe HINWEISE ZUR AUSWAHL VON GRUNDIERUNGEN. Standard
Wert: 50.0

-maxpolyx ganze Zahl
Beispielsweise die maximal zulässige Länge einer Mononukleotidwiederholung in einem Primer
AAAAAA. Standardwert: 5

Produkt Optionen
-psizeopt ganze Zahl
Die optimale Größe für das PCR-Produkt. 0 bedeutet, dass es kein optimales Produkt gibt
Größe. Standardwert: 200

-prange Angebot
Die zugehörigen Werte geben die Längen des Produkts an, das der Benutzer haben möchte
zu erstellende Primer und ist eine durch Leerzeichen getrennte Liste von Elementen der Form (x)-(y), wobei
Ein (x)-(y)-Paar ist ein zulässiger Längenbereich für das Produkt. Zum Beispiel, wenn man möchte
PCR-Produkte zwischen 100 und 150 Basen (einschließlich) umfassen, dann würde man dies festlegen
Parameter auf 100-150. Wenn man PCR-Produkte im Bereich von 100 bis 150 wünscht
Basen oder im Bereich von 200 bis 250 Basen, dann würde man diesen Parameter auf setzen
100-150 200-250. EPrimer3 bevorzugt Bereiche auf der linken Seite der Parameterzeichenfolge.
EPrimer3 gibt unabhängig vom Wert von legale Primerpaare im ersten Bereich zurück
die Zielfunktion für diese Paare. Nur wenn nicht genügend vorhanden sind
Primer im ersten Bereich geben EPrimer3 Primer im nachfolgenden Bereich zurück. Standard
Wert: 100-300

-ptmopt schweben
Die optimale Schmelztemperatur für das PCR-Produkt. 0 bedeutet, dass es keine gibt
optimale Temperatur. Standardwert: 0.0

-ptmmin schweben
Die minimal zulässige Schmelztemperatur des Amplifikats. Bitte beachten Sie die Dokumentation
Einzelheiten finden Sie unter der maximalen Schmelztemperatur des Produkts. Standardwert:
-1000000.0

-ptmmax schweben
Die maximal zulässige Schmelztemperatur des Amplifikats. Produkt Tm wird berechnet
unter Verwendung der Formel von Bolton und McCarthy, PNAS 84:1390 (1962), wie in dargestellt
Sambrook, Fritsch und Maniatis, Molecular Cloning, S. 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + 41*(%GC) – 600/Länge Wobei [Na+} das molare Natrium ist
Konzentration, (%GC) ist der Prozentsatz von Gs und Cs in der Sequenz und Länge ist
Länge der Sequenz. Eine ähnliche Formel wird bei der Prime-Primer-Auswahl verwendet
Programm in GCG, das im letzten Term stattdessen 675.0/Länge verwendet (nach F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet und ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) Gl. (1) weiter
Seite 766 ohne die Mismatch- und Formamid-Begriffe). Die Formeln hier und in Baldino
et al. Nehmen Sie Na+ anstelle von K+ an. Laut JG Wetmur, Critical Reviews in
BioChem. und Mol. Bio. 26:227 (1991) 50 mM K+ sollten in diesen Formeln äquivalent sein
bis 2 M Na+. EPrimer3 verwendet den gleichen Salzkonzentrationswert zur Berechnung beider
Primer-Schmelztemperatur und Oligo-Schmelztemperatur. Wenn Sie es planen
Wenn Sie das PCR-Produkt später zur Hybridisierung verwenden, erhalten Sie durch dieses Verhalten keinen Tm
unter Hybridisierungsbedingungen. Standardwert: 1000000.0

Intern Oligo Varianten des Eingangssignals:
-oexcludedregion Angebot
Mittlere Oligos dürfen keine durch dieses Tag angegebene Region überlappen. Der zugehörige Wert
muss eine durch Leerzeichen getrennte Liste von (Start),(End)-Paaren sein, wobei (Start) der Index von ist
die erste Basis einer ausgeschlossenen Region und (Ende) ist die letzte. Oft würde man machen
Zielregionen ausgeschlossen Regionen für interne Oligos.

