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PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-current - Dielektrizitätskonstanten und Stromautokorrelationsfunktion berechnen

ZUSAMMENFASSUNG

GMX-Strom [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-Café [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[jetzt] [-xvg ]
[-Sch ] [-[no]nojump] [-eps ] [-bfit ]
[-Ertrag ] [-bvit ] [-evit ] [-tr ]
[-Temp ]

BESCHREIBUNG

gmx Strom ist ein Werkzeug zur Berechnung der aktuellen Autokorrelationsfunktion, die
Korrelation des Rotations- und Translationsdipolmoments des Systems, und die
resultierende statische Dielektrizitätskonstante. Um ein vernünftiges Ergebnis zu erhalten, hat die Indexgruppe
neutral zu sein. Darüber hinaus ist die Routine in der Lage, die statische Leitfähigkeit zu extrahieren
aus der aktuellen Autokorrelationsfunktion, wenn Geschwindigkeiten gegeben sind. Außerdem ein
Die Einstein-Helfand-Anpassung kann verwendet werden, um die statische Leitfähigkeit zu erhalten.

Die Flagge -Café ist für die Ausgabe der aktuellen Autokorrelationsfunktion und -mc schreibt der
Korrelation des Rotations- und Translationsanteils des Dipolmoments im
entsprechende Datei. Diese Option ist jedoch nur für Trajektorien verfügbar, die
Geschwindigkeiten. Optionen -Sch und -tr sind für die Mittelung und Integration der
Autokorrelationsfunktionen. Da die Mittelung durch Verschieben des Startpunktes durch
die Trajektorie, die Verschiebung kann mit geändert werden -Sch um die Auswahl von unkorrelierten zu ermöglichen
Ausgangspunkte. Gegen Ende wächst die statistische Ungenauigkeit und die Integration der
Korrelationsfunktion liefert nur bis zu einem bestimmten Punkt verlässliche Werte, abhängig von der
Anzahl der Rahmen. Die Option -tr steuert den Bereich des berücksichtigten Integrals
zur Berechnung der statischen Dielektrizitätskonstante.

Option -Temp stellt die für die Berechnung des statischen Dielektrikums erforderliche Temperatur ein
konstant.

Option -eps steuert die Dielektrizitätskonstante des umgebenden Mediums für Simulationen
unter Verwendung eines Reaktionsfeldes oder Dipolkorrekturen der Ewald-Summation (-eps=0 entspricht
Zinnfolie Randbedingungen).

-[no]nojump entfaltet die Koordinaten, um eine freie Diffusion zu ermöglichen. Dies ist erforderlich, um ein
kontinuierliches translatorisches Dipolmoment, das für die Einstein-Helfand-Anpassung erforderlich ist. Die Ergebnisse
aus dem Fit erlauben die Bestimmung der Dielektrizitätskonstante für das System geladener
Moleküle. Es ist jedoch auch möglich, die Dielektrizitätskonstante aus dem zu extrahieren
Schwankungen des Gesamtdipolmoments in gefalteten Koordinaten. Aber diese Option muss sein
mit Vorsicht verwendet werden, da nur sehr kurze Zeitspannen die Näherung erfüllen, dass die
Die Dichte der Moleküle ist annähernd konstant und die Mittelwerte sind bereits konvergiert.
Zur Sicherheit sollte die Dielektrizitätskonstante mit Hilfe des berechnet werden
Einstein-Helfand-Methode für den Translationsanteil der Dielektrizitätskonstante.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xvg>] (aktuell.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-Café [<.xvg>] (caf.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-md [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-Sch (1000)
Verschiebung der Frames zur Mittelung der Korrelationsfunktionen und des Mittelwerts
Verschiebung.

-[no]nojump (Ja)
Entfernt Sprünge von Atomen über die Box.

-eps (0)
Dielektrizitätskonstante des umgebenden Mediums. Der Wert Null entspricht
unendlich (Steinfolien-Randbedingungen).

-bfit (100)
Beginn der Anpassung der Geraden an den MSD des Translationsanteils von
das Dipolmoment.

-Ertrag (400)
Ende der Anpassung der Geraden an den MSD des Translationsanteils von
Dipolmoment.

-bvit (0.5)
Beginn der Anpassung der aktuellen Autokorrelationsfunktion an a*t^b.

-evit (5)
Ende der Anpassung der aktuellen Autokorrelationsfunktion an a*t^b.

-tr (0.25)
Für das Integral berücksichtigter Bruchteil der Trajektorie.

-Temp (300)
Temperatur zur Berechnung von Epsilon.

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