Dies ist der Befehl fastq-stats, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fastq-stats – ea-utils: Erstellen Sie viele leicht verständliche Statistiken
ZUSAMMENFASSUNG
Fastq-Statistiken [Optionen]
BESCHREIBUNG
Version: 1.01 $ID: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z earonesty $
Erstellt viele leicht verständliche Statistiken für die aufgelisteten Dateien
Optionen
-c Cyclemax: maximale Zyklen, für die folgende Qualitätsstatistiken erstellt werden [35] -w INT
Fenster: maximale Fenstergröße zum Generieren doppelter Lesestatistiken [2000000] -d debuggen:
Gibt Debug-Anweisungen aus -D Führen Sie keine doppelten Lesestatistiken durch -s INT-Nummer von oben
Duplikate werden angezeigt -x FIL-Ausgabe-Fastx-Statistiken (erfordert einen Ausgabedateinamen) -b
Aufschlüsselung der FIL-Ausgabebasis nach Phred-Qualität bei jedem Zyklus.
Es setzt cylemax auf die längste Leselänge
-L FIL-Ausgabelänge zählt
Die folgenden Daten werden auf stdout ausgegeben:
liest: #liest die Fastq-Datei ein
len: Leselänge. Für variable Leselängen werden „mean“ und „stdev“ bereitgestellt
phred: Verwendete phred-Skala
Fenstergröße
: Anzahl der Lesevorgänge, die zum Generieren doppelter Lesestatistiken verwendet werden
Zyklus-max
: Anzahl der Basen, die auf Duplizität überprüft werden sollen
dups: Anzahl der Lesevorgänge, bei denen es sich um Duplikate handelt
%dup: Pct-Lesevorgänge, die doppelt sind
unique-dup seq
: Nummernfolgen, die dupliziert werden
Min. Dup-Anzahl
: Kleinste Duplikatliste für jede Duplikatsequenz
dup seq
: Listet die zehn häufigsten doppelten Lesevorgänge zusammen mit dem Mittelwert und der Standardabweichung auf
qual: Mindest-, Höchst- und Mittelwert der Basisqualität
%A,%T,%C,%G
: Basisprozentsätze
Gesamtbasen
: Gesamtzahl der Basen
Nutzen Sie fastq-stats online über die Dienste von onworks.net