-oligoinput Schnur
Die Reihenfolge eines internen Oligos, das überprüft werden muss und um das herum entworfen werden soll
Reverse-Primer. Muss ein Teilstring von SEQUENCE sein.

Intern Oligo Optionen
-osizeopt ganze Zahl
Optimale Länge (in Basen) eines internen Oligos. EPrimer3 wird versuchen, Primer auszuwählen
nahe an dieser Länge. Standardwert: 20

-ominsize ganze Zahl
Akzeptable Mindestlänge eines internen Oligos. Muss größer als 0 und kleiner als sein
oder gleich INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Standardwert: 18

-omaxsize ganze Zahl
Maximal akzeptable Länge (in Basen) eines internen Oligos. Derzeit dieser Parameter
darf nicht größer als 35 sein. Diese Grenze wird durch die maximale Oligogröße bestimmt
Die Schmelztemperatur von EPrimer3 ist gültig. Standardwert: 27

-otmopt schweben
Optimale Schmelztemperatur (Celsius) für ein internes Oligo. EPrimer3 wird versuchen, auszuwählen
Oligos mit Schmelztemperaturen, die nahe dieser Temperatur liegen. Das Oligo schmilzt
Die Temperaturformel in EPrimer3 ist die in Rychlik, Spencer und Rhoads, Nucleic
Acids Research, Bd. 18, Nr. 21, S. 6409-6412 und Breslauer, Frank, Bloecker und Marky,
Proz. Natl. Acad. Wissenschaft. USA, Bd. 83, S. 3746–3750. Bitte beachten Sie das frühere Papier
Hintergrunddiskussion. Standardwert: 60.0

-otmmin schweben
Minimale akzeptable Schmelztemperatur (Celsius) für ein internes Oligo. Standardwert:
57.0

-otmmax schweben
Maximal akzeptable Schmelztemperatur (Celsius) für ein internes Oligo. Standardwert:
63.0

-ogcopt schweben
Interner Oligo-Optimum-GC-Prozentsatz. Standardwert: 50.0

-ogcmin schweben
Minimal zulässiger Prozentsatz an Gs und Cs in einem internen Oligo. Standardwert: 20.0

-ogcmax schweben
Maximal zulässiger Prozentsatz an Gs und Cs in jedem von Primer erzeugten internen Oligo.
Standardwert: 80.0

-Osaltkonz schweben
Die millimolare Salzkonzentration (normalerweise KCl) in der Hybridisierung. EPrimer3 verwendet
Dieses Argument dient zur Berechnung der internen Oligo-Schmelztemperaturen. Standardwert: 50.0

-odnaconc schweben
Die nanomolare Konzentration des Annealing-internen Oligos in der Hybridisierung. Standard
Wert: 50.0

-oanyself schweben
Der maximal zulässige lokale Alignment-Score beim Testen eines internen Oligos auf (lokale)
Selbstkomplementarität. Zur Vorhersage der Tendenz wird die lokale Selbstkomplementarität herangezogen
Oligos können sich an sich selbst anlagern. Das Bewertungssystem ergibt 1.00 für komplementäre Basen.
-0.25 für eine Übereinstimmung einer beliebigen Basis (oder N) mit einem N, -1.00 für eine Nichtübereinstimmung und -2.00 für a
Lücke. Es sind nur Lücken aus einzelnen Basenpaaren zulässig. Zum Beispiel die Ausrichtung 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' ist erlaubt (und ergibt eine Punktzahl von 1.75), aber die Ausrichtung 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' wird nicht berücksichtigt. Die Bewertungen sind nicht negativ und a
Ein Wert von 0.00 zeigt an, dass es keine vernünftige lokale Übereinstimmung zwischen zwei gibt
Oligos. Standardwert: 12.00

