fastq_masker – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

fastq_masker – Maskiert Nukleotide mit „N“ (oder einem anderen Zeichen) basierend auf der Qualität

BESCHREIBUNG

Verwendung: fastq_masker [-h] [-v] [-q N] [-r C] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE] Teil von FASTX
Toolkit 0.0.14 von A. Gordon ([E-Mail geschützt] )

[-h] = Dieser hilfreiche Hilfebildschirm.

[-q N] = Qualitätsschwelle – Nukleotide mit geringerer Qualität werden maskiert

Standard ist 10.

[-r C] = Ersetzen Sie minderwertige Nukleotide durch das Zeichen C. Der Standardwert ist „N“.

[-z] = Ausgabe mit GZIP komprimieren.

[-i INFILE]
= FASTQ-Eingabedatei. Der Standardwert ist STDIN.

[-o OUTFILE] = FASTQ-Ausgabedatei. Der Standardwert ist STDOUT. [-v] = Ausführlich -
Anzahl der Sequenzen melden.

Wenn [-o] angegeben ist,
Bericht wird auf STDOUT gedruckt.

Wenn [-o] nicht angegeben ist (und die Ausgabe an STDOUT geht), wird der Bericht gedruckt an
STDERR.

Verwenden Sie fastq_masker online über die Dienste von onworks.net