Dies ist der Befehl gmap_build, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmap_build – Tool zur Erstellung von Genomdatenbanken für GMAP oder GSNAP
ZUSAMMENFASSUNG
gmap_build [Optionen...] -d
BESCHREIBUNG
gmap_build: Erstellt eine GMAP-Datenbank für ein Genom, das von GMAP oder GSNAP verwendet werden soll. Teil von GMAP
Paket, Version 2015-12-31.
Eine vereinfachte Alternative zur Verwendung des Programms gmap_setup, das ein Makefile erstellt.
OPTIONAL
-D, --dir=STRING
Zielverzeichnis für die Installation (standardmäßig das unter angegebene gmapdb-Verzeichnis
Zeit konfigurieren)
-d, --db=STRING
Genomname
-n, --Namen=STRING
In einer Datei bereitgestellte Ersatznamen für Chromosomen. Die Datei sollte eine haben
Zeile für jeden zu ändernden Chromosomennamen, mit dem ursprünglichen FASTA-Namen in der Spalte
1 und den gewünschten Chromosomennamen in Spalte 2. Dies bietet eine einfache Möglichkeit zur Änderung
die Namen von Chromosomen, um beispielsweise das Präfix „chr“ hinzuzufügen oder zu entfernen. Spalte 2
kann leer sein, was bedeutet, dass sich der Name nicht geändert hat. Diese Datei kann auch mit kombiniert werden
--Sortieren=Namen um eine bestimmte Reihenfolge für die Chromosomen im Genomindex bereitzustellen.
-M, --mdflag=STRING
Verwenden Sie die MD-Datei von NCBI, um Contigs den Chromosomenkoordinaten zuzuordnen
-C, --contigs-are-mapped
Suchen Sie in jeder FASTA-Kopfzeile nach einer chromosomalen Region. Nützlich für Contigs, die Folgendes haben
wurden auf Chromosomenkoordinaten abgebildet. Wird ignoriert, wenn die --mdflag wird gestellt.
-z, --Kompression=STRING
Bestimmte Komprimierungstypen verwenden (durch Kommas getrennt; Standard ist bitpack64) bitpack64 -
optimiert für moderne Computer mit SIMD-Anweisungen (empfohlen) alle - erstellen
alle verfügbaren Komprimierungstypen, derzeit Bitpack64 keine – Offset nicht komprimieren
Dateien (ich glaube, das wird nicht mehr unterstützt)
-k, --kmer=INT
k-mer-Wert für den Genomindex (erlaubt: 15 oder weniger, Standard ist 15)
-q INT-Probenahmeintervall für Genom (erlaubt: 1–3, Standard 3)
-s, --Sortieren=STRING
Sortieren Sie die Chromosomen mit der angegebenen Methode: keine – verwenden Sie die in FASTA gefundenen Chromosomen
Datei(en) Alpha – Chromosomen alphabetisch sortieren (chr10 vor chr 1) numerisch-alpha
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY chrom - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
chr1U-, chrU-Namen – Sortieren der Chromosomen basierend auf der bereitgestellten Datei --Namen Flagge
-g, --gunzip
Die Dateien sind gzip-komprimiert, daher muss jede Datei zuerst komprimiert werden
-E, --fasta-pipe=STRING
Interpretieren Sie das Argument als Befehl und nicht als Liste von FASTA-Dateien
-w INT Warten (Ruhezustand) so viele Sekunden nach jedem Schritt (Standard 2)
-c, --kreisförmig=STRING
Kreisförmige Chromosomen (entweder eine durch Komma getrennte Liste von Chromosomen oder a
Dateiname, der kreisförmige Chromosomen enthält, eines pro Zeile). Wenn Sie das verwenden --Namen
Funktion, dann sollten Sie den ursprünglichen Namen des Chromosoms verwenden, nicht den
Ersatzname für diese Option.
-e, --nmessages=INT
Maximale Anzahl der zu meldenden Meldungen (Warnungen, Contig-Berichte) (Standard: 50)
--build-sarray=INT
Ob Suffix-Array erstellt werden soll: 0=Nein, 1=Ja (Standard)
Überholt Optionen:
-T STRING
Temporäres Build-Verzeichnis (muss möglicherweise angegeben werden, wenn in Ihrem nicht mehr genügend Speicherplatz vorhanden ist
aktuelles Verzeichnis) Dies ist nicht mehr notwendig, da gmap_build jetzt erstellt
direkt am Zielort (bzw -D) Verzeichnis.
Andere Tools der GMAP-Suite befinden sich in /usr/lib/gmap
Verwenden Sie gmap_build online über die Dienste von onworks.net