-oendself schweben
Der maximal zulässige 3'-verankerte globale Alignment-Score beim Testen eines einzelnen Oligos
für Selbstkomplementarität. Das Bewertungssystem entspricht dem der Maximalen Komplementarität
Streit. In den obigen Beispielen betragen die Werte 7.00 bzw. 6.00. Noten sind
nicht negativ, und ein Wert von 0.00 zeigt an, dass keine vernünftige 3'-Verankerung vorliegt
globale Ausrichtung zwischen zwei Oligos. Um 3'-verankerte globale abzuschätzen
Bei den Alignments für Kandidaten-Oligos geht Primer davon aus, dass die Sequenz zur Auswahl steht
Oligos wird 5' bis 3' präsentiert. INTERNAL-OLIGO-SELF-END ist bedeutungslos, wenn es darauf angewendet wird
Interne Oligos werden für den hybridisierungsbasierten Nachweis verwendet, da dies bei Primer-Dimeren nicht der Fall ist
geschehen. Wir empfehlen, INTERNAL-OLIGO-SELF-END mindestens so hoch einzustellen wie
INTERN-OLIGO-SELBST-ANY. Standardwert: 12.00

-opolyxmax ganze Zahl
Beispielsweise die maximal zulässige Länge einer internen Oligo-Mononukleotid-Wiederholung
AAAAAA. Standardwert: 5

-omishybmax schweben
Ähnlich wie MAX-MISPRIMING, außer dass dieser Parameter für die Ähnlichkeit von gilt
Kandidaten-interne Oligos für die in INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY angegebene Bibliothek.
Standardwert: 12.0

Fortgeschrittener Abschnitt
-Erklärflagge boolean
Wenn dieses Flag wahr ist, werden LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN und INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN erzeugt
Ausgabe-Tags, die Auskunft über die Anzahl der Oligos geben sollen und
Primerpaare, die EPrimer3 untersucht hat, und Statistiken über die Anzahl der verworfenen
Aus verschiedenen Gründen. Standardwert: N

-fileflag boolean
Wenn der zugehörige Wert wahr ist, erstellt EPrimer3 zwei Ausgabedateien für jede Eingabe
REIHENFOLGE. Datei (Sequenz-ID).for listet alle akzeptablen Vorwärtsprimer für auf
(Sequenz-ID) und (Sequenz-ID).rev listet alle akzeptablen Reverse-Primer für auf
(Sequenz-ID), wobei (Sequenz-ID) der Wert des SEQUENCE-ID-Tags ist (der sein muss).
geliefert). Wenn außerdem das Eingabe-Tag TASK 1 oder 4 ist, erstellt EPrimer3 eine Datei
(sequence-id).int, das alle akzeptablen internen Oligos auflistet. Standardwert: N

-firstbaseindex ganze Zahl
Dieser Parameter ist der Index der ersten Base in der Eingabesequenz. Zur Eingabe und
Ausgabe mit 1-basierter Indizierung (wie sie in GenBank verwendet wird und auf die viele Benutzer zugreifen).
sind gewohnt) setzen Sie diesen Parameter auf 1. Für Ein- und Ausgabe mit 0-basierter Indizierung
Setzen Sie diesen Parameter auf 0. (Dieser Parameter wirkt sich auch auf die Indizes im Inhalt von aus
die Dateien, die erzeugt werden, wenn das Primerdatei-Flag gesetzt ist.) Standardwert: 1

-wählen Sie trotzdem boolean
Wenn „true“, wählen Sie ein Primerpaar aus, auch wenn LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT oder INTERNAL-OLIGO-INPUT ist
verstößt gegen bestimmte Einschränkungen. Standardwert: N

-maxmispriming schweben
Die maximal zulässige gewichtete Ähnlichkeit mit einer beliebigen Sequenz in MISPRIMING-LIBRARY.
Standardwert: 12.00

-pairmaxmispriming schweben
Die maximal zulässige Summe gewichteter Ähnlichkeiten eines Primerpaars (eine Ähnlichkeit für
(jeder Primer) mit einer beliebigen einzelnen Sequenz in der MISPRIMING-LIBRARY. Standardwert: 24.00

-numnakzeptiert ganze Zahl
Maximal zulässige Anzahl unbekannter Basen (N) in jedem Primer.

-selfany schweben
Der maximal zulässige lokale Alignment-Score beim Testen eines einzelnen Primers auf (lokale)
Selbstkomplementarität und der maximal zulässige lokale Alignment-Score beim Testen auf
Komplementarität zwischen Vorwärts- und Rückwärtsprimern. Lokale Selbstkomplementarität ist
verwendet, um die Tendenz von Primern vorherzusagen, sich zwangsläufig aneinander anzulagern
was zu einem Selbstpriming in der PCR führt. Das Punktesystem gibt 1.00 für Komplementärleistungen
Basen, -0.25 für eine Übereinstimmung einer beliebigen Basis (oder N) mit einem N, -1.00 für eine Nichtübereinstimmung und -2.00
für eine Lücke. Es sind nur Lücken aus einzelnen Basenpaaren zulässig. Zum Beispiel die Ausrichtung 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' ist erlaubt (und ergibt eine Punktzahl von 1.75), aber die
Ausrichtung 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' wird nicht berücksichtigt. Noten sind
nicht negativ, und ein Wert von 0.00 zeigt an, dass es keinen vernünftigen lokalen Wert gibt
Ausrichtung zwischen zwei Oligos. Standardwert: 8.00

-selfend schweben
Der maximal zulässige 3'-verankerte globale Alignment-Score beim Testen eines einzelnen Primers
für Selbstkomplementarität und den maximal zulässigen 3'-verankerten globalen Alignment-Score
beim Testen der Komplementarität zwischen Vorwärts- und Rückwärtsprimern. Die 3'-verankerte
Der globale Alignment-Score wird verwendet, um die Wahrscheinlichkeit eines PCR-Primings vorherzusagen
Primer-Dimere, zum Beispiel 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' oder 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
...............|||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' Das Punktesystem ist wie folgt
für das Argument der maximalen Komplementarität. In den obigen Beispielen beträgt die Punktzahl 7.00
bzw. 6.00. Die Bewertungen sind nicht negativ, und ein Wert von 0.00 zeigt dies an
Es gibt keine vernünftige 3'-verankerte globale Ausrichtung zwischen zwei Oligos. Um zu
Schätzen Sie 3'-verankerte globale Ausrichtungen für Kandidatenprimer und Primerpaare, Primer
geht davon aus, dass die Sequenz, aus der die Primer ausgewählt werden sollen, 5' bis 3' liegt. Es ist
Es wäre unsinnig, für diesen Parameter einen größeren Wert anzugeben als für das Maximum (lokal).
Komplementaritätsparameter, da die Punktzahl einer lokalen Ausrichtung immer bei liegt
mindestens so groß wie die Punktzahl einer globalen Ausrichtung. Standardwert: 3.00

Grundierung Strafe Gewichte
-maximale Stabilität schweben
Die maximale Stabilität für die fünf 3'-Basen eines Vorwärts- oder Rückwärtsprimers. Größer
Zahlen bedeuten stabilere 3'-Enden. Der Wert ist das maximale Delta G für Duplex
Störung für die fünf 3'-Basen, berechnet unter Verwendung der Parameter des nächsten Nachbarn
veröffentlicht in Breslauer, Frank, Bloecker und Marky, Proc. Natl. Acad. Wissenschaft. USA, Bd. 83,
S. 3746-3750. EPrimer3 verwendet einen völlig freizügigen Standardwert für die Rückwärtsbewegung
Kompatibilität (die wir möglicherweise in der nächsten Version ändern). Rychlik empfiehlt ein Maximum
Wert von 9 (Wojciech Rychlik, „Selection of Primers for Polymerase Chain Reaction“ in
BA White, Hrsg., „Methods in Molecular Biology, Bd. 15: PCR-Protokolle: Aktuelle Methoden
and Applications“, 1993, S. 31–40, Humana Press, Totowa NJ). Standardwert: 9.0

Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile

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